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标题:[讨论贴]单细胞凝胶电泳技术及应用讨论

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回复 #10 乌贼老弟 的帖子

乌贼老弟 战友,就我的经验,SCGE的重复性还是不错的,但要做到所有的试剂要同批配制,存放时间不要过长,如我的试验,宁愿累几天,也不要把战线拉的太长,前期准备工作可以按部就班,如(肿瘤接种、给药等),一旦用SCGE的时候,一定在较短时间完成,记得我最累的一天从8点上班,到晚上11点半才回家,中间利用一点时间吃饭。因为裂解液时间长了会结晶,(浓度太高了),正如您所说的。加热磁力搅拌器搅拌后,还可以溶解,但是,还是不宜久存的。电泳液和PBS相对好一点。呵呵,SCGE是一个比较年轻的方法,潜力还没有完全发掘出来,与其它技术结合是必然趋势,就拿血液病来说吧,CD分子已经发现了很多了吧,给药后,用某种药物处理,然后用流式把细胞提取出来,再做SCGE,结果可以看到哪种细胞对该药物敏感,有助于发现该药对哪类白血病敏感,
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裂解液药新鲜配制,SCGE中最难配的是裂解液,每次做的时候都要最先配制,而且用加热磁力搅拌器不停搅拌,同时就可以干别的,完全溶解后再放入冰箱预冷。您的脱胶问题和biomed96 战友一样,可以该一下凝胶载体,磨砂玻璃或自制微电泳槽,我用的自制微电泳槽,其实很简单,从不脱胶,另外SCGE最好在避光条件下操作,避免额外DNA损伤。
阴性对照不必说了,阳性对照可以旋已知的对所研究药物(或同类药物)极度敏感的细胞,如国外文献报道,用共济失调-毛细血管扩张症患者的淋巴细胞做阳性对照观察辐射或UV对正常人淋巴细胞DNA的损伤作用。
不同细胞到底裂解多长时间我还没有看见相关文献,但有文献报道,一般裂解1.5~2小时即可。
您用的vero我不知道是什么药物?所以我不便发表意见,不过我觉得先用淋巴细胞比较合适。当然还要看药物的靶细胞是什么。
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回复 #12 一叶 的帖子

谢谢回答,你那是不是有comet-FISH的资料啊,你能大概给我解释一下不?比如说方向,检测的目标,还有啊我做的是一个兽药的毒性评价,不象你们做的是人医的,不象你们那么复杂,呵呵不过对我的水平也就比较麻烦了。
我现在做的vero是一种动物的细胞,对了,你说的磨砂的玻片是自己整的吧,我买了砂纸,不过自己搞了半天觉得效果不是很好,你说的那种自制的微电泳槽能再详细一点介绍吗?我也学学,3Q

PS:和您交流一下,觉得收获挺多的,因为在我们这里只有我一个人在做,没有交流的人
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回复 #13 乌贼老弟 的帖子

因为作FISH的成本比较高,所以我没有作,我这有这方面的文献,用不同染色体探针标记后,作SCGE,可以筛选出某种损伤因子(物理因子或化学因子等)的靶染色体是几号染色体。国内可能也有人作过,您可以查一下文献,如果需要,我可以帮你查一些国内此方面的文献。CNKI就可以。
毒性评价我觉得您用VERO细胞和淋巴细胞分别作一下,如果单纯发表文章还可以,如果作课题,最好再加一点SCGE以外的指标,结果更全面,更合理,更完美,呵呵。
磨砂玻璃片应该可以买到,自己作恐怕太麻烦了,而且作的也不好,和您一样,我当初也是自己作,自己摸索,出来后更有成就感,呵呵,我们实验室以前有人作过,也是脱胶的问题,就半途而废了,后来一个师兄又作SCGE,他走后我又把技术改良了一下,现在觉得比较成熟了。
微电泳槽其实也不难作,用普通载玻片,用玻璃刀割出几条2毫米的细条,用这些细小的玻璃条在普通载玻片上粘两个1.5厘米见方的槽,呵呵,微电泳槽就作好了,关键怎么割出那么细的玻璃条,我刚开始怎么也割不出,都要放弃了,后来发现工具不好,如果您要作的华建议您买一把好的玻璃刀,100多元,不算太贵,用比较薄的载玻片,太厚了不好割,您就可以“庖丁解牛”了,不管作什么,好的工具是成功的开始,磨刀不误砍柴功,还有就是胶水的选择,首先要不溶于水,还要牢固,我专门作过比较,买了好几种胶,粘完后泡在蒸馏水里至少24小时,筛选出最好的胶水,看广告没用,得靠实践,我作的微电泳槽可以长期重复使用,所有的实验作下来,还是用那几个槽,很爽,所以叫一劳永逸。我作了n次SCGE,从来没有脱胶,您不妨试试,如果还有什么问题,尽管提,我会尽力而为。
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回复 #13 乌贼老弟 的帖子

还有,设计实验时要考虑中性还是碱性,都做的话工作量大,但我觉得结果更可靠,因为您的实验是药物毒性评价
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回复 #15 一叶 的帖子

嗯,看到了,也知道了,我自己试试吧
我也觉得FISH的成本高,不太了解到底是哪条染色体受损伤,因为我作的这个药的毒性作用没有涉及过染色体损伤,假如做的话是不是要全试一下,或者选几个感兴趣的基因,看看它们在哪条上,然后作探针。您是不是还有什么其他的思路?
还有就是彗星试验检测细胞凋亡时的给药剂量会不会是细胞的死亡数目超出90%啊,因为我需要自己涉及试验思路,看了文献后觉得思路很乱,不知道做完SCGE后应该再往什么方向做
再问一个问题,是不是应该做一下体内细胞的SCGE啊,这样试验会不会才比较完整啊,3Q
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回复 #15 一叶 的帖子

还有一个问题,我的凝胶都是事先配好的,分装成5ml。每次用微波炉加热,这样会不会导致水分蒸发,因为我发现每次用到大概剩1ml的时候,在铺第三层的时候,点到上面很快就凝了,是不是因为它的浓度变大的原因啊?
PS:我的正常熔点的胶就是用普通的跑DNA电泳的那种,是不是纯度不够啊
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回复 #17 乌贼老弟 的帖子

检测凋亡细胞的给药剂量我觉得没必要那么大,你的药物半数致死剂量有吧?可以以这个剂量作为坐标,向两边分出不同剂量,然后做SCGE,计算凋亡细胞率,是个不错的指标。
有多条染色体探针,可以一次用,方便看您的药物的靶染色体,如果是全新的实验设计,那就靠摸索了。
我所说的淋巴细胞不就是体内细胞吗?动物体内给药,根据药物的药代动力学特征,选择不同时间采血,分离淋巴细胞,SCGE,我觉得这种毒性实验当然最好做体内,我上面提到过建议您做淋巴细胞的。
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回复 #17 乌贼老弟 的帖子

建议您的凝胶不要提前配置,我查过的文献都是新鲜配置的,可以提前称量好,分装,用前加PBS至5ml,煮沸,铺胶,很好用,我也曾试过反复用,效果不好,不易铺平,如果您的第三层胶失败了,那前面不就前功尽弃了吗。凝胶的纯度不是问题,您的胶肯定可以用,不必担心。
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回复 #19 一叶 的帖子

谢谢回答,呵呵还有问题请教
1.第三层胶的目的是什么啊。还有啊这个试验为什么会选择低熔点的胶来混合细胞啊,低熔点和正常熔点的胶在电泳过程中有什么不同,我觉得是不是第三层胶可以不用铺啊?
2.我现在做的是H2O2嘛。它的剂量我是从9.1,18.2,27.3,45.4,91,182,273,454,910,1820uM的浓度,我发现前几个剂量的脱尾区别不是很大,是不是可以把这几个剂量去掉啊,我现在不是很会设计试验剂量
3Q!
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