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标题:[分享]miRNA用荧光定量PCR检测的流程以及汇总

avi317[使用道具]
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楼主真乃神人啊,我很很羡慕你啊,我也真的好好想把自己的实验做出来,但有时我真的对自己没什么信心啊,做血液我都有种想放弃的冲动

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呵呵,其实miRNA很难降解的,室温存放好几个月的石蜡切片的miRNA我都提取过,内参CT在20以内,所以根本不用担心。只是血液里的RNA真的难提取,需要在不降解RNA的情况下破坏红细胞,才能对白细胞下手。
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我现在在做血浆中的miRNA 的表达,提的浓度很低。有时分光光度计都是负值。但是用QIAGEN的反转录和SYBR GREEN pcr的盒子有几个目的基因还不错,也有的熔解曲线不太理想。所以需要把PCR的产物跑胶分析一下,有无引物二聚体等等。请问楼主PCR怎样跑胶检测?在园子里没找到 相关的文章 比如胶的配置 方法啊 以前跑的rt-pcr的产物放在-20度冰箱里的能不能用来跑胶?是不是要用新鲜的标本?
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还有一个问题想请教楼主 miRNA的反转录及PCR产物是不是用聚丙烯酰胺电泳比琼脂糖效果要好 考虑到分子量大小的问题  
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弱弱的问一下各位,用SYBR Green染料法时内参基因是加在目的基因同一反应管中还是与目的基因分两管?  
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LZ,你好!
我做的小鼠腹膜的MicroRNA实验。为什么我提取的组织RNA的RT-PCR数据分析时CT值误差很大,而且Tm值那一栏没有数值,一个都没有。9个样本,做出来却只有3根溶解曲线。会不会是没有提取到RNA?怎么验证?
请帮忙解答,谢谢!
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谢谢呦,很有用呀,只是pcr有太多不懂了
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我现在在做血浆中的miRNA 的表达,提的浓度很低。有时分光光度计都是负值。但是用QIAGEN的反转录和SYBR GREEN pcr的盒子有几个目的基因还不错,也有的熔解曲线不太理想。所以需要把PCR的产物跑胶分析一下,有无引物二聚体等等。请问楼主PCR怎样跑胶检测?在园子里没找到 相关的文章 比如胶的配置 方法啊 以前跑的rt-pcr的产物放在-20度冰箱里的能不能用来跑胶?是不是要用新鲜的标本?

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您好,由于本人原因近来很少来论坛,没有即使给答复不好意思。
关于血液里RNA的量底,不知道您用多少血浆来提取?我用8ml全血最后提取得来的RNA DO值都不一定很高,何况血浆。我想可以这样:提取RNA的试剂盒一定要好、反转录时候把体系的水全部换成RNA,看看每个样本的内参怎样以确定RNA到底低到如何让程度。

关于您的问题,我是这样做的:普通的琼脂糖凝胶,浓度3%,单排梳子长一些(这杨跑的时间长也不会跑出去),时间30-45min,DNAmaker用小的,100bp可以用
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avi317[使用道具]
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还有一个问题想请教楼主 miRNA的反转录及PCR产物是不是用聚丙烯酰胺电泳比琼脂糖效果要好 考虑到分子量大小的问题

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是的,不过我没跑过,可能需要您亲自摸索下
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avi317[使用道具]
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弱弱的问一下各位,用SYBR Green染料法时内参基因是加在目的基因同一反应管中还是与目的基因分两管?

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哦,这个啊,加在同一管中我还没做过,不知道比起后者效果怎样。兄弟你可以试一下
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avi317[使用道具]
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LZ,你好!
我做的小鼠腹膜的MicroRNA实验。为什么我提取的组织RNA的RT-PCR数据分析时CT值误差很大,而且Tm值那一栏没有数值,一个都没有。9个样本,做出来却只有3根溶解曲线。会不会是没有提取到RNA?怎么验证?
请帮忙解答,谢谢!

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您好,关于这个问题,可能需要您多个方面去验证:1、RNA的OD值怎样?反转录时您可以把体系里的水都弄成RNA,也许会好些;2、内参基因CT值多少?每个样本的内参CT如果都靠后或者没有的话应该是RNA不够;3、如果内参CT好的话,把你定量完的PCR产物跑3%的凝胶电泳看下有没有条带,如果没有,看看是否目的基因的引物有问题?
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