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标题:【讨论帖】蛋白芯片制作与应用

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谢谢大虾!可能是我说的不够详细。
我做临床外科的,主要是晚上上网。
现在急着开题(postdoctor)。需要完成的课题是:明确差异蛋白(这些蛋白在博士阶段,用2-D和MALDI-TOF找到的,文章已发)的临床诊断(需要较大规模数量标本)意义。下面是我的想法:
1)以往的思路是,在100份标本上,一个一个做免疫组化(有报道,可以两个联合做的)。大约30*100=3000份。试剂费用1500*30约50K,就是不完成临床工作,体力也不济。
2)用抗体芯片来做,30个抗体,100张芯片,不知道费用多少。估计远远不止50K。财力不够!且好象还不能反映出蛋白在组织的定位。
3)倒是这课题完成后,我觉得有可能开发临床诊断芯片。
4)准备用组织芯片做,减少劳动强度。

都是开题把人逼急了,恳请赐教!还在为开题发晕。。。。
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目前只能做固态芯片检测,不能制作固态芯片,准备制作液态芯片!
大师看可行吗?

液态芯片原理

编码微球:分别用不同配比的两种荧光染料将直径5.6μm的聚苯乙烯微球(Beads)染成不同的荧光色,从而获得多达100种经荧光编码的微球。

交联探针、抗体或抗原:把针对不同检测物的核酸探针、抗体或抗原以共价方式结合到特定荧光编码的微球上。


检测反应:先把针对不同检测物的、用不同荧光色编码的微球混合,再加入被检测物(可以是血清中的抗原、抗体或酶等,也可以是PCR产物)。 悬液中的微球与被检测物特异性结合,结合物被标记上荧光物质。


激光分析:微球成单列通过两束激光,一束判定微球的荧光编码;另一束测定微球上的报告分子的荧光强度。
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eric930[使用道具]
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请问:内皮细胞的基因芯片、蛋白芯片目前有无商品化,能够买到吗?我想从事这方面的研究,谢谢!
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请问:内皮细胞的基因芯片、蛋白芯片目前有无商品化,能够买到吗?我想从事这方面的研究,谢谢!

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1)内皮细胞专一的基因芯片和蛋白芯片目前都没有商品化。
2)如果做核酸类研究,可以选择相应物种的全基因组基因芯片进行代替,如果要做蛋白类研究,只能先做内皮细胞的2Dgel,然后选择靶蛋白进一步实验。
3)可供选择的模式物种为人、小鼠、大鼠、线虫、家蚕。
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目前只能做固态芯片检测,不能制作固态芯片,准备制作液态芯片!
大师看可行吗?

液态芯片原理

编码微球:分别用不同配比的两种荧光染料将直径5.6μm的聚苯乙烯微球(Beads)染成不同的荧光色,从而获得多达100种经荧光编码的微球。

交联探针、抗体或抗原:把针对不同检测物的核酸探针、抗体或抗原以共价方式结合到特定荧光编码的微球上。


检测反应:先把针对不同检测物的、用不同荧光色编码的微球混合,再加入被检测物(可以是血清中的抗原、抗体或酶等,也可以是PCR产物)。 悬液中的微球与被检测物特异性结合,结合物被标记上荧光物质。


激光分析:微球成单列通过两束激光,一束判定微球的荧光编码;另一束测定微球上的报告分子的荧光强度。

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相关疾病:
肿瘤

1)液态芯片目前仍然处于基础研究方面,虽然已经有部分临床研究,但可能离大规模应用还有一段距离。
2)常见的应用如肿瘤、内分泌、自身免疫等的检测,也有人将其用于细胞因子谱判断。
3)下面是一些液态芯片相关经典的文献,有时间参考一下
1.  Hany Ezzeldin, Yoshihiro Okamoto, Martin R. Johnson, et al. A High-qhroughput Denaturing High - Performance Liquid Chromatography Method for the Identification of Variant Alleles Associated with Dihydropyrimidine Dehydrogenase Deficiency. Analytical Biochemistry,2002,306:63 - 73..
2.  Carson RT, Vignali DA. Simultaneous quantitation of 15 cytokines using a multiplexed flow cytometric assay. J Immunol Methods, 1999,30.227(1 -2) :41 -52..
3.  Karlar,G. A, M. Jeddi-Tehrani, F. Shokri. Diminished Thl and Th2 cytokine production in healthy adult nonresponders to recombinant hepatitis B vaccine. Scand. J Immunol,2002 ,55 :311-314..
4.  Taylor JD,Briley D ,Nguyen Q,et al. Flow cytometric platform for high throughput single nucleotide polymorphism analysis. Biotechniques,2001.30 ( 3 ) ,661 - 666.668 - 669..
5.  Wilco de Jager, Henk te Velthuis, Berent J. Prakken, et al. Simultaneous Detection of 15 Human Cytokines in a Single Sample of Stimulated Peripheral Blood Mononuclear Ceils. Clinical and Diagnostic Laboratory Immunology,2003,10( 1 ) :133-139..
6.  lannone MA.Microsphere-htsed molecular cytometry. Clin Lab Med,2001.21 (4) :731 -742..
7.  Joos TO, Stoll D, Tempiin MF. Miniaturised multiplexed immunoassays. Curr Opin Chem Biol,2002,6( 1 ) :76 -80..
8.  Dunbar SA, Vander zee CA, Oliver KG, et al. Quantitative, multiplexed detection of bacterial pathogens : DNA and protein applications of the Luminex Lab MAP system. J Microbiol Methods,2003,53 (2) :245 - 252..
9.  David Opalka, Charles E. Lachman, Stefani A. MacMullen, et al. Simuhaneous Quantitation of Antibodies to Neutralizing Epitopes on Virus-Like Particles for Human Papillomavirus Types 6,11,16, and 18 by a Multiplexed Luminex Assay. Clinical and Diagnostic Laboratory Immunology,2003,10( 1 ) :108-115..
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谢谢大虾!可能是我说的不够详细。
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1)以往的思路是,在100份标本上,一个一个做免疫组化(有报道,可以两个联合做的)。大约30*100=3000份。试剂费用1500*30约50K,就是不完成临床工作,体力也不济。
2)用抗体芯片来做,30个抗体,100张芯片,不知道费用多少。估计远远不止50K。财力不够!且好象还不能反映出蛋白在组织的定位。
3)倒是这课题完成后,我觉得有可能开发临床诊断芯片。
4)准备用组织芯片做,减少劳动强度。

都是开题把人逼急了,恳请赐教!还在为开题发晕。。。。

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知道你要做什么就好更有针对性的帮你了。
1)前提:这30个蛋白你手里应该已经有了。
2)临床检测有2种,一种是血清学指标,一种是组织形态学指标,因此请首先做预实验确认这点,如果兼或有之,对一个博后课题而言,选择其一进行即可,不可能面面俱到。
3)如果是血清学检测,则选择蛋白芯片较好。
4)如果是形态学观察,可以用组织芯片。
5)无论使用哪种芯片,都需要得到这30个蛋白的抗体,按照你文中的经费是不太够用,对那些有商品化的,尽量选择小包装抗体,全新蛋白,建议你还是放弃吧,否则制备抗体投入太大,即使做多抗也需要2-3个月,还需要K以上经费。
6)得到抗体后,做蛋白芯片其实很简单,自己在PVDF等膜上点样即可,成本很低。
7)至于检测芯片倒是有可能在你课题进行当中获得启示和灵感。
8)组织芯片是个很好的工具,的确可以大大减少劳动强度。
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谢谢指教!

1.前面几届没有在血清中找到有实际意义的差异蛋白.故血清学检测放弃.
2.已经设计用组织芯片技术来做免疫组化检测.
3.预计结果是几个蛋白联合才能反映该疾病的发生\复发趋势.
4.后期工作可能是要做蛋白检测芯片.到时候请赐教!愿意合作也可以,我们有临床基地,标本也绝对不愁.
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请大师就目前蛋白芯片的实际应用方面发表高见!呵呵!目前我就知道价格高!昨天询价,每片需要6000人民币左右!天价啊!!
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刚接触蛋白芯片,有个问题想请教老师,我已经用seldi分析了两组疾病,目的是要找到有差异的蛋白,现在我已经找到了几个处蛋白有差异显著性。可是我希望还能往下做,找到其中的蛋白具体是什么。但查了文献,好像目前做seldi分析血清的都是只做到找出差异蛋白为止。
希望老师可以给我建议。
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请大师就目前蛋白芯片的实际应用方面发表高见!呵呵!目前我就知道价格高!昨天询价,每片需要6000人民币左右!天价啊!!

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1)总体而言,蛋白芯片还是一个处于发育期的事物,尽管有着很光明的前景,但路还要一点点去走。芯片目前仍然是阳春白雪,离老百姓的实际生活应用还有一段距离。现在的芯片主要还是科研用途,实际上在这方面,蛋白芯片已经和正在显示其卓越的特质,发挥了很大作用。
2)国内是喜欢做一些检测应用,如肿瘤标志物C12系列和肝炎检测、自身免疫检测等,总体而言,这些项目的前景还是可以看好的。
3)由于目前该领域门槛较高,竞争不激烈,高价是市场化不完善的必然后果。如果只是做实验,个人认为lzsgxl兄完全可以自己做芯片,不用买商品化的。
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