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标题:【求助】如何在BLAST里寻求引物所能扩增目的片段的长度?

wanglaoshi[使用道具]
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11
 
我实际上没有自己检索,就按楼主提供的blast结果分析了一下pcr产物的长度。
“他是选择了1-20 19-40,你选的是1-20 26-45,为什么会有不同选择呢? " ,实际上, 具体选择哪个片断不是看上列,而应看下列,上列是楼主自己输入的,而下列才是特异性序列在核酸中的位置。另外,只要楼主的RNA提得纯度高,没有DNA污染,就不用担心扩出基因组的片断来。
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langlang[使用道具]
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12
 
12楼
不好意思,我的问题比较多,我是初学者,还很少有机会向高手请教,几乎全靠在园子里浏览大家的精彩讨论,学到很多东西,本次发贴也是实在自己冥思苦想也无果的举措.
我在用文献中查到IFN- gamma的引物找其所扩片段大小时,(上游: 5’-GCTCTGAGACAATGAACGCT-3’ 下游:5’-AAAGAGATAATCTGGCTCTGC-3’)发现结果:
>gi|26354598|dbj|AK089574.1| Mus musculus activated spleen cDNA, RIKEN full-length enriched
library, clone:F830002I10 product:interferon gamma, full insert
sequence
Length=1208
Score = 42.1 bits (21), Expect = 0.019
Identities = 21/21 (100%), Gaps = 0/21 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 GCTCTGAGACAATGAACGCTA 21
|||||||||||||||||||||
Sbjct 99 GCTCTGAGACAATGAACGCTA 119
Score = 42.1 bits (21), Expect = 0.019
Identities = 21/21 (100%), Gaps = 0/21 (0%)
Strand=Plus/Minus
Query 21 AAAGAGATAATCTGGCTCTGC 41
|||||||||||||||||||||
Sbjct 327 AAAGAGATAATCTGGCTCTGC 307
即上游引物Query 1 GCTCTGAGACAATGAACGCTA 21
后面比我的引物多出来一个A,我也不知道是原文献中在印刷时少打了一个"A"?还是不要这个"A"也能扩增出想要的目的片段呢?我要想合成引物,要不要把"A"加在后面呢?
不好意思,耽误大家的保贵时间了
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wanglaoshi[使用道具]
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13
 
这位站友太客气了,大家只有在院子里多多讨论,彼此学习,才能不断进步,我这些关于blast方面的知识也全是在园子里学来的,楼主所说这种情况我还真没注意过,不过这个a可有可无,如果按引物设计的原则来说,没有更好,因为3‘端是A容易引起非特异扩增,但在实际操作过程中,好像并不是这样。所以,我认为楼主没必要深究这个问题。只要引物序列能100%互补就行。
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