小中大各种线条的颜色代表该条序列与要比对的序列之间相似性比对得分的多少。
黑色代表小于40分
蓝色代表40至50分
绿色代表50至80分
粉色代表80至200分
红色代表大于200分。
完整的条带代表两条序列之间没有空位罚分。
SCORE是根据取代矩阵计算的两条序列的得分，就是根据这个得分描绘出线条的颜色的。SCORE越高，说明两条序列相似性越好。
EXPECT是指在如果有一条相同长度的序列，只不过这个序列上的核苷酸是随机排列的，这种情况下还出现这个得分可能性，EXPECT越小越好。越小说明，这个序列和要比对的序列是真实的相似，而不是由于长度而引起的得分高。
另外，从你的求助中我觉得你是想检验一对引物的特异性。这个时候应该用
Search for short ,nearly exact matches。并在两个引物之间加上二十个或者更多的N。
相关的学习资料
NCBI的HANDBOOK
cuturl('http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/bookres.fcgi/handbook/ch16d1.pdf')
楼上整理的BLAST方面的资料
cuturl('http://www.dxy.cn/bbs/post/view?bid=64&id=1658508&sty=1&tpg=1&age=0')
我也是刚刚开始学习，以上是个人意见，希望高手指正
