生物质谱

蛋白质分析技术(Western Blot、ELISA、免疫荧光与免疫组化技术)
1 原理：
将通过聚丙烯酰胺凝胶电泳分离的蛋白质转移到硝酸纤维素或PVDF膜上，然后与能特异性识别待检蛋白的抗体进行反应，洗涤去除没有结合的特异性抗体后，加入标记的、能识别特异性抗体的种属特异性抗体，反应一段时间后再次洗涤去除非特异性结合的标记抗体，加入适合标记物的检测试剂进行显色或发光等，观察有无特异性蛋白条带的出现，也可通过条带的密度大小来进行特异性蛋白的半定量。
2 操作过程
SDS-PAGE电泳→转膜（PVDF或硝酸纤维素膜）
封闭→一抗→洗涤→酶标二抗反应
洗涤→显色或化学发光显影
3 注意的问题
（1） 蛋白质电泳
常用SDS-PAGE：单一亚基组成的蛋白质
非变性PAGE：多个不同亚基组成的蛋白质
Tris-Tricine胶中电泳：用于分子量小于10kDa的多肽和蛋白的电泳，能够获得较好的分离效果。
（2）转膜
戴手套，避免用手接触滤纸、凝胶和膜，因为手上的油脂会阻断转印。滤纸和膜的尺寸与凝胶大小一致
以适量的转移Buffer室温平衡滤纸、凝胶和膜15－30min，如果是PVDF膜，必须先用甲醇激活后浸泡。
方向正确：凝胶在阴极，膜在阳极
排去滤纸、胶和膜间的气泡。
电转时间：100V 1-2h,可根据蛋白分子量的大小灵活 选择转移结束后，凝胶用考马氏亮兰染色以确定转移效率膜用丽春红染色观察蛋白分子量标准的位置
（3）封闭
用5％脱脂奶粉或3％BSA
（含0.1％Tween20 TBS或PBS配制）
时间：室温2h或4oC过夜
（4）显色或显影
显色
辣根过氧化物酶：底物为DAB
碱性磷酸酶：底物为BCIP/NBT
化学发光显影
最常用。辣根过氧化物酶和碱性磷酸酶有不同的发光底物（商品化产品）
注意：化学发光前将膜用不含Tween20的TBS或PBS洗涤一次曝光的时间和显影的时间根据实际情况而定
（5）膜的再利用
化学发光后的硝酸纤维素膜用Stripping Buffer洗涤后（洗涤Buffer: 62.5mm pH6.7 的Tris-HCI含2％SDS和100mm的? －2ME ） 用不同的一抗进行杂交，检测其它蛋白的表达情况。一张膜可以重复使用3－4次。碱性磷酸酶显色的膜不能再进行杂交。
二、ELISA
1 原理：
ELISA的基础是抗原或抗体的固相化及抗原或抗体的酶标记。结合在固相载体表面的抗原或抗体仍保持其免疫学活性，酶标记的抗原或抗体既保留其免疫学活性，又保留酶的活性。在测定时，受检标本与固相载体表面的抗原或抗体起反应。再加入酶标记的抗原或抗体，也通过反应而结合在固相载体上。此时固相上的酶量与标本中受检物质的量呈一定的比例。加入酶反应的底物后，底物被酶催化成为有色产物，产物的量与标本中受检物质的量直接相关，故可根据呈色的深浅进行定性或定量分析。测定方法具有很高的敏感度（pg-ng/ml水平），并且重复性好。
ELISA 常用的酶和底物
辣根过氧化物酶，底物为OPD, 深桔黄色 ，检测波长492nm
TMB， 蓝绿色，检测波长450nm
碱性磷酸酶，底物为PNPP（对－消基苯磷酸酯）, 黄色
检测波长405nm
ELISA各步骤的反应时间
包被：24－36h，蛋白浓度为1－5ug/ml
封闭：37oC 2h 或4oC过夜（3％BSA）
样本反应时间：37oC 45min-1h
酶标抗体反应时间： 37oC 45min-1h
显色时间：15min(避光）
设对照
可以一次包被多块板，冻存备用
2 类型
（1）间接法测抗体
间接法是检测抗体常用的方法。其原理为利用酶标记的抗抗体，检测与固相抗原结合的受检抗体，故称为间接法。
常用于临床血清中自身抗体的检测，以及杂交瘤上清特异性抗体的筛选。如血清中PDCD5自身抗体的检测。
(2) 双抗体夹心法测抗原
是检测抗原最常用的方法。
只要获得针对受检抗原的特异性抗体，就可用于包被固相载体和制备酶结合物。
常用的组合：单克隆抗体＋多克隆抗体
单克隆抗体＋单克隆抗体
后一组合是两种单克隆抗体针对抗原上不同的相距较远的两个抗原决定簇，分别用于包被固相载体和制备酶结合物。
用途：测定二价或二价以上的大分子抗原，但不适用于测定半抗原及小分子单价抗原，因其不能形成两位点夹心。例如各种细胞因子的检测。
双抗体夹心法测抗原的方法：
捕获抗体包被→封闭（3％BSA）→待测抗原→洗涤（含0.1％Tween的PBS)→酶标单抗或多抗→洗涤→显色→检测
(3)竞争法测抗原
1）抗体固相测抗原 小分子抗原或半抗原因缺乏可作夹心法的两个以上的位点，因此不能用双抗体夹心法进行测定，可以采用竞争法模式。
其原理是标本中的抗原和一定量的酶标抗原竞争与固相抗体结合。标本中抗原量含量愈多，结合在固相上的酶标抗原愈少，最后的显色也愈浅。
方法：抗体包被→封闭→同时加入待测抗原和酶标抗原→洗涤→酶底物→显色→ELISA reader检测
2）抗原固相测抗原
其原理是标本中的抗原和固相抗原与一定量的抗体竞争结合。标本中抗原含量愈多，结合在固相上的抗体愈少，最后的显色也愈浅。
方法:
a: 抗原包被96孔板； b:封闭;
c: 待测抗原与抗体反应一定时间； d: 加入96孔板
e: 洗涤 f：加入酶标二抗
g：洗涤 h：显色和检测
（4）IgM抗体的检测
1）间接法：
间接法ELISA一般仅适用于检测总抗体或IgG抗体。如用抗原包被的间接法直接测定血清中的IgM抗体，因标本中一般同时存在较高浓度的IgG抗体，后者将竞争结合固相抗原而使一部分IgM抗体不能结合到固相上，将出现假阴性结果。 因此，如果用抗IgM作为二抗，间接测定IgM抗体，必须先将标本用A蛋白或抗IgG抗体处理，以除去IgG的干扰。
方法：
a: 抗原包被96孔酶标板； b:封闭;
c: 待测血清与A蛋白反应一定时间后离心
d: 吸取上清液加入96孔酶标板
e: 洗涤 f：加入酶标抗IgM的抗体
g：洗涤 h：显色和检测
2）捕获包被法（夹心法）
先用抗人IgM抗体包被ELISA板，以捕获血清标本中的IgM（包括针对抗原特异性的IgM和非特异性的IgM)。然后加入相应抗原，继而加入针对抗原特异的酶标抗体，再与底物作用，颜色的深浅即与标本中的IgM含量成正相关。
方法：
a: 抗人IgM抗体包被96孔酶标板； b:封闭;
c: 加入待测血清； d: 洗涤96孔酶标板
e: 加入相应抗原 f：加入抗原特异的酶标抗体
g：洗涤 h：显色和检测
（5） ABS-ELISA技术 （Avidin Biotin system-ELISA
原理
亲和素是一种分子量是60，000的碱性蛋白，由四个相同亚基组成，每个亚基有一个生物素分子结合点。两者均可与抗体等大分子生物活性物质相偶联，又可被酶类等多种材料所标记，成为一种生物反应放大系统。生物素化抗体可捕获多个亲和素，后者再与酶结合，加入底物后，产生颜色反应。这一系统可以大大提高ELISA的灵敏度。
操作过程：
抗原包被→封闭→待检标本→生物素化抗体→洗涤→ 酶标记亲和素→洗涤→加底物显色和检测
三 免疫荧光技术
利用某些荧光素，如FITC、R-PE等通过化学反应与抗体或其它蛋白结合制备成荧光探针，然后与被测抗原或配体发生特异性结合，形成的荧光复合物在一定波长光的激发下可产生荧光，因此利用荧光显微镜或流式细胞仪可检测未知抗原或相应配体。

细胞膜蛋白分子的检测
原理：
细胞膜表面的抗原或受体可特异地与相应的抗体或配体结合，将针对细胞表面抗原的抗体或配体用不同的荧光素标记，根据不同荧光物质的最大激发和发射波长的不同，即可准确定量每种荧光物质的强度，从而推出相应细胞表面抗原表达量
1 直接法：细胞＋荧光素标记的抗CD分子的抗体→4oC反应30-60min→荧光显微镜观察或流式细胞计分析。
2 间接法：细胞＋抗CD分子的抗体→4oC 反应30-60min 荧光素标记的二抗 4oC 反应30-60min→荧光显微镜观察或流式细胞计分析
悬浮细胞：用PBS洗二次后再做染色
贴壁细胞：先用胰酶消化成悬浮细胞再染色
2 Annexin V检测技术 (检测细胞凋亡的一个常规指标)
磷脂酰丝氨酸（Phosphatidylserine, PS）正常位于细胞膜的内侧，但在细胞凋亡的早期，PS可从细胞膜的内侧翻转到细胞膜的表面，暴露在细胞外环境中。Annexin-V是一种分子量为35~36KD的Ca2 依赖性磷脂结合蛋白，能与PS高亲和力特异性结合。将Annexin-V进行荧光素（FITC、PE）或biotin标记，以标记了的Annexin-V作为荧光探针，利用流式细胞仪或荧光显微镜可检测细胞凋亡的发生。
样本处理和染色方法
1 悬浮细胞的染色：将正常培养和诱导凋亡的悬浮细胞（0.5~1×106）用PBS洗2次，加入100ul Binding Buffer和FITC标记的Annexin-V（20ug/ml）10ul，室温避光30min，再加入PI（50ug/ml）5ul，避光反应5min后，加入400ul Binding Buffer，立即用FACScan进行流式细胞术定量检测（一般不超过1h）， 同时以不加AnnexinV-FITC及PI的一管作为阴性对照。
2 贴壁培养的细胞染色：先用0.25%的胰酶消化，洗涤、染色和分析同悬浮细胞。
3 爬片细胞染色：同上，最后用荧光显微镜和共聚焦激光扫描显微镜进行观察。
（二）细胞内蛋白分子的检测
细胞内细胞因子的检测、凋亡相关蛋白TFAR19的检测等。

显微镜观察或流式细胞计分析
凋亡相关蛋白TFAR19蛋白的表达和细胞定位分析
TFAR19（PDCD5）是由本研究室在国际上首先报导的一个拥有自己知识产权的人类新基因，前期的功能研究表明，它是促进细胞凋亡的增强剂。利用荧光素（FITC）标记的TFAR19单克隆抗体为探针，对细胞凋亡过程中TFAR19蛋白的表达水平及定位研究发现，凋亡早期TFAR19表达水平增高并出现快速核转位现象。同时我们发现，凋亡早期TFAR19蛋白的核转位早于磷脂酰丝氨酸（PS）外翻和细胞核DNA的片段化，提示TFAR19蛋白的核转位是细胞凋亡更早期发生的事件之一。进一步的研究证明，凋亡早期TFAR19的核转位具有普遍意义，不同细胞凋亡早期均出现TFAR19高表达和核转位。这为研究细胞凋亡早期所发生的事件，提供了一种新的技术和指标。
1 悬浮细胞的染色：
（1）收获正常和诱导凋亡的细胞（0.5~1×106），PBS洗2次，
（2）3%多聚甲醛冰浴10min，PBS洗2次，1000rpm′10min。
（3）加入PBS-T溶液，37°C孵育15min，PBS洗2次，
（4）加入200ml胎牛血清，室温反应30min。
（5）加入 FITC标记的TFAR19单抗，4°C反应30min
（6）荧光细胞洗液洗2次，荧光显微镜及共聚焦激光显微镜下观察TFAR19在细胞中的定位。同时用流式细胞计定量检测TFAR19蛋白的平均荧光强度。
2：贴壁细胞的原位染色
（1） 贴壁生长的对数期细胞铺在24孔或6孔板中（内有洁净盖玻片），让其爬片生长，待长到50%~80%满时，凋亡诱导剂处理细胞。
（2） 将不同时间点处理的细胞进行免疫荧光染色，染色步骤同上。
（3） 将染色的爬片细胞放于一张滴有少量甘油（5ul）的载玻片上，荧光显微镜或共聚焦激光扫描显微镜观察TFAR19在细胞中的定位。
四免疫组织化学技术
原理：
是指酶标记的特异性抗体在组织细胞原位通过抗原抗体反应和组织化学的成色反应，对相应的抗原进行定性、定位和定量测定的一项技术。它把免疫反应的特异性、组织化学的可见性巧妙的结合起来，借助显微镜（包括荧光显微镜、电子显微镜等）的显像和放大作用，在细胞、亚细胞水平检测各种抗原物质（如蛋白质、多肽、酶、激素、病原体以及受体等），并可在原位显示相应的基因和基因表达产物。
免疫组化染色技术的分类
免疫荧光法（Immunofluorescence technique）
免疫酶法（Immunoperoxidase technique）
免疫金银法（（Immunogold technique）
ABC法（ Avidin-Biotin Complex）
五 蛋白质与蛋白质相互作用的研究技术
1 GST融合蛋白进行Pulldow实验

原理固然重要，经验更是难能可贵，希望楼主拿出点经验性的东西。