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标题:【求助】设计的引物要检测其特异性应如何在NCBI上进行BLAST?

bgf5[使用道具]
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发表于 2016-1-5 15:48 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

【求助】设计的引物要检测其特异性应如何在NCBI上进行BLAST?


请教各位高手一个简单的问题：设计的引物要检测其特异性应如何在NCBI上进行BLAST？应从哪个入口进（Nucleotide OR Genomes human）？在search框输入引物序列后还要不要设定其他条件？谢谢！！！
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lorri[使用道具]
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发表于 2016-1-5 15:48 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

在BLAST中点击Search for short, nearly exact matches
可以设置物种范围和期望值以及格式之类
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vvmmoy[使用道具]
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发表于 2016-1-5 15:49 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

按照如此顺序：PUBMED——Nucleotide——BLAST——Search for short, nearly exact matches，然后打上 你的上下游引物（分两行），然后击：“BLAST",在下一页击：“FORMAT"，出来结果即可。
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ROSE李[使用道具]
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发表于 2016-1-5 15:49 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

上下游引物都是从5'到3'吗?
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ROSE李[使用道具]
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发表于 2016-1-5 15:49 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

我是说输入引物时的顺序,谢谢！
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yueban-1147[使用道具]
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发表于 2016-1-5 15:49 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

上下游引物都是从5'到3'吗?
是的
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BUK[使用道具]
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发表于 2016-1-5 15:50 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

我想请问一下sence和anti-sense是不是就是指上下游引物呢?
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BUK[使用道具]
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发表于 2016-1-5 15:50 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

还有,是在那个search里输上那个上下游引物吗?为什么我分两行输上去,他每次都只是给我分析了上游的?请指教!!
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wawa[使用道具]
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发表于 2016-1-5 15:51 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
我按照上面方法BLAST了我的上游引物，可如何分析其特异性好坏？请高手指点，不胜感激！
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555444[使用道具]
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发表于 2016-1-5 15:51 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

我是按5’输入的。出来了。有七条好像是可以。这样行吗？
下面的U G E 是什么意思？
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