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1.请问能直接从双向电泳图上分辨出结构蛋白与功能蛋白吗?
答:从序列即可预测除蛋白质的功能,参见:
D. J. Rigden Edits, From Protein Structure to Function with Bioinformatics(2009)
cuturl('http://emuch.net/bbs/viewthread.php?tid=6382178')
当然有不少误差。
但是我不懂蛋白质何以分为结构蛋白与功能蛋白?哪种蛋白质没有功能?
2.上图是我蛋白点的质谱分析结果,如何从中挑选有意义的点做二级质谱?挑峰度高的吗?
答:质谱分析要对比不同条件下的质谱峰,尤其是峰高和峰位置在不同条件下改变的那些峰。有许多有价值的质谱峰本身不高,比如用MADLI-MS检测蛋白质-蛋白质相互作用的时候,出现的蛋白质-蛋白质相互作用的特异性质谱峰就不高。蛋白点的质谱分析结果,如何从中挑选有意义的点做二级质谱,要看你具体的操作目地了,峰高与峰对应的肽片段或氨基酸正离子的丰度有关,但是那种肽片段或氨基酸正离子不是你需要的也没用,甚至可能就不是的肽片段或氨基酸正离子的质谱峰也有可能,与你的样品制备也有关系。