小中大1、 SNP检测的金标准是测序,这个是没问题的,同时还可以发现很多新的SNP位点。
2、其次是SNPshot的方法,这个方法的平台也是测序仪,使用片段分析微测序的原理,对引物的设计有一定的要求。
3、再次是TaqMan探针的方法,检测结果的准确度和测序方法吻合度很好,适用于大样本量检测。
4、质谱法也还可以。
5、杂交芯片法准确度稍差。
6、HRM也可以做SNP,准确度一般,而且对仪器要求高。
以上几种方法除测序法外,都不能做到100%精确度检测。
PS:TaqMan探针检测所提供的数据包含扩增曲线,曲线指数增长期可以显示不同的扩增效率,可以辅助我们进行分型。上面shicongcong同学提供的图片应该是线性图谱,如果更换成youken同学发的那种对数图谱会更明显的看出不同的扩增效率。
毕竟对于困难位点各种检测方法都有局限性,这是我做SNP的经验,希望能够帮助大家。