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标题:【求助】如何筛选SNP进行研究

jujuba[使用道具]
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发表于 2016-1-7 11:14 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

是的，你的意思是说没有中国人的频率就不做了么？
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Darcy[使用道具]
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发表于 2016-1-7 11:14 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
我参考的一篇文章，他是根据hapmap把一个基因分成了3个block。他只是说从每一个block里选择一个snp进行研究。没有提到tagsnp的信息。不过文章提到的是根据hapmap的release 19提供的数据。可能当时作者做的时候haploview里也还没有添加筛选tagsnp的功能。
我看园子里有人说，只要每个block里选择一个就可以，最好选杂合率高的那个。
我现在第一个block里是随便选的一个，主要是那几个tagsnp的序列比对不好做，blast效果很差。所以我另选了一个非tagsnp。
我现在的做法合适不？就是block里选个杂合率高点的。不管它是不是tagsnp.
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ns5fan[使用道具]
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发表于 2016-1-7 11:14 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大


QUOTE:
原帖由 jujuba 于 2016-1-7 11:14 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')

是的，你的意思是说没有中国人的频率就不做了么？

没有中国人的频率关键是你做了也许没有
信息或检出很少，风险高点，没有参考其实
也可以做，都是一种选择
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whitesheep[使用道具]
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发表于 2016-1-7 11:15 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
SNP Selection Criteria
Category 1 "verified"
This contains all SNPs for which we have allele frequency or genotyping data. This includes SNPs from the TSC allele frequency project, as well as SNPs characterized by JSNP. These SNPs were generated from those rs clusters in which at least one of the SNPs in the cluster contains genotype or allele frequency data and the minor allele must have been seen in at least two individuals.
Category 2 "two-hit"
These are true double-hit SNPs, produced in collaboration with Jim Mullikin and Sarah Hunt. A double-hit SNP must be seen twice, in two different DNA samples which must have produced two alleles. TSC trace data was only allowed to contribute one hit per allele because the individual source DNA for a trace could not be identified.
Category 3 "jsnp-verified/perlegen-verified"
This category contains two groups: SNPs that JSNP certifies are likely to be real based on manual inspection of their data (but have not been genotyped)， and SNPs that Perlegen verified independently.
Category 4 "bac-overlap"
These are SNPs from BAC overlaps that do not fall into category 1 or 2 above.
Hapmap里有关SNP Selection Criteria,不甚明白,有高手帮着翻译一下.
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qqq111[使用道具]
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发表于 2016-1-7 11:15 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

建议用HRM方法进行初步筛选，再对少数样本测序，可以节约成本。
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qqq111[使用道具]
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发表于 2016-1-7 11:15 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

HRM（High Resolution Melt）技术使得SNP的检测上大大节约了成本、时间和劳力。HRM“高分辨率熔解”是近几年来在国内外兴起的最新的SNP工具。
这种检测方法不受突变碱基位点与类型的局限，无需序列特异性探针，在PCR结束后直接运行高分辨率熔解，即可完成对样品基因型的分析。相关工作已获国际高等级杂志，如Nature Genetics（13）、Nature Protocols（14）等认可。在突变筛查、基因型分析，特别是SNP相关研究中HRM技术得到广泛的应用。
整个实验过程简单：引物设计合成-PCR-基因分型。
高通量：1次可检测1-384个样本，实现高通量检测.
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发表于 2016-1-7 11:16 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

楼上所说的，能提供更详细的资料么？比如实验如何设计之类的？
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#甜#[使用道具]
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 小中大
HRM（High Resolution Melt）技术使得SNP的检测上大大节约了成本、时间和劳力。HRM“高分辨率熔解”是近几年来在国内外兴起的最新的SNP工具。
这种检测方法不受突变碱基位点与类型的局限，无需序列特异性探针，在PCR结束后直接运行高分辨率熔解，即可完成对样品基因型的分析。相关工作已获国际高等级杂志，如Nature Genetics（13）、Nature Protocols（14）等认可。在突变筛查、基因型分析，特别是SNP相关研究中HRM技术得到广泛的应用。
整个实验过程简单：引物设计合成-PCR-基因分型。
高通量：1次可检测1-384个样本，实现高通量检测.
......

================================================================================================

能直接检测出SNP位点上时那种碱基吗？另外，您说的得到Nature Genetics的认可，能不能把文章给我们列出来看看啊？
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xevin[使用道具]
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 小中大

1.Technophiles seek genomic imperfections with the Greek gods at Atlantis
Hamish S Scott
... this simple, sensitive and cost-efficient niche for detection of new sequence variants is high-resolution melting, presented by Jason McKinney (Idaho Technology, USA) and Michael Hoffmann (Roche ... McKinney (Idaho Technology, USA) and Michael Hoffmann (Roche Applied Science, Germany). High-resolution melting analysis relies on Idaho Technology's proprietary DNA binding dye called LCGreen, which ...
Nature Genetics 37, 1019-1021 (30 September 2005) doi:10.1038/ng1005-1019 Meeting Report
2.mutations in the gene encoding STXBP1 (MUNC18-1) cause early infantile epileptic encephalopathy
Mitsuhiro Kato, Takeshi Mizuguchi, Keisuke Hamada, Hitoshi Osaka, Jun Tohyama, Katsuhisa Uruno, Satoko Kumada, Kiyomi Nishiyama, Akira Nishimura, Ippei Okada, et al.
... and subsequent high-resolution melt analysis were performed in 12-μl mixture on RoterGene-6200 HRM (Corbett Life Science). For exons 2 to 20, the PCR mixture contained 1 ...
Nature Genetics 40, 782-788 (11 May 2008) doi:10.1038/ng.150 Letter
没下到这两篇的全文，其它的文章很多，目前是高通量检测大样本人群和几个或者几十个SNP位点相关性的最佳选择。
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ns5fan[使用道具]
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 小中大

这个技术发文章需要验证
再说这只是一个初筛方法
要做准确的还是测序、taqman、芯片等主流方法合适
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