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标题:【求助】如何使用BLAST验证引物?

ROSE李[使用道具]
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【求助】如何使用BLAST验证引物?


如何使用BLAST验证引物?
我看到那些指令都晕了,有哪位能告诉我吗?
怕弄错呀
谢谢 !!!
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bojitu[使用道具]
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如何使用BLAST验证引物?
我看到那些指令都晕了,有哪位能告诉我吗?
怕弄错呀
谢谢 !!!
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qqq111[使用道具]
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请问怎样输入我的引物序列,一对引物可以同时输入吗,还是只能一次输入一条引物的序列,结果怎样看呢。往往结果里只有一条引物相同的序列,我怎样知道是否在其它基因里有同样的一对引物序列,只是扩增片段长度不同。请指点指点,非常感谢!
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bojitu[使用道具]
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如果有其他的,blast就会出现其他的序列的。一个个输入比较。
引物通过20-25个base就已经从概率上降到扩增一个特定基因的功能,除非超家族等 同源性很高的
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ncbi中blast 的Search for short, nearly exact matches,手工输入序列即可。
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ROSE李[使用道具]
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在哪里输入呀?
有一个SEARCH方框,在里面输什么?
Set subsequence中又输入什么?
那为大侠可以告诉我呀?!
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主要的是format后给出的结果,怎么看??一大堆东西不知道该看哪些内容??请高手指点!!万分感谢!!
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相关疾病:
先天性卵巢发育不全综合征
如果没有条件自己设计引物,从文献中查到引物时,应用BLAST验证一下引物,排除一下印刷错误或者笔误,避免给实验中带来麻烦!
具体过程:进入cuturl('http://www.ncbi.nlm.nih.gov/'),点击BLAST,可以选择Nucleotide中的 Nucleotide-nucleotide BLAST (blastn) ,点击后在search框中输入一条需要对比的引物,一般情况下直接BLAST,然后FORMAT,等待数秒钟,将出现数个Sequences producing significant alignments, 以及与其对应的 Score (bits) 、 E Value,一般看所对应的分数值就可以看出这条引物是不是你所检测的某种物质所对应的。比如:如果第一条就是你所需要的,直接点击进入可以看到这些序列首先由谁发表,哪篇文章引用的,而且相对应的需要的序列就会给出。
比如:format得到 Score E
Sequences producing significant alignments: (bits) Value
gi|33944700|ref|XM_340497.1| Trypanosoma brucei hypothetica... 38 2.6
gi|33348459|gb|AE017169.1| Trypanosoma brucei chromosome 2,... 38 2.6
gi|5672539|dbj|AP000386.1| Arabidopsis thaliana genomic DNA... 34 2.3
直接点击上面的第一个,就会看到:
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yayya[使用道具]
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相关疾病:
46XX性发育睾丸疾病

XM_340497. Trypanosoma bruce...[gi:33944700] Links
LOCUS XM_340497 2679 bp mRNA linear INV 20-AUG-2003
DEFINITION Trypanosoma brucei hypothetical protein (Tb927.2.4000) mRNA,
complete cds.
ACCESSION XM_340497
VERSION XM_340497.1 GI:33944700
KEYWORDS .
SOURCE Trypanosoma brucei
ORGANISM Trypanosoma brucei
Eukaryota; Euglenozoa; Kinetoplastida; Trypanosomatidae;
Trypanosoma.
REFERENCE 1 (bases 1 to 2679)
AUTHORS El-Sayed,N.M.A., Ghedin,E., Song,J., MacLeod,A., Bringaud,F.,
Larkin,C., Wanless,D., Peterson,J., Hou,L., Taylor,S., Tweedie,A.,
Biteau,N., Khalak,H.G., Lin,X., Mason,T., Hannick,L., Caler,E.,
Blandin,G., Bartholomeu,D., Simpson,A.J., Kaul,S., Zhao,H., Pai,G.,
Van Aken,S., Utterback,T., Haas,B., Koo,H.L., Umayam,L., Suh,B.,
Gerrard,C., Leech,V., Qi,R., Zhou,S., Schwartz,D., Feldblyum,T.,
Salzberg,S., Tait,A., Turner,M.R., Ullu,E., White,O., Melville,S.,
Adams,M.D., Fraser,C.M. and Donelson,J.E.
TITLE The sequence and analysis of Trypanosoma brucei chromosome II
JOURNAL Nucleic Acids Res. (2003) In press
REFERENCE 2 (bases 1 to 2679)
AUTHORS El-Sayed,N.M.A., Ghedin,E., Song,J., MacLeod,A., Bringaud,F.,
Larkin,C., Wanless,D., Peterson,J., Hou,L., Taylor,S., Tweedie,A.,
Biteau,N., Khalak,H.G., Lin,X., Mason,T., Hannick,L., Caler,E.,
Blandin,G., Bartholomeu,D., Simpson,A.J., Kaul,S., Zhao,H., Pai,G.,
Van Aken,S., Utterback,T., Haas,B., Koo,H.L., Umayam,L., Suh,B.,
Gerrard,C., Leech,V., Qi,R., Zhou,S., Schwartz,D., Feldblyum,T.,
Salzberg,S., Tait,A., Turner,M.R., Ullu,E., White,O., Melville,S.,
Adams,M.D., Fraser,C.M. and Donelson,J.E.
TITLE Direct Submission
JOURNAL Submitted (09-JUL-2003) The Institute for Genomic Research, 9712
Medical Center Dr., Rockville, MD 20850, USA
COMMENT PROVISIONAL REFSEQ: This record has not yet been subject to final
NCBI review. This record is derived from an annotated genomic
sequence (NC_005063).
COMPLETENESS: incomplete on both ends.
FEATURES Location/Qualifiers
source 1..2679
/organism="Trypanosoma brucei"
/mol_type="mRNA"
/isolate="GUTat10.1"
/db_xref="taxon:5691"
/chromosome="2"
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yayya[使用道具]
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10
 
/clone="Tb927.2"
gene <1..>2679
/locus_tag="Tb927.2.4000"
/note="synonym: 28H13.350; hypothetical protein"
CDS 1..2679
/locus_tag="Tb927.2.4000"
/codon_start=1
/product="hypothetical protein"
/protein_id="XP_340498.1"
/db_xref="GI:33944701"
/translation="MSQRVPRPLRLLNQSTLPVGPHGVVKSRTSPLVAAYKPCGLPYF
AKSQLSGCNIPDNGSNGSVSDYGGSASRLFSASPQSLPPVSPADVSDSLLTRLTDLLS
PGCGRPRIALPLIHPALTRYASADQLNSITAQRKGTTLVACCPQEFMFLRNCHRLNLV
RYVYRVLCRLPPCVSVRVRQSIQQVEVLKEASGRVFKNPYVRQFAEERNSGEFGGNES
GILLGGFLPPCAQPQPLLSGGFYSIQDASLLRHGTVTGYLSAVHMPSDMHCAIEQQER
LKKLFLVPPTAQLSSGPIMTSQLQEERNCNVCRRMSLQGGDVLEAHPWLSDDCRLRVS
LDVRATCPGRPVSQLGEDKGRTVSRLIGKPFRLDFRLVKLNETCELGLYEVSTNDMSD
EEIKAVFAAANLYVVNDYVNDRSLAEAMTNVTQELHCVPPSKLANLPLAVQHSLRKGP
PEELVAGPLLLHSLPEHSMDEPTQTGTEVATQLQNHESRGLYGYRHRLLLEALARVDG
GSYTRVVQLVFGSGLECAAVHFPDSAHEPTVDGVQHLLQRMEGDELTEAHRRSVADRL
LYTSYGTSSDCETYSTLLLPQHGKEKEGNVLNKGMGAILPGKHELVTAWSSGRLTGFR
SEEVSELVCVYCGASGHVWSVCPQGPPLFPGTAKSDDSSCEKVNNNNLMSLTAASLSN
ESAVITTLDEVVDAIAAGNDSPHGDAGIVSIPNVAPTQEFNPHAWRRNEQRPKLHRSR
ARCAYCSGKHHISQCPKLPGGDSVDGEVPCDDQTVRIDREQIRANAESLFCIKCGEYG
HLYTKCTRIPEGLHTAVNCPICLLSLRKVHHSPSQCPRRVTAPQDYSSSGLPMRLLRN
GSDGERHKKMSGYVKKRGGKGSAVLLSDSFLSQKGR"
ORIGIN
1 atgtcacaac gagtgccacg gccgctgcgg ttactcaacc agagcacgtt gcccgttggt
61 ccccatggcg ttgtgaaaag ccgtacatcg ccacttgttg ctgcgtacaa gccttgcggc
121 ttaccctact ttgccaaatc ccagttgtca ggatgcaata tccctgataa cggttctaat
181 ggcagtgttt cggattacgg tggcagtgcc tcgcgtctct tctccgcatc accgcagtcc
241 cttccccccg tgtcaccagc cgatgtgagc gactcgcttc tcacacgttt gacagactta
301 ctgtccccgg gctgtggcag gcctcggatt gcgctgccac tcattcatcc cgcactaaca
361 cggtacgctt cagccgatca actcaactcg atcacggctc agcgaaaggg aaccacgctt
421 gttgcgtgct gcccccagga atttatgttt cttcggaatt gtcatcgttt gaacctcgtg
481 cgatatgtgt atcgggtgct ctgccgtctt ccgccatgtg tctctgtccg tgtgcggcaa
541 tcaattcaac aagttgaggt gttaaaagag gcaagcggtc gtgtgttcaa gaatccatac
601 gttagacaat tcgcagagga gcggaacagt ggtgaatttg gaggtaatga aagtggtata
661 ttgcttgggg gattccttcc accttgtgca caaccgcaac cgctactgtc tggcgggttt
721 tacagcatcc aagacgcgtc gttactccgt catggcactg tgacaggata cctcagtgct
781 gtgcacatgc cgtcggacat gcattgtgcc attgagcaac aggagcggct caaaaaactt
841 tttctagtgc caccaacggc gcaactgagt agtggcccca tcatgacatc gcagttgcag
901 gaggaacgta attgtaatgt ttgccggcgg atgtcgctac aaggaggtga cgttttggag
961 gcgcatcctt ggctgagtga cgattgtcga ctgcgtgtgt cgctcgacgt ccgcgctacg
1021 tgcccgggta gacccgtatc gcaattaggt gaagataagg gtcgcacagt aagtcggctt
1081 attggtaaac ccttcaggct agactttcgt ttggttaagc ttaacgaaac gtgtgaactt
1141 ggcttatacg aagtgtctac caatgatatg tcggatgagg aaattaaagc tgtcttcgcc
1201 gcggctaatc tctatgttgt taacgattac gtgaacgacc gctcccttgc ggaagccatg
1261 acaaacgtca cacaggagct gcactgcgtc cctccttcta agctcgcaaa tctgccattg
1321 gccgttcaac attccctgag gaaggggcct ccagaggagt tggttgctgg acctctgctg
1381 ttgcactcac tcccggagca ctccatggac gaaccgacac agacaggtac tgaagttgcc
1441 acacagctgc aaaaccacga gtccaggggg ttgtatggat atcggcatcg gcttctactg
1501 gaagcattag cccgtgttga cggcggaagt tatacccgtg tcgttcagct ggtttttggc
1561 tctgggttgg agtgcgcggc tgttcatttt cctgattcag cgcacgaacc aaccgtggac
1621 ggcgtgcaac atcttctgca acgcatggaa ggggacgagt tgacggaggc gcaccgtaga
1681 agcgttgctg accgtctctt atacactagt tatgggacat cttctgactg tgaaacgtat
1741 tcgactctgc ttctcccaca gcatgggaaa gaaaaggagg gtaatgttct aaacaaagga
1801 atgggagcaa ttcttcctgg gaagcatgag ttagtgacag cgtggagcag tggccgccta
1861 acagggtttc gtagcgaaga ggttagtgaa ttagtgtgcg tttactgcgg ggctagtggt
1921 cacgtatgga gtgtgtgtcc gcaggggccg ccattgtttc caggaacagc taaatcggat
1981 gacagttcgt gcgagaaagt caataacaac aatttaatgt ctctcacagc ggcttcacta
2041 tccaatgaat cggctgtgat cacaaccttg gacgaagtag tggatgccat tgcagcaggt
2101 aacgattcgc ctcacggcga cgccggaatc gtttcaattc caaatgttgc tcctactcag
2161 gaatttaacc cgcatgcgtg gcgtcgtaac gagcaacgac cgaaactaca tcgaagtaga
2221 gcacgttgtg cgtactgcag tgggaaacat cacatctctc agtgtcccaa gctccctgga
2281 ggcgacagtg tggatggtga ggtgccgtgc gatgaccaaa ctgtccgtat tgaccgcgag
2341 cagattcgtg ctaacgcaga gagtttgttc tgcattaaat gtggtgagta cggacacttg
2401 tacacaaagt gcaccagaat ccccgaaggg ctgcacaccg ccgtgaactg tcccatttgc
2461 ctgctttcac ttcggaaggt tcatcatagt ccttctcaat gcccacggcg cgttaccgca
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2581 gaacggcata agaaaatgag tggttatgtt aagaagaggg gtggtaaggg ctcggctgtt
2641 ctgctttcag atagctttct ttcacaaaaa gggcgttag
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