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标题:【求助】qRT-PCR数据处理

爱老虎游tt[使用道具]
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QUOTE:
原帖由 vera+ 于 2016-1-6 15:19 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')

最好还是三个重复,如果其中有一个差异大些的话,呵呵,为了发文章的话,去掉一个也不是不可以的。

您不是说需要原始图片吗,这样的话,不就不行了?而且我的CT值差异较大,我没有那种八联管离心机,不知道和这个有没有关系。
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ending[使用道具]
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Ct值平行样之间最好差0.5以内,大于0.5小于1也勉强吧。
CT值差异较大,有可能是加样不准,如果没有八联管离心机的话,加完样后可以用手甩甩,赶走气泡,注意气泡不能在液体底部,在液面上面不要紧。
原始图片也可以啊,你选哪个孔不就出来哪个孔的曲线了吗?
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orangecake[使用道具]
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我加的是oxLDL,做凋亡的也是这八个浓度,请问发文章,qRT-PCR需要提供什么吗,还是只需要一个图呀?

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我讲下我的现在做qPCR数据处理流程吧:
1.我用的是ABI 7900HT来跑,用SDS2.4来分析,检测healthy 和patients两者表达miRNA的差异。
2.反应结束后,先看融解曲线,因为SDS2.4可以看到Tm 值,一般看三个重复之间是不是一致。如果有差异,我默认是0.2到0.5度以内,视实验是验证还是筛选。筛选做的是多重反转。
3.一般一个板里做两个内参,一是U6,一是5S,以2^(-Ct)换算,计算平均值,看两个内参之间有无差异,再以两者的Ct的平均数来做校准。
4.各检测组的Ct减去内参的平均值,以2^(-deltaCt)换算成表达值,以mean/sd的形式表示。以非配对T  test来算差异P值,用prism 绘制成图表。
因为是比较正常与病态,只是用到delta Ct,没有用到delta delta Ct.
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pore[使用道具]
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重新把这组再做一遍,如果仍然与前面不一致的话,仍然可以发表,只要你能自圆其说即可,甚至如果得出阴性的结果,国外的编辑可能会感觉更可信,可能更愿意接收,现在国外的编辑都不太愿意相信中国人的数据了
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