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标题:【求助】~microRNA 反转录后 TaqMan MicroRNA Assays...

windy+++[使用道具]
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【求助】~microRNA 反转录后 TaqMan MicroRNA Assays...


我第一次做microRNA 用的是ABI公司的反转录试剂盒与定量PCR试剂盒,TaqMan MicroRNA Assays ,做相对定量,2个样本 3个基因,3个复孔。
反转录为 茎环RT-primer。附上我提的大RNA 与 小RNA的电泳图 。
PCR条件 按照说明书进行。
PCR体系:
20X TaqMan MicroRNA Assays(包含探针): 0.5ul(可以减半用)
10X buffer(带2.0mM Mg) 2 ul
hot start taq 0.2ul
10mM dNTP 0.5ul
模板 反转录后稀释10倍 2 ul
无核酸酶水 14.8 ul
其中realtime的盒子建议用他的配套mix,没有,而我是自己找酶 buffer 等配的mix
请问大家这样的PCR产物是否可以得到单一的条带,有没拖尾现象,我问一个做过的师兄说条带是单一的,请问我的问题大概出在哪里,有做过类似的请指教下。
附我的电泳图。marker 为 DL2000 3个小RNA分别为 122 181a RNU6B 依次是 1.2.3 泳道
real time 的扩增曲线很好,重复性也很好,就是电泳结果如下。
如果应该是单一条带的话 请问有用那个试剂盒做过的吗 PCR产物 大概分别是多少大小~~谢谢


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小RNA电泳图
1 marker 2:A样本大RNA 3:A样本小RNA 4:B样本大RNA 5:B样本小RNA


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你好,请问你的跑胶条件和胶的浓度?
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milkdog[使用道具]
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请问楼主:
1、RNA用什么方法提取?的量多少?
2、反转录用什么公司产品,RNA加多少量?
3、PCR体系(Mg、dNTP 等)?
4、退火温度?PCR程序?
分析上个图,估计不是目的条带,非特异扩增严重,
下个图,大RNA和小RNA真的有那么大区别?我做的是QIAGEN试剂盒提取全血RNA(大小一起提),用ABI miRNA试剂盒跟我自己设计的引物扩增都能有很好的曲线和电泳条带。
附图。


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windy+++[使用道具]
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谢谢4楼~
上个实验最近停了一段时间
第一次的RNA提取也是用 ABI的试剂盒 不过样本细胞是放在TRZIOL中,不能适用那个盒子。
现在我重新养了细胞用Trizol法提取总RNA
用ABI的盒子反转录,程序如下:
100mM dNTPs (with dTTP)   0.2ul
MultiScribe™ Reverse Transcriptase, 50 U/μL  1ul
10✕ Reverse Transcription Buffer   1ul
RNase Inhibitor, 20U/μL   0.13ul
RT Primer for mir-122a, 181a, u6b  3ul (1ul each)
RNA (10ng/ul)   3ul
水   1.67ul
Total   10ul
Then reaction in the following condition: 16°C, 30min; 42°C, 30min, 85°C, 5min. HOLD ∞ 4°C.
PCR amplification:   
PCR Reaction:  
TaqMan MicroRNA Assay (20✕Wink  0.5 ul(探针减半用)
模板: 2ul稀释液 (原液稀释10倍)
PCR Mix(自己配的 Mg 2.5mM)  10 ul
水    7.5 ul
Total Volume   20 ul
PCR:
95度 5min
95度 10s 40cycles
60度 60s
40度 1min
最近一次做了几个处理样本的 U6 内参 Cp值 在26左右 电泳条带大小在 100bp左右。
请问大小是否正常(几乎没有拖带)
等处理好样品预实验后再贴图请教。
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standbyme[使用道具]
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楼主:建议您试用下上海诺伦生物医药技术有限公司的miRNA检测试剂盒,也是stem loop方法的,价格比ABI低许多,mir-16的我们用过,扩增曲线和溶解曲线都很好,你可以发邮件到他们邮箱咨询下:support@novland.com.cn,好像他们最近正在促销,内参的试剂盒,他们也都有
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这里有没有做血浆小RNA的?
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wanglaoshi[使用道具]
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用100ul血浆提的总RNA,taqman方法荧光定量,内参U6的CT只有33,不知道怎么办了,苦闷。。。求救。。
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prettygirl@[使用道具]
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额 正常来说就是100bp左右条带 是单一条带 我也跑过
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ending[使用道具]
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谢谢4楼~
上个实验最近停了一段时间
第一次的RNA提取也是用 ABI的试剂盒 不过样本细胞是放在TRZIOL中,不能适用那个盒子。
现在我重新养了细胞用Trizol法提取总RNA
用ABI的盒子反转录,程序如下:
100mM dNTPs (with dTTP) 0.2ul
MultiScribe? Reverse Transcriptase, 50 U/μL 1ul
10? Reverse Transcription Buffer 1ul
RNase Inhibitor, 20U/μL 0.13ul
RT Primer for mir-122a, 181a, u6b 3ul (1ul each)
RNA (10ng/ul) 3ul
水 1.67ul
Total 10ul
Then reaction in the following condition: 16°C, 30min; 42°C, 30min, 85°C, 5min. HOLD ∞ 4°C.
PCR amplification:
PCR Reaction:
TaqMan MicroRNA Assay (20?) 0.5 ul(探针减半用)
模板: 2ul稀释液 (原液稀释10倍)
PCR Mix(自己配的 Mg 2.5mM) 10 ul
水 7.5 ul
Total Volume 20 ul
PCR:
95度 5min
95度 10s 40cycles
60度 60s
40度 1min
最近一次做了几个处理样本的 U6 内参 Cp值 在26左右 电泳条带大小在 100bp左右。
请问大小是否正常(几乎没有拖带)
等处理好样品预实验后再贴图请教。
......

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你好,请问探针为什么要减半用。我目前只做了反转录,就是完全按照说明书上的剂量加的,可以吗?
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