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标题:请教:RNA提取和RT-PCR

岸上的鱼[使用道具]
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TO 喵咪 :您好,请问:4 RT过程中的RNA的变性很重要,置于冰水中的速度要快。其作用为打开RNA的二级结构。这条是 指在什么时候?我都没做过这一步。我是新手。
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purrr[使用道具]
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To 喵咪
我用 Invitrogen 的Trizol 和 Roche的 Tripure 提胎盘组织总RNA,共提了11次, 虽然产量和A260/A280都可以, 但RNA总有降解(18S的亮度超过28S,且18S以下有大片条带). 使用Promega的M-MLV用下游引物和Oligo dT逆转录的cDNA的分子量都在500bp以下(我的目的条带为2000bp左右), 用高保真Taq酶做 PCR的结果为500bp 以下的3条非特异性条带,改变模板浓度后仍未出现目的条带.
组织切下后即放入液氮,至今有2个月. 各种玻璃器皿和枪头都用DEPC浸泡过夜后高压灭菌. RNA提取后即逆转录,次日PCR.
等待您的回答。谢谢!
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purrr[使用道具]
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TO 喵咪:我用 Invitrogen 的Trizol 和 Roche的 Tripure 提胎盘组织总RNA,共提了11次, 虽然产量和A260/A280都可以, 但RNA总有降解(18S的亮度超过28S,且18S以下有大片条带). 使用Promega的M-MLV用下游引物和Oligo dT逆转录的cDNA的分子量都在500bp以下(我的目的条带为2000bp左右), 用高保真Taq酶做 PCR的结果为500bp 以下的3条非特异性条带,改变模板浓度后仍未出现目的条带.
组织切下后即放入液氮,至今有2个月. 各种玻璃器皿和枪头都用DEPC浸泡过夜后高压灭菌. RNA提取后即逆转录,次日PCR.
等待您的回答。谢谢!


[ 本帖最后由 purrr 于 2011-10-4 12:54 编辑 ]
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众位高手、大侠:

我提脂肪组织RNA(用trizol法),但几次都未成功,非常希望得到各位的帮助,不知可否将如何成功提取脂肪组织RNA的具体、详细操作过程及注意事项发送给我,非常感谢!
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你的比值太高了,RNA已经降解成小片段了,你是不是匀浆时没立即加TRIZOL
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@木木@[使用道具]
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向各位高手请教一个很基础的问题:如何尽可能减少RNA中的DNA污染,又不破坏RNA的质量?先谢了!
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我做了脂肪组织RNA的提取,已经做了一个多月了,我用的是Qiagen mini kit,刚开始什么都做不出来,现在总算可以提出RNA了,但我不知道我提的RNA怎么样,附图(见附件),测了OD值为1.98,用的Qiagen的逆转录试剂盒做了逆转录,现在做pcr,只能扩出引物二聚体.
逆转录反应步骤如下:
RT反应:
注意:(1)对50ng~2ug RNA进行逆转录;
(2)将所有的反应在冰上进行,以防cDNApremature合成和减小RNA降解的危险。
(3)如果用oligo-dT引物,推荐用12个核苷酸,终浓度为1uM,当用随机引物时,推荐用9个核苷酸,终浓度为10uM.
操作步骤:
(1)  在冰上融解模板RNA。在室温(15~25℃)融解引物溶液(未提供),10×Buffer RT,dNTP Mix,无Rnase的水。融解后立即放在冰上。振荡器上振荡混匀,短暂离心以收集残留的贴壁的液体。
(2)  用冰冷的1×Buffer RT(用提供的Rnase-free水稀释10×BufferRT溶液获得)稀释Rnase inhibitor(未提供)到终浓度10 units/ul。振荡5s以下小心混匀,短暂离心以收集管壁残留的液体。
注:商品化的Rnase inhibitor一般是40 units/ul,稀释使下一步取少量的Rnase inhibitor时容易操作。要准备新鲜的Rnase inhibitor的稀释液。为了减少Rnase inhibitor和Buffer RT的用量,每次稀释不要超过逆的使用量。
(3)  Reverse-Transcription Reaction Components
Component Volume/reaction Final concentration
Master mix
10×Buffer RT 2 ul 1×
dNTP Mix (5mM each dNTP) 2 ul 0.5 mM each dNTP
Oligo-dT18 primer(0.5ug/uL) 1.5ul
Rnase inhibitor(10 units/ul) 1ul 10 units(per 20 ul reaction)
Omniscript Reverse Transcriptase 1ul 4units (per 20 ul reaction)
Rnase-free water 6.5
Template RNA
Template RNA,added at step 5 7 Up to 2 ug(per 20 ul reaction)
Total volume 20 ul -
彻底混匀小心vortex不超过5s,短暂离心以收集试管壁上的残留液体,放在冰上。
注:如果有4ugRNA模板则将反应体积按比例扩大为40ul。
(4)  加入模板RNA,彻底混匀小心vortex不超过5s,短暂离心以收集试管壁上的残留液体。
(5)  37℃孵育60min。
(6)取出一定量的反应产物加入PCR反应。可在冰上直接进行PCR反应,或放入-20℃长期保存。
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不懂[使用道具]
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我提的RNA图片


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2011-10-4 12:58
78066546.jpg (7.46 KB)
 
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不懂[使用道具]
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上面的是DNA marker,下面的是同一个样本,加量不同,我用的试剂盒提出来只有28S和18S两条带,对了,请问0.5ug/uL的oligo (dT)18换算成mol/L或者umol/uL等于多少,非常感谢.
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