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标题:[精华]】RealTimePCR问题专贴--请先看P1的问题汇总

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11
 
我做的是RNA病毒,可以给我推荐一下,DNA聚合酶,反转录酶用什么样的比较好。  
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潇湘子[使用道具]
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12
 
1.相对定量的柱形图,在取对数之前,是倍数关系,去过对数之后函数关系变成什么样子,是不是还是个倍数关系,请允许我把高中知识都忘光了吧,只记得对数函数是个增函数,其他实在不能回答了.

在0线以下的表示表达量比对照组低,因此那个"-"就表示这个意思.图上确是反应的是C3>C1>C4>C2.

2.相对表达量的分析方法有两种,一种是标准曲线法,另一种就是-△△Ct法.一般来说,后者比较简便,免去很多标准品筛选的麻烦,但是这种方法是有局限性的,把扩增效率默认为1,这样才有底数为2的-△△Ct次幂这么一说.原本的底数应该是(1+E扩增效率)

您图中纵坐标的数据没有什么意义,只是一个倍比的关系,举个例子,(以未取对数前的比值为例)如果C2比C1低100倍,C3比C1高100倍,那么取过对数后,你的纵坐标就变成了正负2.

因此,这个-△△Ct与纵坐标没什么直接的关系.
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关于试剂,我只能说,买现成的酶/buffer/dNTP混合液肯定比自己配要方便很多,至少不必摸索实验条件和离子浓度/缓冲液/PH等,如果你不是十分缺经费的话,还是省点心,省点时间吧.(我的输入法没有顿号,以/代替)

缓冲体系不同,主要指的是buffer中各个离子的浓度和PH略有不同.因为普通PCR仪的升降温速度比定量的慢.因此缓冲体系/酶/引物都为适应不同的升降温速度而不同.

定量产物一般都比较端,因此如果把定量的引物放在普通pcr的体系和仪器上做,很可能有许多非特异性的条带产生.同时,我还遇过一次,定量的引物放在普通pcr上做,跑胶看没有任何条带,当换用定量试剂做,结果特别好.

因此,建议大家,在拿到引物和试剂的时候,挑一个样品直接用定量实验来验证引物和反应体系,摸索反应条件.这样做远比先用普通pcr验证引物要有效得多.(这是有时间和金钱的教训在里面的)并且用普通pcr摸索的实验条件放到定量上还是需要重新再摸索.得不偿失,事倍功半.
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潇湘子[使用道具]
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14
 
你是用MGB的探针做的SNP检测吗?能否把你的实验详细的说说?当然,保密的东西除外哈~

我最近正在遭遇taqman探针检SNP,呵呵~一起讨论下.
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969[使用道具]
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15
 
我用的是SYBER Green 染料做的,能否教我一下怎样设计SNP的引物,谢谢,非常感谢!  
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韩梅梅[使用道具]
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缓冲体系不同,主要指的是buffer中各个离子的浓度和PH略有不同.因为普通PCR仪的升降温速度比定量的慢.因此缓冲体系/酶/引物都为适应不同的升降温速度而不同.
reply:本人不同意升降温速率会影响缓冲体系/酶/引物等配比,都是一样的热动力学过程罢了,只不过前者慢,后者快。

定量产物一般都比较端,因此如果把定量的引物放在普通pcr的体系和仪器上做,很可能有许多非特异性的条带产生.同时,我还遇过一次,定量的引物放在普通pcr上做,跑胶看没有任何条带,当换用定量试剂做,结果特别好.
reply:定量的引物放在普通pcr机器上还会出现非特异带?OMG,定量的引物相对普通PCR引物而言,就是强调一个特异性,怎么可能在普通PCR上还会出现杂带呢?事实上,如果是设计很好的定量引物,在跑一般PCR时,那结果是相当的好,呵呵。定量的引物如果扩一般PCR没有而用定量试剂做结果很好,只有2个可能:1、你的PCR体系太烂了。2、定量的试剂由于是通过商业化的优化的,譬如加入甜菜碱、DTT等等东东,特异性和效率都是很不错滴,当然和你的普通PCR没得比。另外,不要忘记了大多数qPCR试剂里面用的都是高效率的热启动酶,这个和普通酶相比还是有很大区别的,我猜你说的这个特例只是酶的差异罢了。

因此,建议大家,在拿到引物和试剂的时候,挑一个样品直接用定量实验来验证引物和反应体系,摸索反应条件.这样做远比先用普通pcr验证引物要有效得多.(这是有时间和金钱的教训在里面的)并且用普通pcr摸索的实验条件放到定量上还是需要重新再摸索.得不偿失,事倍功半.
reply:我的观点和你的相反,刚来的引物,最好上普通PCR或是梯度PCR仪上面摸索最佳的温度和条件,看看跑胶有没有非特异性扩增,然后再做标准曲线来验证。  
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she[使用道具]
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1.相对定量的柱形图,在取对数之前,是倍数关系,去过对数之后函数关系变成什么样子,是不是还是个倍数关系,请允许我把高中知识都忘光了吧,只记得对数函数是个增函数,其他实在不能回答了.

在0线以下的表示表达量比对照组低,因此那个"-"就表示这个意思.图上确是反应的是C3>C1>C4>C2.

2.相对表达量的分析方法有两种,一种是标准曲线法,另一种就是-△△Ct法.一般来说,后者比较简便,免去很多标准品筛选的麻烦,但是这种方法是有局限性的,把扩增效率默认为1,这样才有底数为2的-△△Ct次幂这么一说.原本的底数应该是(1+E扩增效率)

您图中纵坐标的数据没有什么意义,只是一个倍比的关系,举个例子,(以未取对数前的比值为例)如果C2比C1低100倍,C3比C1高100倍,那么取过对数后,你的纵坐标就变成了正负2.

因此,这个-△△Ct与纵坐标没什么直接的关系.

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有一个问题请教:
您说图中纵坐标的数据没有意义? 我想问下:在进行统计分析时是否可以在2-△△Ct值或者取对数后的结果(即上图)中任选一个?两者都可以说明实验结果,只是表达方法不同?
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she[使用道具]
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在0线以下的表示表达量比对照组低,因此那个"-"就表示这个意思.图上确是反应的是C3>C1>C4>C2.

2.相对表达量的分析方法有两种,一种是标准曲线法,另一种就是-△△Ct法.一般来说,后者比较简便,免去很多标准品筛选的麻烦,但是这种方法是有局限性的,把扩增效率默认为1,这样才有底数为2的-△△Ct次幂这么一说.原本的底数应该是(1+E扩增效率)

您图中纵坐标的数据没有什么意义,只是一个倍比的关系,举个例子,(以未取对数前的比值为例)如果C2比C1低100倍,C3比C1高100倍,那么取过对数后,你的纵坐标就变成了正负2.

因此,这个-△△Ct与纵坐标没什么直接的关系.

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有一个问题请教:
您说图中纵坐标的数据没有意义? 我想问下:在进行统计分析时是否可以在2-△△Ct值或者取对数后的结果(即上图)中任选一个?两者都可以说明实验结果,只是表达方法不同?
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蛐蛐儿[使用道具]
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你好!我做的是探针法的绝对定量。对于试验后数据分析有一些疑问。看过一些文献,大都要分析ct值变异系数(包括批内和批间的)。变异系数是CT值标准偏差/CT值平均值,但是这样计算只能计算一个点或多个点的变异系数。我见别人文章中有直接评价一个试验或某次试验的变异系数,这是怎么计算的?
另,除此之外绝对定量还有什么一定要分析的方面?
望解答。

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先说一下,我用的仪器是ABI7000,做定量的时候最后会出来每个样本(包括标准品)的标准偏差,应该是stdDev吧,但是我在文献中经常看到mean intra- and inter-assay coefficients of variation (批内或批间的变异系数)用来验证一个实验的重复性。我不明白的是怎么得出整个实验变异系数的。希望楼主或是其它路过的高手能够指导一下。
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@花开花落@[使用道具]
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我用的是SYBER Green 染料做的,仪器用的是ABI公司的7500 Real Time PCR System。请教一个简单的问题:7500 Real Time PCR System怎样操作?
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