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标题:[分享]miRNA用荧光定量PCR检测的流程以及汇总

冰儿0109[使用道具]
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我也是用U6作为内参,是鸡上的U6,参考的是别人文章中报道的:
Chicken small nuclear RNA U6 (GCAGGGGCCAUGCUAAUCUUCUCUGUAUCG)
was used for normalization. The expression levels of novel miRNAs were measured in terms of threshold cycle value (CT) and normalized to U6 using 2-ΔΔCT [72].
我们根据这个序列设计引物,因为这个序列本身比较长,所以我们只取了一部分大概20nt左右,和其他miRNA一样也是进行Stem-loop RT引物设计,然后反转录,最后设计上下游引物进行定量。
但是定量后发现CT值上不去,都在24-28之间徘徊,有的达到了30,我们想了2个方案解决这个问题:
1.  买公司设计好的U6,但是U6多是人和小鼠上的,不知道拿到鸡上是否好用,而且ABI的U6是探针法设计的,我们用的是sybrgreen法定量。所以这个方法似乎不可行

2.  换一下内参,我看到有人直接用GAPDH等作为内参基因,不知楼主对这方面了解多少?我们实验室用过28s, 是用来做普通的基因表达定量的。可以用于miRNA定量吗?如果拿来作为miRNA的内参,是直接可以用(像普通的基因表达实验一样,直接用T18把RNA反转成cDNA)还是要走其他miRNA定量的程序呢,即从序列中截取一段20nt左右的序列进行stem-loopRT引物设计和后面的定量

希望LZ指教,谢谢!
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冰儿0109[使用道具]
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我也是用U6作为内参,是鸡上的U6,参考的是别人文章中报道的:
Chicken small nuclear RNA U6 (GCAGGGGCCAUGCUAAUCUUCUCUGUAUCG)
was used for normalization. The expression levels of novel miRNAs were measured in terms of threshold cycle value (CT) and normalized to U6 using 2-ΔΔCT [72].
我们根据这个序列设计引物,因为这个序列本身比较长,所以我们只取了一部分大概20nt左右,和其他miRNA一样也是进行Stem-loop RT引物设计,然后反转录,最后设计上下游引物进行定量。
但是定量后发现CT值上不去,都在24-28之间徘徊,有的达到了30,我们想了2个方案解决这个问题:
1.  买公司设计好的U6,但是U6多是人和小鼠上的,不知道拿到鸡上是否好用,而且ABI的U6是探针法设计的,我们用的是sybrgreen法定量。所以这个方法似乎不可行

2.  换一下内参,我看到有人直接用GAPDH等作为内参基因,不知楼主对这方面了解多少?我们实验室用过28s, 是用来做普通的基因表达定量的。可以用于miRNA定量吗?如果拿来作为miRNA的内参,是直接可以用(像普通的基因表达实验一样,直接用T18把RNA反转成cDNA)还是要走其他miRNA定量的程序呢,即从序列中截取一段20nt左右的序列进行stem-loopRT引物设计和后面的定量

希望LZ指教,谢谢!
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小蜜蜂[使用道具]
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请问群里的大侠们,提取miRNA要求的OD值是多少呀?
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贴主,你好。我是一个初学者,现在要写一份标书,急需一份组织和血液标本miRNA测定的具体实验流程。

我们有足够的血液和组织标本,目的是测定其中和肿瘤相关的miRNA。谢谢!!!
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长发piaopiao[使用道具]
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请教lz和各位高人,我用加尾法检测miRNA,提取总RNA后加尾纯化,然后使用miRNA通用逆转录引物合成cDNA,合成的cDNA用于实时荧光定量PCR(sybrgreen法)检测miRNA,可以看到扩增曲线,但是U6做内参没有看到扩增曲线,使用oligo(dT)逆转录的cDNA可以看到U6的扩增曲线,请教是什么原因?怎么解决?谢谢!
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fangxiang[使用道具]
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楼主您好,我也是刚开始做RT-PCR,有几个问题想向您请教一下
1。我想分离血液中的单个核细胞,再从单个核细胞中提取总的RNA检测microRNA,请问是不是可以用Trizol提取总的RNA,还是一定要买特异性的microRNA专提试剂盒
2.在我查阅的外文文献中基本上绝大多数都是用ABI公司的Taqman探针法或者茎环法做的,基本上没有使用染料法检测microRNA,是不是因为探针法特异性高,能特异性的检测成熟的microRNA,避免了前体的干扰,因此SCI的文章不接受染料法做的microRNA的结果
,必须使用探针法或者茎环法这种特异性高的检测方法才可
3.使用探针法检测,是不是常规预先需要使用染料法摸索反应条件?
4。探针法所需要的引物和特异性探针是不是均可以向ABI公司购买?检测一条成熟的microRNA所需试剂(以ABI公司产品为例),大概需要多少费用
非常感谢楼主能百忙之中能解答,谢谢了

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好像使用染料法做的microRNA的结果,也可以发国外文章,最近JTO上发的有一篇,使用的就是染料法。
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大仙[使用道具]
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现在我做的是从石蜡包埋组织中提取microRNA。有做这方面的吗?请求交流
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非常感谢楼主的经验分享!楼主之前有说做过石蜡组织中提取miRNA,能不能分享下经验?提取出来的RNA,需要稀释到多少的浓度用于RT?是否样本间的RNA均需要稀释到同一浓度?
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章鱼小丸子[使用道具]
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我想知道最后出来的结果怎么分析
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桔囿[使用道具]
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lz你好

我是新手,想做miRNA的QRT-PCR,您上面说如果是细胞的话,直接用Trizol提就好,请问反转录试剂盒用哪个公司比较好?文献上大多是用Taqman microRNA array kit,由于经费不多,我想用染料法,想求些好的建议。对于茎环引物一般用哪个公司设计?如果要验证七八个的话,一共下来要多少钱?问题有些傻,请别见笑>  
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