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标题:【求助】哪位能帮忙用灰度分析软件分析一下PCR结果?

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发表于 2016-2-8 22:48 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

【求助】哪位能帮忙用灰度分析软件分析一下PCR结果?


下面是我的PCR结果,但是好些条带我的BANDSCAN软件根本扫不出来,哪位战友能帮忙用其他的权威灰度分析软件分析一下PCR结果?比如各带的总灰度值, 目的基因与B-ACTIN的比值, 差异度分析, 我在这里先多谢了!!!!!!!!!!!! 每块胶各有两列带,跑在前面的是B-ACTIN, 跑在后面的是目的基因,调整亮度和对比度可以看的清楚些.


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发表于 2016-2-8 22:49 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
还有一个师姐说背景要用PHOTSHOP黑化,该怎么搞啊?
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viviwang1987[使用道具]
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发表于 2016-2-8 22:49 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

你提供的电子图贴在Lab Note里还行；要是用来进行灰度分析，有点太...
请按照下述的样式准备图片（附图例）：
1、照片尽可能的大（注意不要包含无关的黑被景），这样包含的原始信息最多；
2、Marker靠在左排；
3、加样孔放在上方；
4、如有可能，将图像亮度、对比度调到最佳，并反转显示（Invert display）。


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发表于 2016-2-8 22:49 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

我就凑乎着用Quantity One 4.5给定下量，结果见附图，其中红色框内即为最终定量数值。
供您参考。


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发表于 2016-2-8 22:50 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

万分感谢楼上战友的两次回复和帮助,想您致敬,并表示衷心的感谢!!!!
有两个问题不解,想向DOCTORMB请教:
1 关于总灰度值的疑问, 怎么我用BANDSCAN扫描后的结果一般为三个值,
PEAK GREY; TOTAL GREY, AREA 我就用总灰度的比值来定量,其值一般如下例所示:
  2673847  1782073
  3281621  3503883
  0.8148  0.5086
您提供的QUANTITY 定量的值,比如B1/1为1.3897/37.787,值约为0.0349,我对QUANTITY软件没有用过,所以不明白这个定量的值是不是总灰度值,二者的比值这么低说明什么问题?您一般RT-PCR半定量,值一般为多少?
2 对于QUANTITY这个软件的灵敏度我真是很佩服,BANDSCAN相比之下就逊色多了,
请问您的这个软件在哪里可以下载***版的?
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发表于 2016-2-8 22:50 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

Quantity One进行定量时，所测的数值为Intensity，即光强度，也可以理解为目的条带的灰度值的总和；而且，此数值已经减去了所定义的背景灰度值，我没用过BANDSCAN，不知它是否有此功能Smile。
至于，对于定量结果的评价，数值和比值都不重要，这些都是相对数据，没有实际意义，附图是我对这些数据的应用实例，供您参考。
该软件在园内已经提供较完美的***版，我已经测试过，效果还不错，建议下载后用一把试试。
链接为：
回复：精品下载 Quantity One4.31完美的破 解版 - 丁香园论坛
以及最新的：
cuturl('http://www.dxy.cn/bbs/post/view?bid=10&id=1019979&sty=1&tpg=1&age=0')
Good Luck!


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 小中大

Quantity One识别的图像文件为Tiff格式，至于其他的文件格式，只要将其转成Tiff格式就可以了；ACDsee、画图、Office组件中的Microsoft Photo Editor、甚至PhotoShop等软件都可以很方便地进行格式转换。（其实，楼主pigeon2003909提供的图像就是Jpg格式Smile）
但是，对于图像存贮来说，应首先考虑存为Tiff格式，其次为Bmp格式，这两种格式可以最大限度的保存原始资料的图像信息，其他的格式都为有损压缩，有可能会严重影响图形的清晰度和分辨率，所以也会影响到最终定量结果的准确性。
仅供参考，请根据自己的具体情况择优采取各种不同的图像存储格式。
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发表于 2016-2-8 22:51 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
我就凑乎着用Quantity One 4.5给定下量，结果见附图，其中红色框内即为最终定量数值。
供您参考。

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能简要说说过程吗？比如怎么选中条带方框的？怎么得到下面的数据的？谢谢
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发表于 2016-2-8 22:52 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
我做的是细菌攻击细胞后细胞因子mRNA水平的半定量，也是在0，1，3，6，24h。我看你做的很好
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 小中大
您好：
请首先从园内下载下载、安装Quantity One***版本，详细阅读帮助文件（最好看PDF版本）中的Volume一章，我的全部技术都是从这一章自学来的，仅花一天工夫!
相信您也一定能学好，然后试着分析几个图像，应用过程中有什么问题咱们再讨论，这样可能比我纸上谈兵要好得多，您说呢？
等您的好消息Smile
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