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标题:[精华]酶切问题讨论专栏

桔囿[使用道具]
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谢谢,我正要重新提取质粒。我做PCR不是用的菌落,是用接种针挑很少的菌落接种LB,培养后取1微升的菌液做为模板进行PCR鉴定的,不知这种情况下的假阳性有多高。以前我转化不成功时PCR基本都是阴性。
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森林木[使用道具]
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各位帮帮我吧:我的PCR产物回收后,用EcoRI和XhoI双酶切,然后和EcoRI和XhoI双酶切的载体PET30a连接,转化BL-21(DE3)感受态细胞,想进行蛋白的表达,可是做了快一个月了,转化后,一个菌都不长,感受态细胞用空载体检测过,转化率挺高的。PCR用的两条引物,分别加了EcoRI,XhoI得酶切位点,并有三个保护碱基,PCR产物的大小为2.1Kb,因为酶切过只有少数几个碱基去掉,所以不知道PCR产物是否被切出粘性末端。我现在该怎么办呀,那一步出问题我都找不到,PCR产物酶切时间是过夜

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见你的问题我就想掉泪,我已做了三个月。我们情况熟悉,互相交流一下,也许大有裨益。有几个建议,1你把PCR后的片段先与T载体相连,然后再做酶切,这样就可以解决你讲的问题。2 PET30a酶切也存在这个问题,你可做单切作对照,若也做不出来,那就只能是连接酶的原因了。3 酶切时间是过夜到不必,切长了反而不好,若你一直这样做,也许问题在这,时间应控制在4小时之内。希望你能把你的感受发出来,互相借鉴。
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谢谢,我正要重新提取质粒。我做PCR不是用的菌落,是用接种针挑很少的菌落接种LB,培养后取1微升的菌液做为模板进行PCR鉴定的,不知这种情况下的假阳性有多高。以前我转化不成功时PCR基本都是阴性。

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菌落PCR是指直接用菌作摸板,所以你的做法也属于此。假阳性很高,我最初作这个实验,看到这便筛,结果一个也没有。你可以用以前的摸板作对照,扩出的片段亮度应相同,才可以初步确定。
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清风风铃[使用道具]
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菌落PCR是指直接用菌作摸板,所以你的做法也属于此。假阳性很高,我最初作这个实验,看到这便筛,结果一个也没有。你可以用以前的摸板作对照,扩出的片段亮度应相同,才可以初步确定。

==============================================================================================

我用以前的模板做对照的,我用菌液和提取的质粒做PCR,扩出的片段亮度基本都比我用模板扩出的条带亮度高,有的高很多。
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森林木[使用道具]
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那你的PCR在你的转化子里边占多大比例,如果转化成功,这个比例应在90%以上。如果确实,说明你的这一步没问题
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3N4G[使用道具]
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我补充一点:
1)lanzr ,调整菌落PCR条件,直接挑转化后的单个菌落放到PCR管中,没必要用LB培养,注意把预变性时间调到7-10分钟,而且挑后沾到含抗性的LB平板上,并做好标记,一次可以挑10来个菌斑。如果还不成功,测序看看!
2)anxueli ,你可以先将纯化的PCR产物克隆到T载体上,酶切后的片段再与你的pET30a(同时双酶切)连接;也可以将PCR产物(如果你的产物特异性强切产量高)双酶切回收,胶回收后直接连到pET30,我建议你先构建好表达载体,转入高拷贝的克隆菌DH5α或JM109效率高,抽提质粒鉴定后再转入BL21。
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森林木[使用道具]
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你的意见很好,谢谢你的补充。用DH5a还有一个好处,它的转化率高。
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+田田+[使用道具]
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目的:酶切后回收目的片断连接
体系: dH2O 41ul
buffer B 5ul
plasmid(100ng/ul) 3ul
Hind 3 0.5ul(5个单位)
Pst I 0.5ul(5个单位)
总体积 50 ul
37度,3个小时,电泳酶切完全,但条带很弱
问题:回收后溶解在25 ul Tris-Hcl中,检测居然没有东西!!!求助,是否因为酶切体系中质粒浓度太低???
曾看到一同学的体系,同样50 ul,plasmid居然加到34 ul!!
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3N4G[使用道具]
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载体用的量少了,所以你酶切后的片段条带较弱,而且胶回收的能达到30%就不错了。建议:
1)30ul的体积,质粒的量可以加到1ug,浓度达不到可以先浓缩。双蒸水加少点或不加都没有问题。
2)内切酶用1ul足够。
3)加大上样量,以便能回收较多的目的片段,可以使用宽梳子或将两个梳齿用透明胶连在一起倒胶。
4)回收尽量少切下琼脂糖,回收效率有所增加。
5)回收后跑电泳未见条带,可能是浓度太低,可以先测定OD260看看浓度,如果能达到50ng对后面的实验没有多大影响。
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兔纸[使用道具]
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我想请教版主和DX们一个问题,我要把老外给我的pGL-3 Basic质粒MCS上游人工添加的一段调控序列和Tk启动子P下来,替换掉PC-DNA3上的CMV启动子。设计的酶切位点是Nde1和Hind3,其中Hind3本身就位于PGL3 MCS下游,而Nde1则必须加在上游PCR引物的5’端。我查了一下NEB的说明,Nde1的保护序列加上酶本身的序列长达20个bp,加上3’的互补序列一共是30个bp(3’端的十个互补序列是pGL-3上游测序引物的3’端序列距离MCS有40个bp的距离),而下游引物则只有18个bp,不知这样能否P出我要的序列,还是应该不加保护序列,而先克隆到T载体中后在进行下一步的亚克隆,请版主予以指点,谢谢了。
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