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标题:【求助】如何筛选SNP进行研究

xevin[使用道具]
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这个技术发文章需要验证
再说这只是一个初筛方法
要做准确的还是测序、taqman、芯片等主流方法合适
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ns5fan[使用道具]
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广告就没必要没完没了得发了
每个研究者会根据自己的情况选择的
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喵咪[使用道具]
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不是粗筛,而是大量的节约时间,成本和劳力。每个SNP位点你只需要检测特异性的样本就可以了,大大节约资金。
版主可以去pubmed查查,文章很多。
Qiagen已经有试剂盒推出。

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看了一些资料,感觉对于大量的样本来说是比较省时省力,不过还有些问题想请教。
第一:采用这种方法来做,做完以后能不能省略掉测序这一步?能不能直接确定出来某个位点上到底是那种碱基?
第二:采用试剂盒的话,需要不需要借助其他仪器来观察结果?还是通过肉眼观察直接可以看出结果?
第三:这种方法能不能作为临床上直开处方药的标准?也就是说我拿到这个结果,是否可以直接来给患者下药?
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xevin[使用道具]
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第一:多样本、多位点-DNA定量-不同位点设计特异引物-饱和染料PCR得到不同扩增子-每类扩增子进行高分辨率熔解曲线分析(HRM)-归类(如900个样本,依据曲线,可以分成三类,那么每类只要测序一个,就可以知道900个样本分别哪些有哪种SNP)-仅需从3个分类中各取一个测序,供3个,每个代表这一类的多态性情况。
第二:Roche的lightcycler480的机器不用再附加其它仪器,但PCR反应中DNA模板的的量对结果油影响,需要精确的核酸定量仪器,我们用nano1000。反应结果直接用roche荧光定量PCR自己带的genescanner软件分型。给出你是那种SNp的分型结果。
第三、用S这个方法检测SNP,还没有报证,严格说来是不允许的。国家对基因检测还没跟上节奏,为病人着想的话,还是可以用在临床上。
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1.分辨率比较高,而测序的分辨率可能没有高,很可能会出现这样的现象,就是从曲线上分出来了,而测序没测出来,这样的算什么?
2.这种方法对DNA的量有很严格的要求吗?一般多大的差别可以被接受?
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xevin[使用道具]
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1.测序对于肿瘤这种异质性的组织,不同肿瘤病人突变的比例不同,HRM可以检测到1%的突变。测序的话,sanger在25%以上的突变才能检测到,焦磷酸测序在5%。
2.对DNA量有要求,不同量的同一模板,结果不同。
以上结论都是经过我们技术部验证过。
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jude[使用道具]
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您好,我现在想做一个基因SNP研究,但目前关于该基因的SNP研究不多,在园中看到可用HRM技术进行筛选,特向您咨询HRM技术,方便请提供些相关资料和参考文献。非常感谢!
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