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标题:【求助】DNA甲基化(CpGenome™ DNA Modification...

阿福[使用道具]
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【求助】DNA甲基化(CpGenome™ DNA Modification...

目的:1.DNA甲基化处理,2.甲基化特异PCR
已试方法:
利用chemicon 公司的CpGenome™ DNA Modification Kit 进行甲基化处理(步骤见下);
参考文章订购了FAM标记引物进行PCR.
结果:DNA甲基化处理后紫外分光光度计测试230nm吸收特高(盐及小分子物质?),260nm约0.14左右,做了好几次,最后有几个浓度月200多ng/ul,但是230nm吸收还是很高,260/280高达7。虽然如此,电泳最终还是有条带了,但是用这个DNA去MSP,总是出现和阴性对照一样的dimer(primer浓度调试过)
排除的情况:原DNA是好的(电泳测试过);引物设计(引用多篇权威文章的);PCR仪器没问题;操作没问题。
可能的情况:在甲基化处理时需要用以下自己配的
Reagents
a. NaOH pellets
b. 70%, 90% and 100% EtOH
c. β-mercaptoethanol
d. TE Buffer (10 mM Tris-HCl, 0.1 mM EDTA, pH 7.5)
我用的 NaOH pellets只有96%纯度的,是不是这个罪魁祸首?
提问:在加入DNA时,原则要求1微克,我多加了一些(为了多点产量),行不?
请用过这个kit的朋友多多帮助 ,积分感谢,尤其是做过人雄激素受体的MSP的(HUMARA基因)。非常 急 。xx(xx(:X:X
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阿福[使用道具]
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所用protocol:
2.2 DNA修饰
2.2.1 取旋盖1.5ml离心管,加水100µL,再加1.0µg DNA,最后加7µL 3M NaOH,混匀。
如样品中DNA不足1.0µg时,加 DNA 修饰试剂IV,补水使总体积达到100µL,然后加7µL 3M NaOH,混匀。
(98µL水 + 2µL DNA 修饰试剂 IV + DNA样品 + 7µL 3M NaOH)
2.2.2 50℃ 10min
2.2.3 加550µL新鲜配制的DNA 修饰试剂 I,漩涡混匀。
2.2.4 50℃ 16h。
2.3 完成化学修饰,DNA洗涤
2.3.1 重悬试剂Ⅲ,漩涡混匀,确保混匀。
2.3.2 取重悬好的试剂Ⅲ5µL至上述DNA溶液中,再加入750µL试剂Ⅱ,轻轻混匀。
2.3.3 室温孵育5-10min,5000g 离心10sec,弃上清。
2.3.4 加1ml70%乙醇,漩涡混匀,5000g 离心10sec,重复三次。
2.3.5 第三次去除上清后,再高速离心2min,吸去残存的上清。
2.3.6 加50µL 20mM NaOH/90% 依存与上述样品中,漩涡混匀,重悬沉淀物,室温孵育5min。
2.3.7 5000g 离心10sec,直接加1ml90%乙醇,漩涡混匀,洗涤沉淀,离心弃上清,重复两次。
2.3.8 第二次上清去除后,再高速离心3min, 吸去残存的上清,室温干燥10-20min.
2.3.9 加TE Buffer(10mmTris/0.1mmEDTA,pH7.5)漩涡混匀。Buffer的量取决于开始时DNA的量。(一般25-50µL)
2.3.10 50-60℃ 15min。高速离心2-3min,转移上清至另一Ep管中。
2.3.11 进行MSP或sequenceing,或储存-15℃~-25℃,可保存两个月;-80℃六个月。可分装,避免反复冻融。
2.3.12 当保存的样品融化后作MSP时,避免将析出的试剂Ⅲ加入,可先离心去除沉淀。
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2.3.7 5000g 离心10sec,吸取上清至另一Ep管中,加1ml90%乙醇,漩涡混匀,洗涤沉淀,离心弃上清,重复两次。
Onobel ,你好,我也正在做MSP,用的也是这个试剂盒,现在的PCR也还没有做出来。我要告诉你的就是,2.3.7的这一步你是做错了的,你可能是按照DXY中别人的贴子做的,当时我看到这句话翻译的与试剂盒上的操作好象有出入,我特地联系了翻译这个的战友,他现在也在做MSP,他已经有过成功的经验了,他已经明确告诉我,在加90%乙醇前的上清液是不要去掉的,是直接加入90%乙醇。
另外,我在核酸技术版发了个帖子的,有几个做了这方面的高手提出了许多宝贵的建议,你可以去看一下的。
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2.3.6 加50µL 20mM NaOH/90% 依存与上述样品中,漩涡混匀,重悬沉淀物,室温孵育5min。
2.3.7 5000g 离心10sec,吸取上清至另一Ep管中,加1ml90%乙醇,漩涡混匀,洗涤沉淀,离心弃上清,重复两次 。
加50µL 20mM NaOH/90% 乙醇与上述样品中,轻弹混匀,不别离心,直接加入1ml90%乙醇,混匀。
根据本人经验,上述protocol略作一下修改:
1.在试剂1配置中,原说明书中大约用20µL 3M NaOH调pH,应调整为40µL,否则达不到所要求的pH。
2.在用乙醇洗涤离心时, 5000g 离心 1 min,否则吸上清时会带走试剂3,导致DNA丢失。
3.在每一步洗涤后重新加入乙醇洗涤时,用手指将沉淀弹起,不必漩涡混匀,剧烈涡旋会将DNA断裂。
4.在加入DNA时,原则要求1微克,我多加了一些(为了多点产量) ,影响不大,我的可能都大于1微克(5µL)。
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1.在加90%乙醇前的上清液是不要去掉的,是直接加入90%乙醇:是这样的,我在上贴中已修改。
2.是的。每步都一分钟,转速可以提高。
3.混匀时只要弹起就行了,不必彻底混匀。我的离心机不能定10sec,只能点动离心,所以容易弹起,而且也容易吸走,
个人经验,仅供参考。
祝顺利!
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还是有些小疑问(多次失手后现在很小心)
1.战友提到“在加90%乙醇前的上清液是不要去掉的,是直接加入90%乙醇”,而zrzhong6519 君说“吸取上清至另一Ep管中,加1ml90%乙醇到这个Ep管,漩涡混匀”, 似乎有点出入。
2.战友君说的“乙醇洗涤离心时, 5000g 离心 1 min(原来是10sec)”,是包括70%乙醇和90%乙醇洗涤吗?都是1分钟?
3.说的“在每一步洗涤后重新加入乙醇洗涤时,用手指将沉淀弹起,不必漩涡混匀,剧烈涡旋会将DNA断裂”,感觉10sec的离心后沉淀都比较难弹起啊,呵呵(这是我过分了)
再次谢谢pzhl2004 和zrzhong6519 君,俺马上开始修正,如实验顺利,5分赠送(实在没什么好表示的)
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1.在加90%乙醇前的上清液是不要去掉的,是直接加入90%乙醇:是这样的,我在上贴中已修改。
2.是的。每步都一分钟,转速可以提高。
3.混匀时只要弹起就行了,不必彻底混匀。我的离心机不能定10sec,只能点动离心,所以容易弹起,而且也容易吸走,
个人经验,仅供参考。
祝顺利!
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甲基化处理后,你有在分光光度计上测浓度吗?
我在修正实验后,甲基化的DNA在230nm处吸收还是过高,电泳无带,晚上测试PCR看看有没有结果。
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阿福[使用道具]
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PCR后还是没有条带出现..................555!!
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10
 
甲基化处理后我没有测,但跑过电泳,看不到条带。
你可以提高模板量试一试,另外再多试几个温度,延长变性、反应及退火时间,我都使用1min,40 cycles。
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