小中大我也是用U6作为内参,是鸡上的U6,参考的是别人文章中报道的:
Chicken small nuclear RNA U6 (GCAGGGGCCAUGCUAAUCUUCUCUGUAUCG)
was used for normalization. The expression levels of novel miRNAs were measured in terms of threshold cycle value (CT) and normalized to U6 using 2-ΔΔCT [72].
我们根据这个序列设计引物,因为这个序列本身比较长,所以我们只取了一部分大概20nt左右,和其他miRNA一样也是进行Stem-loop RT引物设计,然后反转录,最后设计上下游引物进行定量。
但是定量后发现CT值上不去,都在24-28之间徘徊,有的达到了30,我们想了2个方案解决这个问题:
1. 买公司设计好的U6,但是U6多是人和小鼠上的,不知道拿到鸡上是否好用,而且ABI的U6是探针法设计的,我们用的是sybrgreen法定量。所以这个方法似乎不可行
2. 换一下内参,我看到有人直接用GAPDH等作为内参基因,不知楼主对这方面了解多少?我们实验室用过28s, 是用来做普通的基因表达定量的。可以用于miRNA定量吗?如果拿来作为miRNA的内参,是直接可以用(像普通的基因表达实验一样,直接用T18把RNA反转成cDNA)还是要走其他miRNA定量的程序呢,即从序列中截取一段20nt左右的序列进行stem-loopRT引物设计和后面的定量
希望LZ指教,谢谢!