小中大【求助】如何用oligo6评价引物?
这是我搜索到的方法~~~
四,评估引物对:
我们在各种文献中查到的引物,如果直接进行PCR,往往很难重复别人的实验结果。这时就想到,是不是引物的质量有问题?能不能用软件来对这些问题引物进行一些分析呢?答案时肯定的。
1,点击File菜单中的New命令;
2,在“Edit New Sequence”的窗口中用键盘输入上游引物;
3,如果该引物的首位置不是1的话,可以在“Edit”窗口中输入新的5’端位置数字,如20;
4,点击Accept/Discard菜单的Accept命令;
5,如果引物序列长度不同于当前的引物的话,可以从“Change”菜单中改变当前的引物长度;
6,选取当前序列为上游引物(点击“upper”按钮);
7,从Edit菜单中选取“Lower Primer”命令,在Edit Lower窗口中输入下游引物的序列;
8,在Edit窗口的上角处,输入相应的5’位置;
9,选取“Accept and Quit”命令;
如果想让程序给出最佳退火温度,在此时的对话框中输入PCR产物的长度以及GC含量所占百分比,一般哺乳动物的cDNA序列中GC大约占44%。
10,点击OK就可以在“Analyze”菜单中完成各种分析了。
我使用的oligo版本如下