【求助】请教如何使用blast？

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标题:【求助】请教如何使用blast？

JK.jon[使用道具]
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发表于 2015-12-31 11:23 资料个人空间短消息加为好友

小中大

请问如何使用pubmed上的blast？

IAM007[使用道具]
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发表于 2015-12-31 11:23 资料个人空间短消息加为好友

小中大

进入ncbi主页进入blast页面：

附件

2015-12-31 11:23

42385423.snap.jpg (53.42 KB)

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发表于 2015-12-31 11:24 资料个人空间短消息加为好友

小中大

接着点击“Nucleotide-nucleotide BLAST (blastn) ”选项，进入核酸blast界面:

附件

2015-12-31 11:24

44834848.jpg (49.91 KB)

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发表于 2015-12-31 11:24 资料个人空间短消息加为好友

小中大

在“search”框内粘帖你要比对的序列，然后按“BLAST!“ 键，进入 Formating BLAST 页面：

附件

2015-12-31 11:24

75707828.snap.jpg (36.13 KB)

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发表于 2015-12-31 11:24 资料个人空间短消息加为好友

小中大

点击” Format “ 按键，进入” reaults of BLAST " 页面，这是Blast的等待画面，过几秒终就会出现检索结果的页面。

附件

2015-12-31 11:24

33096326.jpg (27.34 KB)

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发表于 2015-12-31 11:25 资料个人空间短消息加为好友

小中大

这就是比对结果页面，因为很长，所以只帖出了上面一小部分，会了么？
另外，这是对人的核酸序列进行比对，对蛋白或这动物的序列进行比对，在我发的第一个图片的页面里面选择不同的比对程序就可以了！

附件

2015-12-31 11:25

73093998.snap.jpg (44.54 KB)

JK.jon[使用道具]
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发表于 2015-12-31 11:25 资料个人空间短消息加为好友

小中大

谢谢，虽然经常用，还是又学习了一遍。
能帮助解释一下5个选项的细微区别吗？不好意思，借happy20041981cn
的宝地，也问个（5个）问题。
Discontiguous megablast
Megablast
Nucleotide-nucleotide BLAST (blastn)
Search for short, nearly exact matches
Search trace archives with megablast or discontiguous megablast

IAM007[使用道具]
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发表于 2015-12-31 11:26 资料个人空间短消息加为好友

小中大

主要用来鉴定一段核酸序列，它并不注重比对各个碱基的不同和序列片断的同源性，而只注重被比对序列是否是数据库未收录的，是否为新的提交序列或基因。
Discontiguous MEGABLAST 和 Nucleotide-nucleotide BLAST (blastn) ：两者都是侧重于用来比对序列同源性的，但是所用算法不同，所以Discontiguous MEGABLAST 的灵敏度（sensitivity）更高，用于更精确的比对。
Search for short nearly exact matches：主要用于引物片断和较短核酸序列的比对，设计引物的时候，常常会用到这个比对程序。
Search trace archives with megablast or discontiguous megablast：用来查找别与比对序列相关的原始未加工序列信息，其数据库主要由全基因组鸟枪打靶，BAC 末端序列和 EST 序列构成。
以上是俺对这几个比对程序的粗浅了解，可能有很多不对和不足的地方，请各位战友指正！

feixi[使用道具]
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发表于 2015-12-31 11:27 资料个人空间短消息加为好友

小中大

我想问问在结果里表里线条的不同颜色是不是代表不同的分？

IAM007[使用道具]
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发表于 2015-12-31 11:27 资料个人空间短消息加为好友

小中大

QUOTE:

原帖由 feixi 于 2015-12-31 11:27 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')

我想问问在结果里表里线条的不同颜色是不是代表不同的分？

那是代表与被比对序列匹配的片断的不同长度。