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标题:[精华]】RealTimePCR问题专贴--请先看P1的问题汇总

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我做的不是绝对定量,是做的定量PCR里的相对定量,我是想得到目的基因和持家基因 共同的扩增效率,然后再分别扩增不同时期的样本,看差异,最后分析的结果是这样子的:2的-ΔΔCt次方
ΔΔCt=(Ct目的基因-Ct管家基因)实验组-(Ct目的基因-Ct管家基因)对照
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最近碰到特奇怪的问题

将目的样本跑普通PCR的时候有条带,上real-time倒是什么都不出来。怀疑探针(新的)不行了,但是标准品倒是出来了,百思不得其解。。。
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同楼上的,最近刚刚遇到一件很奇怪的事情,引物用来跑常规PCR,跑胶检测带型和预期相符,无杂带,可是一旦上qPCR,同样的模板和反应条件,出来的结果很乱,34个循环以后起峰,跑胶一看,带型和预期的大小不符,而且呈现拖尾的情况,目前百思不得其解?要命的是每种我都重复了2次,结果还都惊人的相似。难道是染液的问题?可是为什么对别的引物没这种情况发生呢?
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最近碰到特奇怪的问题

将目的样本跑普通PCR的时候有条带,上real-time倒是什么都不出来。怀疑探针(新的)不行了,但是标准品倒是出来了,百思不得其解。。。


一下内容仅限于你的普通PCR产物是目的产物:
1.请将定量结果(加入探针的反应)跑电泳,看是否有目的带.
(1)如果有目的产物说明探针有问题;
(2)如果没有,请首先怀疑引物和试剂,毕竟做探针比较贵,用来反复实验不划算.

2.不清楚你做的是绝对定量还是相对定量.标准品是构建的还是直接在样品中选择了一个做为标准品.
(1)如果是构建的,则该怀疑你的样品模板问题;请将提取的RNA/DNA电泳看是否降解,若是RNA还得怀疑反转录试剂问题.尤其你引物设计的位置跟你选择的反转录引物是否配套.
(2)如果是在样品中选了一个作为标准品,那只能说你中邪了.呵呵~这是玩笑.这个时候只能怀疑你样品模板浓度太低,没达到检出限度.但说实话,此种情况比较少,一般不至于.
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同楼上的,最近刚刚遇到一件很奇怪的事情,引物用来跑常规PCR,跑胶检测带型和预期相符,无杂带,可是一旦上qPCR,同样的模板和反应条件,出来的结果很乱,34个循环以后起峰,跑胶一看,带型和预期的大小不符,而且呈现拖尾的情况,目前百思不得其解?要命的是每种我都重复了2次,结果还都惊人的相似。难道是染液的问题?可是为什么对别的引物没这种情况发生呢?

================================================================================================================

看过你之前对我的一些观点的反驳,但我仍然坚持,仪器的升降温速度对反应缓冲体系的要求是不同的,升降温过程中,反应still working,因此其中是不是有非特异性的退火这些都很难讲。另外,定量和普通PCR的反应条件确实不同,建议你在定量上摸一下条件。还有,一般来说,荧光染料对反应是有阻害的,要不你试试降低一下染料添加量。
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同楼上的,最近刚刚遇到一件很奇怪的事情,引物用来跑常规PCR,跑胶检测带型和预期相符,无杂带,可是一旦上qPCR,同样的模板和反应条件,出来的结果很乱,34个循环以后起峰,跑胶一看,带型和预期的大小不符,而且呈现拖尾的情况,目前百思不得其解?要命的是每种我都重复了2次,结果还都惊人的相似。难道是染液的问题?可是为什么对别的引物没这种情况发生呢?

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看过你之前对我的一些观点的反驳,但我仍然坚持,仪器的升降温速度对反应缓冲体系的要求是不同的,升降温过程中,反应still working,因此其中是不是有非特异性的退火这些都很难讲。另外,定量和普通PCR的反应条件确实不同,建议你在定量上摸一下条件。还有,一般来说,荧光染料对反应是有阻害的,要不你试试降低一下染料添加量。
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有没有人做过多重real-time?做多重需要注意那些问题呢?
模板间的浓度如果不一致,是否会造成竞争?
请各位高手提点~~~~~~~~~~~

===============================================================================================================

抱歉,刚刚才看到这个问题。
1。设计:多重PCR的关键就在于引物和探针的设计上。至于设计原则,就不是千八百字能说清楚的了,你可以在网上搜罗一下哈。
2。标记:看你仪器的各个通道之间是否有干扰,这个如果有的话,就属于仪器的硬伤,改变不了,只能避免使用有干扰的通道。

至于您说的模板间的浓度不一致是否会造成竞争,这个问题我没有看懂。一般来说,多重PCR,加的都是同一个样品的total RNA/DNA,只不过同一个管子里检测不同的基因而已。如果您的意思是同一个管子加不同的模板,不同的引物探针,那基本上没必要做多重PCR了。如果指的是,各个样品反应的起始量不同,那就没必要做定量了。定量PCR的第一步,就是尽可能的保证起始量是统一的浓度。
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有没有人做过多重real-time?做多重需要注意那些问题呢?
模板间的浓度如果不一致,是否会造成竞争?
请各位高手提点~~~~~~~~~~~

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抱歉,刚刚才看到这个问题。
1。设计:多重PCR的关键就在于引物和探针的设计上。至于设计原则,就不是千八百字能说清楚的了,你可以在网上搜罗一下哈。
2。标记:看你仪器的各个通道之间是否有干扰,这个如果有的话,就属于仪器的硬伤,改变不了,只能避免使用有干扰的通道。

至于您说的模板间的浓度不一致是否会造成竞争,这个问题我没有看懂。一般来说,多重PCR,加的都是同一个样品的total RNA/DNA,只不过同一个管子里检测不同的基因而已。如果您的意思是同一个管子加不同的模板,不同的引物探针,那基本上没必要做多重PCR了。如果指的是,各个样品反应的起始量不同,那就没必要做定量了。定量PCR的第一步,就是尽可能的保证起始量是统一的浓度。
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你好,我有个问题:一个炎症发展到肿瘤,经历几个阶段,我要从这几个阶段检测DNA量的变化,可否不用内参,直接把这几个阶段与正常组织所提的DNA进行量的比较呢(定量PCR探针法)?谢谢你!
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你好,我有个问题:一个炎症发展到肿瘤,经历几个阶段,我要从这几个阶段检测DNA量的变化,可否不用内参,直接把这几个阶段与正常组织所提的DNA进行量的比较呢(定量PCR探针法)?谢谢你!
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