蛋白质与蛋白组学

我做的是CM10 （阳离子）蛋白质芯片，血清样本已经出来了指纹图谱，P< 0.01的有3个峰，如何做下一步的蛋白质鉴定呢？如果将血清样本混合，然后SDS电泳，在峰那个分子量处酶切，做蛋白鉴定可行吗？

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这要看你目标蛋白的丰度，如果表达量太少，后续的蛋白鉴定较困难。

请教楼主：

在基因芯片中有一种分析叫做POOLED的DNA检测。
不知蛋白质芯片中是否有类似方法。
我们目前在分析一组患者在治疗前后的数组基因变化，能否将这些患者的蛋白混合后点一张芯片，然后将治疗前后的两张芯片进行比较。观察哪些蛋白发生了改变，然后再用免疫组织化学来进一步研究发生变化的蛋白的变化程度，以及在哪些患者中发生变化。不知这样是否可行？

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Pooled Standard Deviation是针对研究对象中子数据结构，从根本上看是对σwithin的一种无偏估计，也就是说将实验组的内部偏差进行无偏化处理（无偏系数为C4）。现在据我所知还没有人把这一方法应用于蛋白芯片上，但根据前述理论，这种方法看起来也没有什么不可以扩展到蛋白方面的。

我们目前在分析一组患者在治疗前后的数组基因变化，能否将这些患者的蛋白混合后点一张芯片，然后将治疗前后的两张芯片进行比较。观察哪些蛋白发生了改变，然后再用免疫组织化学来进一步研究发生变化的蛋白的变化程度，以及在哪些患者中发生变化。不知这样是否可行

这个想法很新颖，个人鼓励你尝试，如果有好结果在来和我讨论，设计时注意以下几点：
1）你应该用的是膜，2Dgel系统。
2）先把预实验证实的无关蛋白组分去除。
3）样本量要足够大，否则个体差异会掩盖目标数据。
4）如果你能用到免疫组化方法，说明你已经有抗体了，那么又何必。。。

请教楼主：
我们打算做一种细菌疏水性膜蛋白的分析，蛋白质芯片中有一种好像是疏水性蛋白质芯片，我想请教一下是否这种芯片可以用于细菌膜蛋白的分析，还有就是如果可以的话，是否需要将膜蛋白先进行粗提，还是直接将细菌裂解就可以进行分析，谢谢

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你要做的应该是seldi系统，这是蛋白芯片里面另一个关键技术，从发表文献看应该占到整个蛋白芯片的35％左右。
直接将细菌裂解后就可以上样分析了，不需要提纯。具体操作可以到厂家去要cuturl('http://www.ciphergen.com/')

心里面最近一直在想一个问题，
针对已经投入应用的几种蛋白芯片，比如说 C12肿瘤标记物蛋白芯片。
您怎么看这类产品的前途，是否有点拔苗助长，因为好像国外芯片企业的主要面对的都还是研究机构，国内现在早早的把它应用在临床上会不会因为个别产品的效果不理想，一下子把群众们心中对蛋白芯片的美好印象都玷污了。
还有这类的蛋白芯片，准确地说是抗体芯片的保质期是多少啊，有没有什么特殊的保存和运输要求阿？

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谢谢你！能问出这样问题的人一看就是个专家了，也说明你思考了很多。中国多有一些你这样的人会是一个幸事！
下面是个人对此的观点，偏颇的地方欢迎争鸣。坦率的讲，胡应该是中国做芯片的科学家中商业化做的最好的人之一，2001年开始试产C12到2002"入选"年度公众关注的中国十大科技事件"，C12的宣传做的很好，05年3月又得到了正式批文，国际首例蛋白芯片实践产品的头衔也给数康带来了较好的经济利益。从技术上讲，肿瘤标志物蛋白芯片现在已经比3年前成熟许多，已经比较稳定，C12系统和金标准的阳性符合率应该在80%左右，而且本身的多指标检测又可以相互验证其准确性，很少在出现检测结果惊吓正常人的事情了。至于有时出现的假阳性很多是由于系统阈值，标本处理和个体差异造成的，只有他们公司的技术人员足够努力，经过调整会慢慢好起来。个人认为蛋白芯片应该还是有前途的，好的靶标，特异性抗体，芯片基质是其中较为重要的几个研究方面，国人应好好钻研才是。国外的应用产品是不多，也是国情和各自审批机构的条文所限，就当做另一个国内特色吧。
至于这些抗体芯片的保质期，如果使用玻璃基质，一般在半年左右；多聚物膜的在保存方面要好一些。另外，点样液的配方也会影响到抗体的保存时间。运输到没有什么特殊要求。欢迎和你继续讨论！