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标题:【求助】用sybr green好还是用TaqMan探针好?

挖挖挖[使用道具]
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发表于 2016-4-7 15:58 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

【求助】用sybr green好还是用TaqMan探针好?

我们想用定量PCR同时检测5种细菌,但不知道用sybr green好还是用TaqMan探针好?有的人说用sybr green好，有的人说用TaqMan探针好。用TaqMan探针特异性高，但同时检测5种细菌是不是很难？用sybr green能结合所有的模板，而且引物二聚体的问题可以解决。到底哪一种好？请各位高手指点，急阿！
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发表于 2016-4-7 16:04 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

你搞反了, 用sybr green是不能同时测多种样品的，而且sybr green也不能解决二聚体的问题，TaqMan倒是可以。你要是有足够经费，当然用TaqMan好。同时测5种是胃口太大了点，不过有公司正在开发。
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发表于 2016-4-7 16:05 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
你应该先将两种PCR实验弄弄熟，在引物设计和探针设计方面积累一点经验之后再决定。
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wanglaoshi[使用道具]
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发表于 2016-4-7 16:05 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

这要根据片段的长度来定啊,如果片段比较短,(最好在80-200bp)就用sybr green,如果比较长用taqman probe,当然,片段短做realtime更准确
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xueyouzhang[使用道具]
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发表于 2016-4-7 16:08 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
如果要同管同时检测5种
无论是用sybr green
还是用taqman
都有难度的
现在临床上用双检都有一定的难度。
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发表于 2016-4-7 16:08 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

其实同时检测几种细菌是可以的，国外可以同时检测18中细菌，如果你留意一下，在NCBI上应该可以搜索到那篇文章，采用的技术就是sybr green，利用Melting curve区分何种细菌，我觉得只有sybr green可以做到这一点，同时检测5种细菌，用Taqman 探针几乎是不可能的，难度太大，而且对仪器的要求也高，至少5通道才行。我当时想做，可惜老板不支持，做科研还是很有意思的。不过用荧光PCR检测细菌意义不大，主要还得摇菌。现有的方法也不差，不知你的目的毕业论文还是其他。
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发表于 2016-4-7 16:25 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
十分感激各位的回答！我做的是毕业论文，其实我只要同时检测这5种细菌的数量变化，并不要求定性检测它们，因为这5种细菌已经知道存在了。所以还想问一下各位：用sybr green染料，还是用taqman呢？
ytht88,谢谢你详细的回答。你说的那篇文章我没找到，你能帮我找一下吗？谢谢！
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发表于 2016-4-7 16:25 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

一般用用sybr就可以了，若不需要同时一起检测的话就分开做还清爽些，但每次只能标记一种检测物质。多重标记在引物设计上难度较大，尤其是相互之间的干扰。目前世面上的定量PCR仪最多也只能同时检测四种（bio-rad和abi的高端机型可以装五种不同的滤光片但同时只能检测四种）。
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发表于 2016-4-7 16:31 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
对多种细菌的检测,基本只有sybr green能 做到
TaqMan花费太高,而且5种探针设计难度大
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发表于 2016-4-7 16:33 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
问题是sybr green的体系如何优化和实现还是比较麻烦的，特别是引物二聚体的干扰影响。如果你对realtimepcr还不是很熟悉的话，这样的结果非常难保证，可能的结果就是你花了大把时间和金钱最后得不到你要的结果，paper就无从谈起。
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