MRM方法和母离子扫描与校正文件的关系

我们现在做氨基酸和肉碱的检测,之前用的母离子和中性丢失扫描方法,现在用MRM,最近仪器出问题,校正仪器之后,又用母离子和中性丢失扫描方法,同一批样本,发现前一种方法质量数偏差较大,能偏差0.5左右,而MRM偏差较小(小于0.1 ),不同的方法为什么有这么大差别呢?校正是对仪器的校正,不管用哪种方法应该都是同一个校正文件吧