表界面物性测试

本人最近接触MS软件计算表界面的相关问题，无奈整个学院都没有人搞过这方面的计算，所以连向谁请教都不知道，现在依次列出我的一些问题，望大家改正回答，共同进步。我是按照过这篇文献（附图First-principles study of Al/A13 Ti heterogeneous nucleation interface）搞的，还望大家不厌其烦大概看看文章的建模过程。先想熟悉他们的过程，弄清楚了再搞自己的东西。可是文献里面提到的只是个大概和最后的结果，中间需要掌握的内容好像并不是那么多。我是完全按照文献的内容进行的，因此好多问题便都产生了。以下两种物质的表面模型都是七层。
1.本人先计算了Al(001)/Al3Ti(001)心位的界面，两种截止界面的模型见下图。之前做的对应的表面计算得出的两个表面的收敛能倒是和文章差不多，但是最后算出的界面能比人家的小了了一倍左右，我想请假一下是不是界面模型建错了，或者是计算的时候参数设置的问题呢？
2.Al截止的界面是我直接把Al3Ti(001)表面模型的Ti原子换成了Al原子得到的，也就是说是凑出来的，不是切的，因为我想了好久也没有切出来文献中Al3Ti(001)Al截止的表面，不知哪位大神会，还请教教小弟。
3.Al（111）/Al3Ti(112)界面，这个问题就更多了，两种表面也都切出来了，但是建立模型的时候会莫名其妙的缺少原子，弄得我很郁闷，有的添加对称性可以加上，有的就是加不上，我也数了两个表面总的原子个数和界面的原子个数，都是一样的，但无论如何就是调不出来丢的原子，还请指教。下图依次是顶位，桥位，心位的Al（111）面，Al3Ti(112)按照系统默认的切出来，这个没有争议。Al（111）/Al3Ti(112)界面顶位，桥位，心位如下图（1）（2）（3）这三个图都是没有经过结构优化之前建立的界面模型，优化后，有些原子在模型里面根本显示不出来，对应图a1,a2,b1,b2,c1,c2分别是三种位置的Al（111）表面优化前后对比模型，不难发现和没有优化的相比较，原子找不到了，但是系统显示的是原子并没有丢，总个数没有变，都是28个，d1,d2分别为Al3Ti(112）表面优化前后的示意图，原子数也没有变，但就是看不见，各种显示方式我也调节过啦，我实在是调不出来，所以对应的界面模型建立之后结果是不是正确的我有些质疑，界面也没建。
4.建立界面模型后两个表面的距离应给如何调节，是要界面处的原子成键吗？还是不需要，以减少界面优化的时间，表面优化和界面优化需要固定原子层吗？我都没有固定，是完全优化，如果需要固定的话，怎么确定固定的层数？
4.为了满足需要，我想把Al3Ti(112）表面按照系统默认的切出来之后，再把由底面四个Al原子构成的菱形单独切出来，见e图，再沿着竖直方向延伸，得出想要的表面模型，这个过程需要调节（UV）,我调节了好几天，也没弄出来，真的受不了了。

1，你搭建界面是错配是不是小于5%
2，强行替换凑数肯定是不合理的
3，原子个数体统显示是多少就是多少，没有少，就是原子通过优化移动在晶格外面了，不显示了，可以变成超胞，就可以看到你所谓的丢的那个原子了。其实没必要
4，对与界面距离，一般是手动的，差不多就好，让他自己跑，也有一步一步测试的。
5，没明白什么意思

1.是小于百分之五的
2.那Al3Ti(001)Al截止的一面怎么切呢？我弄了好几天都没切出来
3.就是没显示出来感觉别扭，不影响结果的话就行
4.界面距离我是按照文献直接调节好了，但是优化后的结果比人家那个大了好多。
5.就是在那个立体的表面模型内部把以四个Al原子构成的菱形从下而上切出来，也就是改变表面的UV.这个我也切不出来

我以前做过界面，了解一点，但对于你的模型，我只查到了Al3Ti的空间群，没查到晶格常数和内坐标，你给出来，我帮你试试。

您好，Al3Ti的空间群号139，晶格常数A=3.8537，C=8.5839,
坐标：Al (0 0 0.5),(0 0.5 0.25);Ti(0 0 0):hand:

你试试修改cleave surfaces 中的top，我是菜鸟，不知道能不能切出Al截止的一面

楼主你好，我想问一下你在建立界面结构时，是怎么确定原子结合方式的呢，我看你的有桥位什么的   你是手动移动原子确定的吗，移动之后会不会有的原子跑到盒子外啊

是手动的 我也是调节个大概 好像没有那么准确

我要做TiC(111)-Fe(100)界面的结合，想把原子结合方式由Ti-Fe结合改变为C-Fe结合，这个步骤怎么做啊？移动原子之后，会有部分原子跑到盒子外，应该怎么处理啊

我要做TiC(111)-Fe(100)界面的结合，把两个表面切好，添加厚度为0的真空层，然后build layer为crystal，对这个结构进行几何优化，需要勾选optimize cell吗