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标题:[精华]】RealTimePCR问题专贴--请先看P1的问题汇总

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我是用探针作小鼠睾丸组织的 实验已经好长时间了 但总是出现这样一个问题,我在建立标准曲线的时候,我被比稀释质粒后,结果不出现梯度 所以我的标准曲线始终没用建立出来。请帮解释一下!  
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我是用探针作小鼠睾丸组织的 实验已经好长时间了 但总是出现这样一个问题,我在建立标准曲线的时候,我被比稀释质粒后,结果不出现梯度 所以我的标准曲线始终没用建立出来。请帮解释一下!  
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潇湘子[使用道具]
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你好!

我是用探针作小鼠睾丸组织的 实验已经好长时间了 但总是出现这样一个问题,我在建立标准曲线的时候,我被比稀释质粒后,结果不出现梯度 所以我的标准曲线始终没用建立出来。请帮解释一下!

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最高浓度那个点的Ct值是多大啊?copies达到多少了?如果Ct在35以上,再往下稀释基本就不会有梯度了,如果Ct在20左右,那只能从试验的其他方面着手考虑的。您实验是如何操作的,引物探针质量怎样,反应体系、反应条件怎样,模板质量怎样,这些都未知,很难判断。

另外,你样品是RNA还是DNA?
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潇湘子[使用道具]
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好,我有个问题:一个炎症发展到肿瘤,经历几个阶段,我要从这几个阶段检测DNA量的变化,可否不用内参,直接把这几个阶段与正常组织所提的DNA进行量的比较呢(定量PCR探针法)?谢谢你!

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做绝对定量还是相对定量是根据您的实验目的来选择的。二者的区别只举个简单的例子来解释:
相对定量:看药物处理前后,或者不同时间点,目的基因表达量的变化情况,这时,一定要选择管家基因作为校正的。
绝对定量:通过构建好的已知拷贝数的标准品来确定未知样品的量。绝大多数情况做的都是病毒的定量。此时不用管家基因,只要构建好标准品就行。

你看看你的实验是想做什么,就清楚需不需要做管家基因了。另外,相对定量的全称是某个基因的相对表达量分析,既然是表达量分析,那就没有做DNA的必要,做的都是RNA。
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请教几个问题:
1,对照是另外一个孔反应还是跟你样品一个孔同时real-time? 对照怎么选? 常用的对照有b-actin 外还有哪些? 怎么知道哪一个对照适合自己?
2,质量好点的Realtimepcr KIT哪些公司卖? 一般里面都有些什么东西?
3,探针的标记5', 3'一般是标什么? 有没有其他选择?
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请教几个问题:
1,对照是另外一个孔反应还是跟你样品一个孔同时real-time? 对照怎么选? 常用的对照有b-actin 外还有哪些? 怎么知道哪一个对照适合自己?
2,质量好点的Realtimepcr KIT哪些公司卖? 一般里面都有些什么东西?
3,探针的标记5', 3'一般是标什么? 有没有其他选择?

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首先建议你看些realtimePCR的科普文章。
1。所谓的对照,大部分指的是内参,即管家基因。目前来看,管家基因的选择还是主要依赖文献。并不是所有的管家基因经过药物处理等一系列实验折腾后表达量仍然恒定,因此目前的管家基因选择一般都选国际上比较认可的。
另外,相对定量还有一个对照组的选择,即未经处理的样本。我更习惯管这种情况叫对照。

2。探针标记的选择,还是根据你的仪器,一般来说,5‘FAM都是比较通用的,淬灭集团可以选择有荧光的,更好的是选择没有荧光的。只要有良好的淬灭效果就行。
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你好,我有个问题:一个炎症发展到肿瘤,经历几个阶段,我要从这几个阶段检测DNA量的变化,可否不用内参,直接把这几个阶段与正常组织所提的DNA进行量的比较呢(定量PCR探针法)?谢谢你!

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必须要用内参,而且要用文献报道过的
单拷贝基因作内参,然后再比较正常组织和炎症组织
不加内参对后期分析有很大难度

过来看看,希望楼主指点
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你好,我有个问题:一个炎症发展到肿瘤,经历几个阶段,我要从这几个阶段检测DNA量的变化,可否不用内参,直接把这几个阶段与正常组织所提的DNA进行量的比较呢(定量PCR探针法)?谢谢你!

那有没有必要用目的基因与内参一起做双重PCR呢,还是分开成单管,再进行组与组之间的比较?谢谢!
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你好,我有个问题:一个炎症发展到肿瘤,经历几个阶段,我要从这几个阶段检测DNA量的变化,可否不用内参,直接把这几个阶段与正常组织所提的DNA进行量的比较呢(定量PCR探针法)?谢谢你!

那有没有必要用目的基因与内参一起做双重PCR呢,还是分开成单管,再进行组与组之间的比较?谢谢!
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微笑的海豚[使用道具]
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你好,我有个问题:一个炎症发展到肿瘤,经历几个阶段,我要从这几个阶段检测DNA量的变化,可否不用内参,直接把这几个阶段与正常组织所提的DNA进行量的比较呢(定量PCR探针法)?谢谢你!

那有没有必要用目的基因与内参一起做双重PCR呢,还是分开成单管,再进行组与组之间的比较?谢谢!

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dna的拷贝数变化的研究源于07年又一篇很经典的发在ng上作
艾滋病向关基因ccl3l1的就是用taqman探针,是用单拷贝基因作
内参,所有的拷贝变化都是相对于内参的结果,内参是和目的基因
分开实验,但最好重复三次
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