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标题:【求助】如何用oligo6评价引物?

mimili_901[使用道具]
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1
 

【求助】如何用oligo6评价引物?

评估引物对:
我们在各种文献中查到的引物,如果直接进行PCR,往往很难重复别人的实验结果。这时就想到,是不是引物的质量有问题?能不能用软件来对这些问题引物进行一些分析呢?答案时肯定的。
1,点击File菜单中的New命令;
2,在“Edit New Sequence”的窗口中用键盘输入上游引物;
3,如果该引物的首位置不是1的话,可以在“Edit”窗口中输入新的5’端位置数字,如20;
4,点击Accept/Discard菜单的Accept命令;
5,如果引物序列长度不同于当前的引物的话,可以从“Change”菜单中改变当前的引物长度;
6,选取当前序列为上游引物(点击“upper”按钮);
7,从Edit菜单中选取“Lower Primer”命令,在Edit Lower窗口中输入下游引物的序列;
8,在Edit窗口的上角处,输入相应的5’位置;
9,选取“Accept and Quit”命令;
如果想让程序给出最佳退火温度,在此时的对话框中输入PCR产物的长度以及GC含量所占百分比,一般哺乳动物的cDNA序列中GC大约占44%。
10,点击OK就可以在“Analyze”菜单中完成各种分析了。
我使用的oligo版本如下


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2
 

下面是我做的
1,点击File菜单中的New命令;
2,在“Edit New Sequence”的窗口中用键盘输入上游引物;
3,如果该引物的首位置不是1的话,可以在“Edit”窗口中输入新的5’端位置数字,如20;
这个地方有疑问~~,该引物的首位置是指的什么?比如如果是tgacgcgttgactgac这个引物,首位置就是第一个碱基t么?


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3
 
4,点击Accept/Discard菜单的Accept命令;
5,如果引物序列长度不同于当前的引物的话,可以从“Change”菜单中改变当前的引物长度;
第5步我没有change~~~
点击accept之后出现以下窗口


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6,选取当前序列为上游引物(点击“upper”按钮);upper就变红了


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7,从Edit菜单中选取“Lower Primer”命令,从Edit菜单中选取“Lower Primer”命令


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6
 

8,在Edit窗口的上角处,输入相应的5’位置。这步我做的不知道对不对


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7
 
这步我是在这里输入的,按照5‘-3’的顺序,第一步输入上游引物我也按照5‘-3’的顺序输入的不知道对不对~~


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8
 
到了这一步就出了问题了
9,选取“Accept and Quit”命令;
选择以后lower并没有变成红色~~
如图


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而且也不是我输入进去的那序列了,而是变成跟upper互补的序列了~~~怎么输入下游引物阿~~~真是郁闷到家了~~,还请各位高手赐教~
这时候再点击edit lower premier又出现下面这样子的,还不是我输进去的那个下游引物


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这到底怎么弄得阿~~~没有人教真可怜!太可怜了!
我的上游引物CTCCACCCGAGTTACCAATGAC下游引物CCCGCAGAACTTAGCCCTGTAT都是5‘-3’的顺序,555!
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