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标题:[讨论帖]免疫细胞荧光图象重叠:达到激光共聚焦效果

白白的[使用道具]
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逆卷积运算是比较专业的数学运算,可惜我也不能全部弄懂,具体用的时候必须借助软件来实现,除了我上面提到的三个软件之外,还有Motic的Mult-Focus软件也可以,只不过前三个都能找到盗版的.
ImageProPlus里面有sharpstack模块,是专门用来进行图像增强的,其中就包括j逆卷积处理;MatLab和IDL需要用里面的decovolution函数,具体可查看相应的帮助;Multi-Focus是一个比较易用的软件,专门用来仿真共聚焦图片
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remenb[使用道具]
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用显微镜拍摄双荧光染色样品时的正规方法有两种,一种是加上专门的两染料滤光片,直接拍摄两种染料的荧光,这种专用的滤光片很贵,1000美金一个,不能通用,所以很少用。不过其效果会很好的。另一种方法是用通用的滤光片分别拍摄两种染料的荧光,然后用数字合成的方法合成一张图片,用photoshop是可以的,当然这不够"专业"。正规的作法是,用单色CCD配上适当的滤光片,分别拍摄十二位灰度的两种单色荧光图片,用imageproplus给它们加上伪彩色,然后可以合成一张双彩色的图片,还可以进行一些其他的分析处理。这个当然是比不上激光共聚焦的效果的。
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1.如何用PS8.01来合成两张不同色的荧光照片?园子里介绍的那种方法(用拷贝)效果不佳.

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在photoshop中合成照片很简单,就是在大一点的照片上加一个图层 ---- 直接粘帖另一张照片就行,这就形成的有两个图层的PHotoshop格式的图片,然后在图层工具栏里找那个透明度选项,如果是100%透明,就能合成显示两张图了,通过调整透明度,还可以变换两张照片的亮度比例,效果能好看一些。最后合并图层保存。
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remenb[使用道具]
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2.请问:绿色跟蓝色叠加在一起成什么颜色?

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2.电脑里的纯蓝色与纯绿色相加的颜色是湖蓝色。你也一样可以用图层迭加的方法直接看。
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remenb[使用道具]
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3.带CCD的荧光显微镜(接电脑,用软件拍照的),在观察荧光时,曝光度,时间,敏感度,像素,各种平衡,如何设置?

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拍摄荧光照片时,最重要的是不能使用自动曝光,要用手动曝光,要注意画面中最亮的亮点不能有光晕,或者有颜色变黄的现象,这些都意味着曝光过度,颜色与强度都会失真的。在不得不使用自动曝光时,要把曝光调整(adjust expose)调到-4,就是降低两档曝光,也就是时间降低至正常的1/4。
cuturl('http://www.dxy.cn/bbs/post/view?bid=10&id=3740389&sty=1')
如果用的是彩色CCD,还要想法把自动白平衡给关掉。否则颜色失真也会很大,会降低色饱合度 -- 最要命是的关掉白平衡后拍摄的画面似乎与镜下效果不同,颜色似乎更深一些,其实这是人眼的视觉误差。很多人更愿意把白平衡开着,如果是单色荧光样品,也就罢了,但在双染色的样品时,色饱合度高一点是绝对有好处的。
各种数码相机与CCD的操作都有所不同,具体的操作设置还得自己在说明书上找。把握住三条:一是正确曝光,二是处理好白平衡,三是一定要使用有效象素大小拍摄。一般的CCD有效象素也就一百万左右。拍摄成五六百万的格式时很可能还会更模糊。如果电脑硬盘够大,尽量保存TIFF格式图片。BMP太大,jpg格式会有颜色细节的损失,会影响光密度分析的准确性。

关于显微镜的操作可以写上一大堆帖子,只是不知在哪里贴它们比较合适。
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vvmmoy[使用道具]
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近来由于不能正确使用荧光显微镜,而导致无法拍出理想的结果.(偌大的实验报告竟没有一人能较好的使用它,也没有说明书).白白耗费不少时间.
希望你能继续给我们这些"镜肓"扫肓.说说如何正确用好荧光显微镜!若有电子版的说明书则更好,再谢!
顺再问三个问题:
1.做细胞免疫酶学拍照时(彩色CCD),如何把背景调成白色?再已是彩色的背景,能否再改成白色了吗?
2.以下是一张我刚合成的蓝绿荧光的重叠图像,感觉不理想,请再次指正.
3.截图软件如何才能减少像素丢失?(用hypersnap软件截图,一张图从3M,却变成了50KB?)
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kuaizige[使用道具]
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这种做法简直就是掩耳盗铃, 只是让图像让外行看起来像共聚焦图像而已,其反而丢失了灰阶信息, 使图像缺乏层次,共聚焦的图像不仅仅是看起来亮而清晰,其实本质上在于其高对比高解析度, 像上面这种处理方法得出的图像只是相当于把反差增强了,信号和噪音一起增强,并没有使图像的可分辩信息增加.
正规的做法是对普通显微镜的图像进行逆卷积运算,才能得到接近共聚焦效果的图像. 透镜的成像过程就相当于对物体进行卷积运算得到物体的像,因此,理论上对像进行逆卷积运算就可以得到物体的原始信息.
逆卷积运算必须用专业图像处理软件才可以实现,比如ImageProPlus,MatLab,IDL等

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还有一个问题:两种颜色的叠加效果有时候共聚焦都很难区分:因为染料浓度不同,染料和被测物的结合效率不同,共聚焦上的激光能量不能保证完全相同——即使是同一种百分比!——所以用一般显微镜拍出来再进行叠加的照片不完全是cocolocalization,很可能是串色。

其次就是清晰度的问题了。
共聚焦的清晰度,一般显微镜很难相比的。
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caihong[使用道具]
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photoshop is $$$
you can also do this with ImageJ (from cuturl('http://rsb.info.nih.gov/ij/') ), a free software from NIH

1. "open" two/three gray images in ImageJ (or open RGB images, which are represent different channels, and convert to 8-bit by "Image -> Type -> 8bit")
2. use "Process -> Enhance Contrast" to get maximal visual effect
3. use "Image -> Color -> RGB Merge" to get your figure ~~

btw, ImageJ also can do deconvolution, but you need use the scope to get the psm file
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