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标题: 相似度为89%的两个基因序列能不能做荧光定量pcr [打印本页]

作者: 090820040 时间: 2011-8-27 14:35 标题: 相似度为89%的两个基因序列能不能做荧光定量pcr

我想做醇脱氢酶（ADH）基因的表达检测，但ADH1与ADH2的基因序列有89%的相似度，请问各位高手：是否有办法通过设计不同的引物把2段基因中相似度较低的序列P出来，定量PCR？

我设计过引物，好像ADH1与ADH2两条基因无法分开P出来，请大家解惑，谢谢！

作者: 实验技术 时间: 2011-8-28 10:36

这个当然可以，引物的上下游同时包含差异部分。

作者: aa1380 时间: 2011-8-29 09:48 标题: 回复 #1 090820040 的帖子

1.建议用探针法，设计引物理论上可以区别开差异。但是real-time引物质量还是有点要求的，很可能那仅有的差异序列不适合做引物（CT值低，TM低，有错配等等。）

2.探针法，比如：AB公司的Teq MAN 探针有一个专利，就是RGB小沟结合物（可提高局部TM）。因此它可以很好地区别差异序列，理论上13-18bp大小的探针序列中只要有2个碱基不同就能很好区分。杂志认可度高，方便今后投文章。

3.如果楼主没做过real-time。探针法的好处就更多了，你直接给序列给公司，公司一条龙服务。自己跑个PCR就好，省了实验设计阶段。

作者: gladnesor 时间: 2011-8-29 09:49

把引物的3端设计在两个基因有差异的序列上，不就可以区分了吗

作者: 实验技术 时间: 2011-8-29 09:49

手工设计引物，有的时候不能一味的相信软件。

作者: 090820040 时间: 2011-9-2 09:41 标题: 回复 #2 实验技术的帖子

谢谢解答！我用差异部分设计引物，但经过NCBI的primer-blast发现ADH1和ADH2两个基因都可能P出来，因为ADH1和ADH2两个基因序列实在太相似。

作者: 090820040 时间: 2011-9-2 09:44 标题: 回复 #4 gladnesor 的帖子

谢谢解答！我用差异部分设计引物，但经过NCBI的primer-blast发现ADH1和ADH2两个基因都可能P出来，因为ADH1和ADH2两个基因序列实在太相似。差异序列可能不适合做引物

作者: 090820040 时间: 2011-9-2 09:45 标题: 回复 #3 aa1380 的帖子

谢谢解答！我是个初学者，还请多多指教

作者: yhtfyl 时间: 2023-2-24 07:27 标题: 感谢楼主分享，受教了

感谢楼主分享，受教了

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