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标题:提RNA过程影响纯度和质量的关键是否在TRIZOL和氯仿这两步?

莓菓333[使用道具]
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我的经验是,从组织中用TRIZOL提RNA时组织的量并不是越多越好,在一定范围内是正好相反。我曾经做过对比,同一块组织经匀浆后做一定稀释,分别取50、100、150、200ul匀浆液提RNA做反转录PCR,除了组织的量不同外其它条件都一致,结果只有50ul的样品扩出了所需要的目的片段,经克隆测序验证正确。
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wu11998866[使用道具]
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1000000个细胞可以提出RNA吗?我提外周血单核细胞的,每次加异丙醇沉淀时可见到一层浑浊,但到最后测RNAOD值时就出现负值来,是降解了还是什么原因?
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wu11998866[使用道具]
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1000000个细胞可以提出RNA吗?我提外周血单核细胞的,每次加异丙醇沉淀时可见到一层浑浊,但到最后测RNAOD值时就出现负值来,是降解了还是什么原因?
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我觉得提RNA的关键是Trizol的量要足,一般是10*6~10*7细胞加1ml Trizol,细胞数太多,Trizol的量相对就不足,裂解不完全,影响RNA的质量。一定要充分吹打混匀直至溶液澄清!!这时可以加氯仿往下做,也可以放在-20℃下冻存起来,到需要时再往下做,我放过一个多月再提RNA还是好的。另外加氯仿后要充分振荡混匀呈乳状,然后在室温下静置3~5分钟再去低温离心,分层都很明显,一般都有500~600μl的水相。后面的步骤就是沉淀、洗涤的过程了,最后用DEPC水溶解,按照程序来就ok了!加入异丙醇后也要在室温下静置10分钟再去离心比较好,也有的说在-20℃下静置,我试过,差不多,我感觉在室温下效果还要好一些!
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少林弟子[使用道具]
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我的经验是,从组织中用TRIZOL提RNA时组织的量并不是越多越好,在一定范围内是正好相反。我曾经做过对比,同一块组织经匀浆后做一定稀释,分别取50、100、150、200ul匀浆液提RNA做反转录PCR,除了组织的量不同外其它条件都一致,结果只有50ul的样品扩出了所需要的目的片段,经克隆测序验证正确。

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您指的“匀浆后做一定稀释”,是从匀浆后的裂解液中取50、100、150、或200ul出来吗,那么用什么稀释它呢?稀释到多大体积,加多少体积的氯仿呢?

另外1ml的裂解液取多大的组织块最好?说明书是50-100mg,我觉得这个范围还是大些?如果大家有这方面的经验,恳请指教!!!
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98776langtao[使用道具]
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我觉得,提取RNA正如southern 战友所说的Trizol的量要足,特别是一些含内源性RNA酶丰富的组织如肝脏、脾脏和胰腺,如果Trizol的量不足将很难彻底抑制RNA酶,也不利于RNA的提取;还有对于那些胞浆蛋白丰富的可以适当增加氯仿的用量,能使中间的分层很明显,我有时加0.25~0.3毫升的氯仿,结果也挺好的;在吸取上清水相时我觉得一定要将移液器吸咀贴离心管壁轻吸,防止吸入蛋白成分.
加异丙醇的量我们一般和前面吸取的水相大概是1:1的比例,比如吸取0.5毫升水相就加0.5毫升的异丙醇.
反正主要还是要小心操作防止RNA酶污染,特别是从氯仿和异丙醇以后的步骤,因为这时的RNA已没有了保护.
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冰激凌小姐[使用道具]
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我觉得上面的上面的师兄说的很好,"在吸取上清水相时我觉得一定要将移液器吸咀贴离心管壁轻吸"。
我现在试着从骨骼肌组织提RNA,跑电泳点样孔附近无明显亮带可见,但OD值始终在1.3-1.5,说明还是有蛋白或酚等污染对吗?
虽然琼脂糖电泳可见清晰三条带,无smear降解片状影出现,但5s最亮,28s最暗,逆转录后PCR也没有产物。我想可能就是RNA中混有了蛋白或酚,影响了逆转录过程,对吗?
最后用乙醇洗涤的步骤,是不是和OD值偏低也有影响?因为用异丙醇沉淀后,rna已成胶状沉淀,加乙醇后用不用轻弹管壁至RNA完全溶解后再去离心?
请多指教,谢谢!
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98776langtao[使用道具]
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我现在试着从骨骼肌组织提RNA,跑电泳点样孔附近无明显亮带可见,但OD值始终在1.3-1.5,说明还是有蛋白或酚等污染对吗?
虽然琼脂糖电泳可见清晰三条带,无smear降解片状影出现,但5s最亮,28s最暗,逆转录后PCR也没有产物。我想可能就是RNA中混有了蛋白或酚,影响了逆转录过程,对吗?
最后用乙醇洗涤的步骤,是不是和OD值偏低也有影响?因为用异丙醇沉淀后,rna已成胶状沉淀,加乙醇后用不用轻弹管壁至RNA完全溶解后再去离心?
请多指教,谢谢!

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一般来说,提取的RNA OD值偏低可能混有蛋白污染,RAN实际上在酒精洗涤时是不溶解的,应该看到的是白色沉淀,洗时我觉得应该把轻弹管壁弹能够充分洗涤.
逆转录后PCR没有产物的原因很多,不知道你有没有同时跑内参,如果能跑出内参说明你的反应体系是好的;有的RNA有轻度降解时照样能跑出内参, 但对于目的基因特别是长片段及表达不高的就困难了,能否跑出目的基因还要看退火温度,退火温度不合适,也跑不出,当然引物也有关系.
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free[使用道具]
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我观察到氯仿异戊醇很容易从TIPS上滴落一滴,就这一滴很容易部分层
在加一滴后一会就分层
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阿福[使用道具]
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提RNA两个步骤最关键:一是组织的量和在TRIZOL中的溶解程度。100mg/1MLTRIZOL足够了。关键在于敲碎组织(一定要注意在室温中不要太久,期间可在液氮中冷却一下)和反复吹打组织块,使组织块反复通过枪头,直止看不到组织块,这个过程需要几分钟,看熟练程度了。这一步主要是保证有足够的RNA融出,保证量。第二,在加过氯仿离心吸取上清时,千万不要搅动中间的白色DNA膜状物。可50ul50ul地贴壁吸,大概总量在500UL,不要贪多,最后一下坏了一管,少50U,少不了多少RNA,这一步是保证质量。其实做的不够好是因为许多细节没有注意到。LUCK!
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