小中大【转帖】新手的引物设计心得进行时
大凡开一个新课题，学一个新技术，除了去PUBMED，web of science 读读浩如烟海的文献之外，总要先来丁香园墙里墙外翻一翻，找一找，通常都能刨到意外惊喜。
新的课题要先用定量PCR确认十多个基因的时间表达曲线。连那种定性的PCR都没有碰过的我，要从引物设计开始。
于是先把丁香园能淘的宝贝都看了一遍。
PCR引物设计的黄金法则
PCR技术-详解 Microsoft Word 文档
图解blast验证引物教程1
blast验证引物教程2
引物设计实例分析
使用PUBMED对基因检索分析
引物设计软件oligo应用简介
DNAMAN的使用简介
引物设计1
引物设计2
引物设计3
引物设计4
还有许多在线的问答，等我有空了一点一点把链接连上。
大致知道引物设计是要软件的，隐约记得一个战友说过他老板直接对着基因序列手工设计，这个比较牛，看来这辈子也达不到这个水平了。
然后设计的时候要遵守一定的游戏规则。
最后设计出来的引物还要经过实践的检验。
先说软件吧。我们实验室用oligo3, 九十年代版的，从名字上看似乎应该是oligo5的前身，但是和oligo5的界面非常不一样。 非常原始。反正我面前就只有信使在上下飘动。原始得就像现在我们看80年代大多数歌星们的MTV一样。我老板和师弟都说，看上去很简单很原始，但是还是很实用的。老板说，就当玩游戏玩吧。呵呵。当我一点一点地把十多对引物设计完了后，又下载了DNAMAN，PRIMER5, Oligo5, DNAstar等等又玩了玩，发现还是原始的方式好啊。只是原始的方式太浪费时间，十几对，我一共花了两周的上班时间。平均一天一对吧。
所谓的原始的方式就像oligo5那样，能知道各种长度的候选引物的所有物理参数，但是没有任何智能功能，只能自已一个一个去排列组合。因为我每个基因最终只提供给老板一对最佳引物，所以只能靠自己给引物们打分了。
前几天最终把十一对引物小试了试普通的PCR, 九对在规定的地点报到，而且是单枪匹马, 一对是把方向弄错了，是分道扬镳的两个方向，呵呵，还有一对没来报到的原因未明，待查。
好吧，不罗嗦了，先一点一点凌乱地写写，以后再润色。
