小中大 由于个人并不是做食品检测方向的，所以只能提出参考意见。
楼主所描述的情况确实很可能是由于严重的基质效应引起的。
建议楼主做一个实验，然后根据结果进行调整。
首先，配制一条无基质的对照品标曲(工作液)，浓度范围请大于目前含基质的标曲范围。并请每个浓度进样三次以上。计算该标曲线性，确保线性范围在仪器的检测限内。
其次，制备空白基质样品若干，添加入工作液，制备成与工作液标曲同浓度的样品标曲，各浓度样品数量应大于六个。进样后，计算各含基质样品浓度的面积的RSD，这个是相对基质效应，应小于15%。相对基质效应影响重现性若严重，最好优化一下色谱条件，减少基质效应，改变前处理方法也能减少基质效应，但是比较麻烦，偶尔改变质谱条件也能减少基质效应。
各浓度含基质样品的峰面积与工作液的峰面积之比为绝对基质效应，各浓度基质效应的极差应该小于15%(这个是个人观点)。特别偏离的浓度就应该删除，所以楼主原本的标曲可能范围要缩小一些。绝对基质效应越小，方法可能重现性、稳定性、以及线性范围会越好。
至于内标，同位素内标可以同时修正前处理和基质效应带来的差异，所以当使用同位素内标时，可以不考察基质效应，但是普通内标只能修正前处理带来的误差，对基质效应没有实际意义。
如果要用内标法，内标也需要考察基质效应，但是由于内标的浓度是不变的，所以只要确定其相对基质效应即可。
