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标题:[精华]酶切问题讨论专栏

3N4G[使用道具]
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1)Nde1的保护序列加上酶本身的序列,如果是GGAATTCCATATGGAATTCC,只需要加一侧的保护序列就可以了,酶切效率不高,延长酶切时间。
2)两个引物相差太大不大好,一般不超过3个碱基。你可以将下游引物延长点!
3)加保护碱基是为了方便后面的酶切,如果你先克隆到T载体,可以不加!
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小困[使用道具]
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还有两个问题想向您请教一下。1、我用TaKaRa公司的Nde1和Hind3同时进行双酶切,用的是该公司提供的通用K Buffer,公司说明书上说在K Buffer中这两种酶的效率都能达到100%,我切了3-4个小时后跑电泳发现没有切开,不知道是时间不够,还是这两种酶最好分开切或是其他什么原因。2、试剂目录上还说,用Nde1酶切后形成的AT粘端在进行连接时,效率很低,要用平末端的连接条件才行。在这种情况下如果将PCR的酶切位点设计为该酶的同尾酶Xsp1来进行连接不知是否效率能有所提高,此方案是否可行,请予以指点,再次感谢!
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1)切了3-4个小时没有切开不是时间的问题,如果温度相同可以同时切,换其他公司的酶试一试,或切其它的质粒做对照,也可以用两个酶分别做单酶切对照看看酶有没有问题。
2)平末端连接肯定没有粘末端高,将PCR的酶切位点设计为该酶的同尾酶Xsp1来进行连接,这种方法我没有做过,你可以看看分子克隆。
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椰子叶子[使用道具]
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2)连接,第一,在分子克隆上提到,若连接困难,可能末段封闭,因此建议连接之前45度保温5分钟。这一步是否必要。第二,体系(10ul),我一般是凭感觉,若回收的载体中度量(5微生)目的片段微弱,比例如何好。第三,连接酶。我不知到有多长时间了。对照我是否可以用单酶切看连接效果.4)平板经常出问题,有时不长,有时长的不是转化子,问题在于到平板时不能太凉,结果抗生素没混匀。另外,还有一个情况,我前面在做T载体转化时,也是转不出来,是一个老师转的。情况与此差不多。综合这些情况,再请教以下?多劳驾了。

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1。对于第二个问题我觉得没有必要,我一般都没做过这步。

2。pcr产物的量和质粒的量一定要大,如果量少我建议你不要往下做了。这往往是起决定作用的,量大分子发生碰撞的机会才多,才能连上。

3,连接酶很重要,我们实验室用neb的酶,效果很好。

4。平板一定要过关,本人同意版主的意见,最好是新倒的
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扑啦啦[使用道具]
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T载体上NdeI 和SalI紧挨着,切这两个酶切位点,连目的片断,就是长不出菌来。会不会是靠的太近切不开,或是更糟,切乱了。请各位大虾多多指教。
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一般我们不提倡靠近的两个酶切位点同时切,之间相隔最好3个以上碱基!你切不开是有可能的,建议重新选择酶切位点。  
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森林木[使用道具]
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不知怎么了,各种条件都考虑了,酶也换了,就是不出结果。即使有转化子,接菌开始长,变白后就不长了。提一下质粒有三条带,可是一切就碎,真真见鬼了。
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可能与甲基化相关!质粒质量不好!  
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森林木[使用道具]
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能详细解释一下吗?至于质粒质量不好,我想可能性不大,原质粒(同一批)提取与酶切好好的,再连接转化就不行了。  
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3N4G[使用道具]
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具体的我也不清楚,实际上你可以转化其它的宿主菌试一试!再抽提质粒!
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