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标题:【讨论帖】Autophagy(自噬)

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QUOTE:
原帖由 boom 于 2016-4-14 14:17 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')
本人最近就在做自噬,用EBSS处理细胞9hr,发现EBSS处理的细胞大量漂起,WB检测LC3I-LC3II的变化,发现对照组两条带都有,而EBSS组只有LC3II的条带。该如何解释?另外我用别的细胞以一种药物处理,本来想看看该药物是否能诱导自噬发 ...

(1)用EBSS处理细胞9hr,发现EBSS处理的细胞大量漂起:
——细胞饿了9h,可能死的差不多了(不一定是饿死的)。
(2)WB检测LC3I-LC3II的变化,发现对照组两条带都有,而EBSS组只有LC3II的条带
——LC3II增高,LC3I降低,提示自噬的发生,最好还有LC3荧光斑点形成的图片(LC3-II/LC3-I比值和LC3荧光斑点计数均为自噬的监测指标),但要确切的证据还需做透射电镜。
(3)对照和处理组都有两条条带
——建议在合适的时间框内连续监测LC3-II/LC3-I比值和LC3荧光斑点计数的变化
初步看来你的结果倾向于有自噬的发生,但需把实验做到位,必需的证据要补充。
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站友们做westen 都用哪个公司的抗体, 自噬的抗体哪个公司的质量最好?
最近我订了ABGENT公司的一个LC-3怎么没做出来?
到底是因为抗体质量问题,还是动物种属差异?

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出现阴性结果要看阳性对照,怀疑假阳性要看阴性对照,不知你做了对照没有?
商品化的抗体一般来说质量是有保证的,需注意它的使用范围和条件。
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自噬相关基因(autophagy associated gene, ATG):在自噬过程中到底有哪些蛋白的参与,即自噬相关蛋白的鉴定是目前自噬研究主要的任务。由于自噬研究的历史关系,很多基因在酵母和哺乳动物中有不同的命名。
在cuturl('http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/bv.fcgi?rid=eurekah.table.24964')中介绍了一些较早发现的自噬相关基因,下面列出几个新近发现的:
1)bif-1(又叫Endophilin B1) 和 UVRAG(ultraviolet irradiation resistance-associated gene)
相关文章:Bif-1 interacts with Beclin 1 through UVRAG and regulates autophagy and tumorigenesis.pdf
cuturl('http://www.namipan.com/d/75c245aa6c8cf8644c33bcf86e8c6ef8add3da69469e0e00')
2)VMP1 (Vacuole membrane protein 1)
相关文章:The Pancreatitis-induced Vacuole Membrane Protein 1 Triggers Autophagy in Mammalian Cells.pdf
cuturl('http://www.namipan.com/d/a4a74e47a1d515089558fe39db2177ff931ee8114a611e00')
3)DRAM (damage-regulated autophagy modulator)
相关文章:DRAM, a p53-Induced Modulator of Autophagy, Is Critical for Apoptosis.pdf
cuturl('http://www.namipan.com/d/69fee934467a3fc4b9a70b88c9292160a631c78f42111300')
4)TP53INP2 (Tumour Protein 53 Induced Nuclear Protein 2)
相关文章:The TP53INP2 Protein Is Required for Autophagy in Mammalian Cells.pdf
cuturl('http://www.namipan.com/d/40e5d3a2f6a0ec5fce4dc91c32880ae293201a582cf33500')
(由于不断有新的ATG蛋白被鉴定出来,本帖将不定期更新)
......

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最近在做上面写的第三篇的DRAM基因相关内容,感觉关于自噬和凋亡之间的CROSSTALK比较复杂,值得深究。
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雪原[使用道具]
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站友们做westen 都用哪个公司的抗体, 自噬的抗体哪个公司的质量最好?
最近我订了ABGENT公司的一个LC-3怎么没做出来?
到底是因为抗体质量问题,还是动物种属差异?

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我们实验室经常做LC3,要注意的是转膜时间,转长了就转过头了。动物种属在抗体说明书上有写。
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ukonptp[使用道具]
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Biofish站友,一直在关注autophagy. 您的这个讨论做得很好。看到下面的这篇文章我很感兴趣,但链接提示已不在,可再上传否?谢谢。
Autophagy and toll-like receptors:A new link in cancer cells.pdf
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最近也要开始做自噬相关的东西,要买抗体,做WB检测LC3I-LC3II,不知哪家的抗体比较好?santa的怎么样?
恳请过来人指点一下
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这周刚看到一篇关于自噬的文章,里面有种细胞Saos-2 TetOn PUMA-inducible没弄明白干什么用的,希望前辈解惑,谢谢

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我看了篇文献,是Sao-2 TetOn P53-inducible的细胞。就是指细胞中如果在平常状态下是没有这种基因,但用doxycycline(Dox)土霉素进行诱导后就有基因表达了,是国外用的很多的一种类型的细胞,好像国内的实验室周围用的不多。DRAM, a p53-Induced Modulator of Autophagy, Is Critical for Apoptosis。我说的细胞就是在这篇文章当中使用的。本人主要研究DRAM,如果有类似研究目标的同仁可以PM后共同进步。
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8s5g[使用道具]
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有个问题, 根据战友的解释. (我还没有具体查过文献) 自噬似乎只是在胞浆发生的一系列变化. 与细胞核相关的讨论似乎从未见过, 在图中, 细胞核也只是被孤令令的摆在一个不起眼的位置, 任凭胞浆内是多么的热闹. 难道细胞核内确实没有任何变化吗? 还是目前没有人研究而被忽略了呢?

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肯定有很多联系的啊,比如我们最近的实验当中所使用的Beclin 1就是通过出核才发挥调节自噬的作用的啊。
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8s5g[使用道具]
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最近也要开始做自噬相关的东西,要买抗体,做WB检测LC3I-LC3II,不知哪家的抗体比较好?santa的怎么样?
恳请过来人指点一下

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好像MBL(medical&biological laboratories)的还可以的。我们都用这个。
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8黑眼圈8[使用道具]
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今年Autophagy的IF回升到了5.497,也算是我们研究自噬同仁的好消息啊,呵呵。
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