【求助】利用Real time PCR检测miRNA

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标题:【求助】利用Real time PCR检测miRNA

小野花[使用道具]
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发表于 2016-2-9 22:48 资料个人空间短消息加为好友

小中大

目前正在准备做肿瘤mature miRNA分离，利用real time PCR检测工作。
mature RNA片断很小（～22nt），RT primer文献上介绍使用stem－loop primer，请问一下哪位战友看到过具体的stem－loop primer结构呢？
Ambion公司给的资料又是语焉不详，真是郁闷啊。

viviwang1987[使用道具]
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发表于 2016-2-9 22:49 资料个人空间短消息加为好友

小中大

买他们公司的引物试剂盒吧，但是我又没有查到用这个试剂盒发表的文献，唉，确实不好办！

baidukk[使用道具]
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发表于 2016-2-9 22:49 资料个人空间短消息加为好友

小中大

本来想直接给你答案的,不过搜一下可以获得更多收获.
上pubmed搜吧,有几篇全文里有茎环的序列

cbou876[使用道具]
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发表于 2016-2-9 22:49 资料个人空间短消息加为好友

小中大

文章发表在nucleic acid research上，有两种方法，Ambion的是SYBR green法，ABI是Taqman-MGB法，对应的文章有两三篇，很容易找到，并且NAR的文章是全免费浏览的。在文章的补充材料中有详细的序列介绍，尤其是Taqman法，提供了近200种miRNA的检测用序列。具体文章来源可看下贴：
cuturl('http://www.dxy.cn/bbs/post/view?bid=67&id=5918266&sty=1&tpg=1&age=0')

小野花[使用道具]
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发表于 2016-2-9 22:50 资料个人空间短消息加为好友

小中大

谢谢大家
看了很多的关于Taqman的引物设计方案
但是由于各种原因，我们最终选择了使用sybrgreen
实验正在进行中

二子[使用道具]
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发表于 2016-2-9 22:50 资料个人空间短消息加为好友

小中大

结果不理想，溶解曲线特异性不好。