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质谱上即使测出蛋白质与药物分子量的累加又能说明什么?能说明药物对蛋白质起到了活性作用吗?能起活性作用的药物首先要对蛋白质结构的活性中心起到选择性激活或锁死作用。具体就是蛋白质活性部分的空间结构由此发生选择性变化,从而引起其他体内连锁活性反应。怎么变化呢?可能性有许多种,比如总体上由大分子几聚体变化成单体或另外几聚体,或者局部结构由一种特定构象转化成另一种构象,比如某间断的阿尔法螺旋体转变成β-折叠等等构象。这些很难用质谱的分子量的量化来说明的。一般要从某一活性构象的质谱图分布变化的结构Profile做为标记来识别。但能使蛋白质质谱图分布发生变化的未必就是活性药物,比如某些金属离子也能与蛋白质的表面氨基酸形成盐桥而使分子构象发生变化,但未必是活性构象变化。所以单靠质谱的分子量测定是不够的。还要结合2,3维NMR辅助计算机结构计算判断立体结构的改变,更主要的通过建立In vitro,In vivo的一系列体外细胞和动物实验来建立质谱标记图谱。有了这个平台的建立,才能进行活性药物的筛选。