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标题:【讨论帖】蛋白芯片制作与应用

NBA[使用道具]
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刚接触蛋白芯片,有个问题想请教老师,我已经用seldi分析了两组疾病,目的是要找到有差异的蛋白,现在我已经找到了几个处蛋白有差异显著性。可是我希望还能往下做,找到其中的蛋白具体是什么。但查了文献,好像目前做seldi分析血清的都是只做到找出差异蛋白为止。
希望老师可以给我建议。

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1)我没有qq,如有问题,欢迎来此交流,我会经常来此回帖。
2)SELDI技术是2002年诺贝尔化学奖的应用技术,目前其应用研究成果发表在Nature、Science、Lancet等30余种著名杂志上。
3)该技术特点在于高灵敏度、高准确性,能从一个不同成分的混合体系中检查和区分不同组分、不同分子量,差别在1~2个氨基酸即可区分。
4)该技术只能提供差异,即指纹图谱。
5)如果需要进一步研究,仍然需要用常规方法,如测序、展示或酵母杂交等。
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请教斑竹几个问题:
1.想在蛋白芯片公司定制可以同时检测多种病菌的芯片,可行否?有没有这种公司?制作蛋白芯片所用到的抗体可否请另外一家抗体公司合成?
2.蛋白芯片的价格如何?当然种类不一,价格也有区别,我指可以同时检测多种病菌的芯片。细菌检测时(如检测水样内的细菌),要不要前处理?应用蛋白芯片是否比现有的细菌检测技术更快速准确灵敏?
3.使用蛋白芯片需要相关的配套设备,有哪些?全套设备价格如何?
多谢指教,不胜感激!
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JK.jon[使用道具]
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现在没有点样设备!只能买片子了
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QUOTE:
原帖由 JK.jon 于 2013-4-20 15:03 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')
现在没有点样设备!只能买片子了

预实验完全可以用0.5微升加样枪头手工点样,不需要购买机械手。
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没有想到斑竹老师这么快就给我回复,本人倍感荣幸!我们准备制作的这种芯片主要是为了实际应用,我们打算与相关公司合作开发这样的检测产品。我们的目标是快速、准确、灵敏的检测出多种(至少十种)病原体(包括病毒和细菌如霍乱弧菌、鼠疫杆菌等烈性传染病的病原体),当然要优于现有的其它检测手段,先不考虑成本。有时时间就是生命。不知可行否?我们单位有一定的经济承受能力,还可以申请到一笔科研经费。多谢赐教!盼复!
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QUOTE:
原帖由 PCR 于 2013-4-20 15:05 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')

没有想到斑竹老师这么快就给我回复,本人倍感荣幸!我们准备制作的这种芯片主要是为了实际应用,我们打算与相关公司合作开发这样的检测产品。我们的目标是快速、准确、灵敏的检测出多种(至少十种)病原体(包括病毒和细菌如霍 ...

如果有实际应用的打算,则需要配置芯片相关仪器。必备仪器主要有两个,即扫描仪和点样仪。入门级别的扫描仪为GenePix 4000 B生物芯片扫描仪,这是一款可以进行双波长同步扫描的仪器,用户群较广。注意一点,这款机器采用倒置式扫描,在长期使用后水平轴方向会慢慢产生漂移,如果介于3-5um时不会影响数据,但如果大于10um以上就会使数据失真。总之记得经常校正即可。

更高级别的是SCANARRAY 4000 或5000,当然银子也花得多。
这类机型适用于专业实验室,扫描精度更高,可以用5微米激光束进行真正的直径5微米分辨率的扫描,可以将数据进行整合,同时提供GPR和CSV文件,特点如下:1)在杂交前检查存在的样点和DNA固定性的独创功能2)强大的找点功能和整合能力,使用GAL文件或用户自定模板3)以连续可调的激光强度和PMT增益获取最优的数据4)出色的重复性:静态和动态重复性变异系数小于5% 5)对波长可进行升级,现在可支持近70种可选择的染料6)可在一次实验中同时使用多达5种染料。

如果支持国产可以考虑购买CapitalBio的Luxscan,这款机器性能非常不错,使用起来一点不比Scanarray差。

点样仪一般不用喷头式,就买接触式的即可,型号为PixSys 5500,Cartesian Technologies生产,这款机器性能很稳定,可以连续长时间工作,仪器偏差极小。点样针就用TeleChem International 的不锈钢针吧,Model SMP3可以确保点直径在适合大小。CapitlBio也有点样机械手卖,外观很漂亮,暂不推荐。

你们的课题很有意思,也是十一五期间国家优先扶持的科研项目,希望你们能拿到。蛋白芯片的确可以快速、准确、灵敏的检测出多种病原体,数量在10-20种之间为宜,不必太多,否则项目实际实施时常会带来交叉识别等意料之外的问题,增加攻关难度。
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yysr238[使用道具]
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非常感谢楼主的精彩讲解!我还想了解一下国内在用蛋白芯片检测病原体方面达到了什么水平,有没有达到实用水平的产品,制作这种芯片有哪些必须突破的技术难题
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QUOTE:
原帖由 yysr238 于 2013-4-20 15:06 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')

非常感谢楼主的精彩讲解!我还想了解一下国内在用蛋白芯片检测病原体方面达到了什么水平,有没有达到实用水平的产品,制作这种芯片有哪些必须突破的技术难题 ...

1)水平参差,有一些国际领先。
2)期待中。
3)基质、抗体、交叉反应、灵敏度。。。
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yysr238[使用道具]
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请搂主就目前国内有那些实验室在进行芯片方面的研究工作进行讲解!
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原帖由 yysr238 于 2013-4-20 15:07 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')
请搂主就目前国内有那些实验室在进行芯片方面的研究工作进行讲解!

这个题目出得有点大了,现在只做了一半,就是国内的生物芯片相关公司总结,做芯片研究的实验室太多了,即使总结也很难全面,下次吧:
北京博奥生物有限责任公司cuturl('http://www.capitalbio.com')
北京海康基因芯片开发有限公司
北京意宏安生物科技有限公司cuturl('www.immunohunt.com')
大连普瑞康生物技术有限公司cuturl('www.practical-bio.com')
复旦-张江cuturl('http://www.fd-zj.com/')
江南生物科技cuturl('http://www.jn.doe2e.com/')
南京大渊生物技术工程有限责任公司
南京益来cuturl('http://www.el-gene.com/')
上海博道基因技术有限公司
上海博微晶科技有限公司
上海博星基因芯片有限责任公司cuturl('http://www.ugbiostar.com/')
上海华冠生物芯片有限公司
***生物工程有限公司
上海生物芯片有限公司cuturl('http://www.shbiochip.com')
上海数康生物科技有限责任公司cuturl('http://www.health-digit.com')
上海中科开瑞生物芯片科技股份有限公
深圳创益生物科技有限公司cuturl('http://www.cy-biotech.com')
深圳微芯生物科技有限责任公司cuturl('http://www.chipscreen.com')  
生物芯片上海国家工程研究中心
微晶生物科技公司
亚能生物技术cuturl('http://www.dbs-decipher.com/')
中科开瑞cuturl('http://www.casarray.com/')  
中美合资陕西超英生物科技有限公司超英生物cuturl('http://www.cybrdi.com')
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