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标题:[分享]miRNA用荧光定量PCR检测的流程以及汇总

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PCR新手,也要做miRNA的实验,请楼主或其他的高人指导一下:
①为什么用stem-loop的方法反转录,需要测定一个miRNA就反转录一次?不能一次把要测的几个miRNA的stem-loop引物都加进去?
②为什么用poly(A)的方法要比用stem-loop节省RNA?
②用poly(A)的方法反转录,之后qPCR时,一次能检测几个miRNA?
问题比较傻,刚开始学。谢谢大家了!
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PCR新手,也要做miRNA的实验,请楼主或其他的高人指导一下:
①为什么用stem-loop的方法反转录,需要测定一个miRNA就反转录一次?不能一次把要测的几个miRNA的stem-loop引物都加进去?
②为什么用poly(A)的方法要比用stem-loop节省RNA?
②用poly(A)的方法反转录,之后qPCR时,一次能检测几个miRNA?
问题比较傻,刚开始学。谢谢大家了!
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PCR新手,也要做miRNA的实验,请楼主或其他的高人指导一下:
①为什么用stem-loop的方法反转录,需要测定一个miRNA就反转录一次?不能一次把要测的几个miRNA的stem-loop引物都加进去?
②为什么用poly(A)的方法要比用stem-loop节省RNA?
②用poly(A)的方法反转录,之后qPCR时,一次能检测几个miRNA?
问题比较傻,刚开始学。谢谢大家了!

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1、如果你想一次反转录就得到所要的RNA,你可以吧几个loop引物放在一起,只是我没试验过,不知道分开好还是放一起好。
2、poly(A)的方法不比用stem-loop节省RNA,相反他需要更多的RNA。
3、如果用OligodT的反转录引物,你能检测你想要的miRNA,但是在反转录过程中,Oligodt的特异性要差一些。
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再请教lz个问题,你用过+a尾,用t引物反转录的方法么。现在我用的特异性rt引物,每测一个mirna就得反转录一次,又麻烦又费钱。不知道+a尾的方法与特异性反转的方法相比特异性怎么样。lz有没有介绍这种方法的文献资料之类的??

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OligodT方法反转录我尝试过,但是由于在反转录前需要PolyA加尾,RNA需要的量比较多,后来就放弃了(我从血液里提取RNA,得量不高)。关于灵敏度我可以告诉你同样的量的RNA用Loop反转录引物会灵敏度大得多。特异性来说,OligodT的反转录引物比特异引物特异性要低一些,但是PolyA的OligodT方法一样能得到特异的PCR产物。相对来说增加PolyA一步骤的成本同反转录相比应该差不多(没仔细算过)
你可以尝试下两种方法:1、把多个你想检测的特异引物放在一起进行反转录(引物之间有没有干扰等影响我没尝试过);2、用OligdT引物进行反转录(如果你有比较多的RNA,)。
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可能出现的一些问题(1)
也许用RNA Poly(A)加尾后进行PCR会出现PCR产物没有目的条带的情况,
希望在做目的基因时同时做下内参基因(U6或者5srRNA或者其他),如果内参基因也没有出现条带,说明RNA本身或者在反转录前RNA消耗掉了,或者反转录过程中出现问题没有得到理想的cDNA;如果内参有条带或有曲线,就从目的基因引物开始分析。
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请教lz一个问题:用stem-loop的方法反转录microRNA后,qPCR可以用SYBR Green染料法吗?看文献上都是用探针法,我用了燃料法没有做出来,不知道这样做可不可行?新手上路,请多多指教!  
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lz,你好,我想请教你:颈环法的那个颈环序列是什么?是通用的吗?O(∩_∩)O谢谢  
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一般用颈环结构的RT引物,RNA在反转录的时候用量按正常反转录的量即可’如果使用像AB等公司的成品RT引物和RealTime PCR引物探针套装,而PCR曲线以及电泳条带不是很好,则需要考虑PCR模板的问题,是不是RNA量太低??或者反转录效果不好???
如果使用的是自己设计的RT引物,则我建议选择用AB等公司的成品作为阳性对照,这样在实验过程中可以少走很多弯路。
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请教lz一个问题:用stem-loop的方法反转录microRNA后,qPCR可以用SYBR Green染料法吗?看文献上都是用探针法,我用了燃料法没有做出来,不知道这样做可不可行?新手上路,请多多指教!

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其实用什么方法都可以的。我一般是先用染料法验证RT引物和PCR引物怎样,然后再设计探针的。
如果你用染料发做不出来,原因你应该找一找,我想这跟用探针或者染料没什么关系。PCR产物跑过琼脂糖凝胶电泳没??目的条带怎样?我想您可以这样试下:1、先用普通PCR跑电泳看看有没有条带,条带好不好?不好就需要找原因、优化 2、条带好的话,然后用染料法做,这样保证PCR体系本身没什么问题 3、如果你觉得探针法特异性更好(事实确实如此),在以上条件的情况下可以设计探针了
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avi317[使用道具]
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lz,你好,我想请教你:颈环法的那个颈环序列是什么?是通用的吗?O(∩_∩)O谢谢

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您好,您可以找找楼上我提供的两篇文章,分别是关于以上两种RT引物的序列的。也许可以给您一些建议和帮助。
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