【求助】如图，质谱分析结果中

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标题:【求助】如图，质谱分析结果中

灵魂[使用道具]
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发表于 2016-4-28 11:09 资料个人空间短消息加为好友

小中大

如图，质谱分析结果中，peptide sequence那一行，括号是什么意思，哪一段才是多肽勒
Peptide sequencee
(K)LVNKIQK(L)
这里的括号是什么意思，那这段多肽包括括号里的内容还是怎么？

附件

2016-4-28 11:09

1716889_1339574153_596.jpg (66.94 KB)

malong[使用道具]
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发表于 2016-4-28 11:09 资料个人空间短消息加为好友

小中大

【回复】

你这是用什么型号做的呢？偏差这么大，好不好定结构哦？最好用超高分辨质谱做一下，把误差缩小了，再来比对搜索，才比较好吧？

大大[使用道具]
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发表于 2016-4-28 11:10 资料个人空间短消息加为好友

小中大

【回复】

诶，这个是文献中看到的一张结果图，用的MALDI-TOF跑的，就不太懂旁边括号的意思，因为我们需要肽段

大花猫bb[使用道具]
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发表于 2016-4-28 11:10 资料个人空间短消息加为好友

小中大

【回复】

是不是N端（氨基端）和C端（羧基端）？不好意思，不能肯定哦。

兔子[使用道具]
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发表于 2016-4-28 11:10 资料个人空间短消息加为好友

小中大

【回复】

有可能哦，俺也不太懂，俺怀疑要么表示其两端
要么可能是不确定到底是哪个氨基酸，所以打了个括号
你认为哪种可能性比较大啊

danzi[使用道具]
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发表于 2016-4-28 11:11 资料个人空间短消息加为好友

小中大

【回复】

K与L还是相差比较大的。因此，应该不是指不确定。C/N基也不需要两个都表示出来。可能是指下一个基团可能要连接的。一般是用小数点吧。

hcy517[使用道具]
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发表于 2016-4-28 11:11 资料个人空间短消息加为好友

小中大

【回复】

括号里面应该指的是上一连接的氨基酸和下一连接的氨基酸。
这个蛋白应该是trypsin酶解完再去做MALDI的吧？不知道lz有没有注意到，前面一个括号里的氨基酸都是R和K，而后面一个括号里的氨基酸的前面一个氨基酸也都是R和K，就是trypsin的酶切位点。
frgmentaion里面对应的就是该断多肽在该蛋白上的位置，把这个排一排，还可以大概知道这个PMF的序列覆盖度。

p1900[使用道具]
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发表于 2016-4-28 11:12 资料个人空间短消息加为好友

小中大

【回复】

是的，之前也有这种猜测，但是不确定，后面比对了前后序列之后，可以确定了，CPN同学貌似对这方面很懂啊，之前俺没有做过相关方面的

钻石[使用道具]
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发表于 2016-4-28 11:12 资料个人空间短消息加为好友

小中大

【回复】

括号是前后的一个氨基酸，其实主要是看是不是trypsin有没有miss cleavage
最后一列是氨基酸上的modification 1Met是Methionine上有oxidation这个是经常有的无所谓。最后一个1 PO4是磷酸化，但你没做MS2无法确定是哪一个，一般来说是T threonine上面

兔子[使用道具]
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发表于 2016-4-28 11:12 资料个人空间短消息加为好友

小中大

【回复】

这是一般的trypsin digestion 之后的分析吧，不在括号里的是peptides sequence。两个括号是指前后的氨基酸残基，trypsin一般就切K和R后，所以前一个括号里不是K就是R，后一个括号之前的不是K就是R.

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