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生物组织内含水量高达80%左右,样品所含水分不利于维持镜筒真空,同时易导致镜筒污染,在观察时会产生放电现象,因此在扫描电镜生物样品的制备过程中,样品的脱水干燥十分重要。样品干燥时,因表面张力的作用易引起样品畸变甚至破坏其内部结构。常用的几种干燥方法各有其优缺点:空气干燥法和真空干燥法操作最简单但效果最差,只适用于含水少的毛发等组织,而大多数生物样品不宜采用此方法;目前应用最广的临界点干燥法则存在操作复杂和需要特殊设备等问题,另外还会带来一定的人工假象。对于含水的生物样品,采用脱水后在有机溶剂中冷冻干燥的方法效果更为理想,近年发展起来的化学冷冻干燥法就是一种比较有效的方法。丛有机溶剂中冷冻干燥样品,不产生结晶,升华快效果更好。