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1、 SNP检测的金标准是测序，这个是没问题的，同时还可以发现很多新的SNP位点。
2、其次是SNPshot的方法，这个方法的平台也是测序仪，使用片段分析微测序的原理，对引物的设计有一定的要求。
3、再次是TaqMan探针的方法，检测结果的准确度和测序方法吻合度很好，适用于大样本量检测。
4、质谱法也还可以。
5、杂交芯片法准确度稍差。
6、HRM也可以做SNP，准确度一般，而且对仪器要求高。
以上几种方法除测序法外，都不能做到100%精确度检测。
PS：TaqMan探针检测所提供的数据包含扩增曲线，曲线指数增长期可以显示不同的扩增效率，可以辅助我们进行分型。上面shicongcong同学提供的图片应该是线性图谱，如果更换成youken同学发的那种对数图谱会更明显的看出不同的扩增效率。
毕竟对于困难位点各种检测方法都有局限性，这是我做SNP的经验，希望能够帮助大家。
