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标题:【求助】pcr后跑电泳非特异性条带很多怎么办?

hyuu[使用道具]
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【求助】pcr后跑电泳非特异性条带很多怎么办?


pcr后跑电泳我要的条带很亮,但同时非特异性条带很多,提高退火温度后,也不能消除。请教各位我该如何处理?
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leifengta[使用道具]
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看你接来要做什么?也不一定非得消除非特异的条带
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shenkunjie[使用道具]
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你可以试着调整一下镁离子的浓度,最好是做一个梯度,同时应该提高退火温度,这样看看行不行。
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hyuu[使用道具]
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我接下来要酶切,是一定要把目的基因前面的条带消除的。提高温度我也做了,只是温度提高后,目的基因和杂带有很模糊,什么也看不见了,很是郁闷!
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555444[使用道具]
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看来要用降落(TD)-PCR了,就是PCR开始时的退火温度高于Tm值,随着循环的进行,退火温度逐渐降到Tm值并最终低于这个水平。首先在高于引物Tm值的温度扩增几个循环,然后把退火温度逐渐降到两引物的Tm值附近,在随后的循环中,对退火温度进行梯度实验。这样能保证第一引物-模板杂交事件发生在最互补的反应物之间,即那些产生目的扩增产物的反应物之间。尽管退火温度最终会降到非特异杂交的Tm值,但此时目的扩增产物已开始几何级扩增,在剩下的循环中处于超过任何非特异PCR产物的地位。因此,TD-PCR既能增加反应特异性,又能提高PCR产物的产量。
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特异带切胶,作pcr模板试一下!看看有没有多余带
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IAM007[使用道具]
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我接下来要酶切,是一定要把目的基因前面的条带消除的。提高温度我也做了,只是温度提高后,目的基因和杂带有很模糊,什么也看不见了,很是郁闷!

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首先要确定你酶切的目的,是继续做载体连接还是不继续做了,仅仅进行酶切与否的分型。
如果是前者,估计你的样本量应该不多,控制PCR的总量和特异条带的最高亮度的条件,然后进行切胶回收就可以了。
如果是后者,可能相对样本量多一些。都采用切胶回收的方法固然不现实,那我觉得你不妨先不要着急想去除干净非特异性的条带,要想两全其美,起始显示中是比较困难的。你可以尝试用你需要的酶进行酶切,看看酶切后的残余片断是否会由于非特异性扩增而有质的影响。往往,非特异性扩增产物不能被酶切,或者酶切后残余条带明显偏离你需要关注的范围,那样的话是不干扰你进行基因分型的。如果需要回收片断的话,这个时候进行切胶也不晚。
如果确实酶切后,杂带在分子量范围和亮度上都明显干扰目的条带的话,那非常不幸,你必须仔细摸索PCR条件了。
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阿凡提[使用道具]
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可以试试stepdown-PCR, 逐级降低退火温度,我试过从70度开始,每3个循环降2度,直到最佳退火温度,我的是60度。同时把退火和延伸时间都缩短一点,我试过15秒,效果还不错。
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bs4665[使用道具]
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也可以直接将目标带回收,然后再作后面的实验。这样非特异性带也就无所谓了
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hyuu[使用道具]
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我酶切是最后的一步.由于做基因多态性,所以样本数目较大,有500个左右.我也考虑过回收胶,但是费用太高.
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