小中大5楼
你跑胶的目的是干什么？回收么？如果是为了回收克隆，你只需要加大琼脂糖的浓度，适当延长电泳时间就可分离到目的条带，到时候直接切胶回收就好了，估计你的胶浓度在1％～1.2％之间，想分离小于500bp的片段只能通过延长跑胶时间来实现，由于你的胶浓度太低，所以不能分开你的目的片段和引物，及引物二聚体（你所谓的下方有一团模糊），以你的模板浓度建议引物浓度10pmol/ul每25微升体系加0.1ul就可以了，可以大大降低引物二聚体的浓度。
你的内参没出来对你的结果有影响么？你的实验目的到底要做什么？内参的目的是在于标定你反转录的效率和定性或相对定量地指定你目的基因的表达水平。如果只是为了克隆你的目的片段，你就做好了，能扩增表明你的反转录并没有问题，内参出不来最可能的原因是你的内参和目的基因的退火温度不一致（可能差别还比较大）
