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标题:[分享]miRNA用荧光定量PCR检测的流程以及汇总

碧空子[使用道具]
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想和你讨论几个问题
1.你在前面的帖子说,加A法比茎环的方法耗费的RNA量更多?但在反转录体系中加入的RNA量增大是可以提高检测灵敏度的,也就是说虽然加入了更多量的RNA,但实验的灵敏度得到了提高,所以不能直接说加A法比茎环法消耗的RNA量更多的。
2.对于茎环法的特异性,因为现在准备开展这方面的实验,也在这两种方法中犹豫。LZ现在的实验数据能够证明茎环法反转录的特异性比加尾法的高吗?虽然按照原理来说,在反转录阶段茎环法有反转的特异性而加A法没有,但我听说茎环法由于引物存在茎环结构,具有空间位阻的情况,因此转录效率比加A法低。
3.茎环法的引物如果购买的话,大概多少米啊?
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avi317[使用道具]
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想和你讨论几个问题
1.你在前面的帖子说,加A法比茎环的方法耗费的RNA量更多?但在反转录体系中加入的RNA量增大是可以提高检测灵敏度的,也就是说虽然加入了更多量的RNA,但实验的灵敏度得到了提高,所以不能直接说加A法比茎环法消耗的RNA量更多的。
2.对于茎环法的特异性,因为现在准备开展这方面的实验,也在这两种方法中犹豫。LZ现在的实验数据能够证明茎环法反转录的特异性比加尾法的高吗?虽然按照原理来说,在反转录阶段茎环法有反转的特异性而加A法没有,但我听说茎环法由于引物存在茎环结
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8黑眼圈8[使用道具]
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你做过两种方法的对比实验?那太好了。你的实验结果是说茎环法的灵敏度要高十倍左右?
如果自己合成茎环引物,有没有什么规则可以参考的?  
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avi317[使用道具]
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你可以看下我上面提供的其中一篇文章,上面有RT引物的序列,另外为了保证试验的顺利进行,我建议你还是购买一道两个公司的引物做为阳性对照,这样可以确保你能尽快判断设计的RT的引物是否够好,一般我觉的只要与公司的产品CT值相差不大(1个CT左右)就可以了。当然,如果你的经费充足,时间由宝贵,大可以购买公司产品,ABI公司的很贵,但是效果够好(非广告)。
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avi317[使用道具]
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如果大家的样本两位比较少又很宝贵(例如血清),我建议用比较好的RNA提取试剂盒来进行RNA的提取(QIAGEN公司的还不错,非广告),这样避免因为RNA没提好而浪费样本的情况发生。
另外因为样本量比较少,RNA用琼脂糖凝胶电泳来分析RNA的完整性可能就行不通了,在这里建议的是或者直接测个OD就算了(电泳就是跑了也看不清条带),或者有条件的可以用一种微量测RNA OD的仪器,它可以给出RNA的峰图,效果还不错哦(可惜lz龄大健忘,忘记国外哪个公司的产品了。)
对于荧光定量PCR试验的一个重要问题就是:内参基因一定要选好,如果没有合适的,干脆去公司买一份U6的内参基因,这样既能保证您的内参基因完美、又能同时验证您的试验到底怎么样。  
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avi317[使用道具]
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如果大家的样本两位比较少又很宝贵(例如血清),我建议用比较好的RNA提取试剂盒来进行RNA的提取(QIAGEN公司的还不错,非广告),这样避免因为RNA没提好而浪费样本的情况发生。
另外因为样本量比较少,RNA用琼脂糖凝胶电泳来分析RNA的完整性可能就行不通了,在这里建议的是或者直接测个OD就算了(电泳就是跑了也看不清条带),或者有条件的可以用一种微量测RNA OD的仪器,它可以给出RNA的峰图,效果还不错哦(可惜lz龄大健忘,忘记国外哪个公司的产品了。)
对于荧光定量PCR试验的一个重要问题就是:内参基因一定要选好,如果没有合适的,干脆去公司买一份U6的内参基因,这样既能保证您的内参基因完美、又能同时验证您的试验到底怎么样。  
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其实出现问题大家讨论的话会解决很快,LZ不是万能的,他可能什么都不懂。我建立这个平台的目的就是希望大家能把关于miRNA的试验出现的问题汇总一下,大家来这里多讨论讨论。

我的格言:没有交流,没有进步
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如果SYBR染料实时PCR检测疾病组和对照组miRNA的差异,U6做对照,怎么摸条件啊。进行实时PCR前我用普通逆转录PCR跑胶,U6的亮度不一样。是不是每个样品中U6的量要统一?即:将U6的模板量统一。新手,请各位赐教!
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白白的[使用道具]
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如果大家的样本两位比较少又很宝贵(例如血清),我建议用比较好的RNA提取试剂盒来进行RNA的提取(QIAGEN公司的还不错,非广告),这样避免因为RNA没提好而浪费样本的情况发生。
另外因为样本量比较少,RNA用琼脂糖凝胶电泳来分析RNA的完整性可能就行不通了,在这里建议的是或者直接测个OD就算了(电泳就是跑了也看不清条带),或者有条件的可以用一种微量测RNA OD的仪器,它可以给出RNA的峰图,效果还不错哦(可惜lz龄大健忘,忘记国外哪个公司的产品了。)
对于荧光定量PCR试验的一个重要问题就是:内参基因一定要选好,如果没有合适的,干脆去公司买一份U6的内参基因,这样既能保证您的内参基因完美、又能同时验证您的试验到底怎么样。

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测OD也不准吧?血清中量很少的,OD值很低,仪器的偏差会影响到测定值的。微量的仪器是Thremo的Nanodrop吧。
如果买内参的话,是需要从提取时就要加入到血清中的吧,没有这样做过,呵呵!
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白白的[使用道具]
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如果SYBR染料实时PCR检测疾病组和对照组miRNA的差异,U6做对照,怎么摸条件啊。进行实时PCR前我用普通逆转录PCR跑胶,U6的亮度不一样。是不是每个样品中U6的量要统一?即:将U6的模板量统一。新手,请各位赐教!

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U6做为对照的话,不需要调整的吧?只要保证U6基因的表达量不变就可以了。最后用U6的表达量做为均一化的标准即可。  
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