贺思敏等揭示基于高精度质谱鉴定化学交联肽段的方法

2012年7月8日，北京生命科学研究所董梦秋实验室与中科院计算技术研究所贺思敏教授领导的pFind研究团队合作在《Nature Methods》在线发表题为“Identification of Cross-linked Peptides from Complex Samples”的文章。

蛋白质化学交联结合质谱鉴定技术（chemical cross-linking of proteins coupled with mass spectrometry analysis，CXMS）能够提供丰富的蛋白质折叠与蛋白质相互作用的信息。该技术能够帮助测定蛋白质的结构以及蛋白质复合物亚基之间相互作用的界面。CXMS技术虽然只能提供鉴定到的交联氨基酸之间的空间距离信息，但不需要蛋白质晶体，也不需要大量的高度纯化的蛋白，是对现有的结构生物学技术的补充。CXMS还有望与蛋白质免疫共沉淀或pull-down结合，辨识直接相互作用的蛋白。CXMS对蛋白样品的量与纯度要求较低，实验周期短，具备广泛的适用性。

在本论文中，我们报告了一套完整的基于高精度质谱鉴定化学交联肽段的方法。我们优化了CXMS的各个实验环节，并与中科院计算所合作开发了化学交联多肽的鉴定软件pLink。pLink可以处理复杂样品如全细胞裂解液的CXMS数据，能够有效估算交联多肽鉴定的假阳性率，并且对谱图进行自动标注。我们用体外纯化的简单蛋白质样品、大的蛋白质复合物、免疫共沉淀样品、以及大肠杆菌和秀丽线虫全细胞裂解液，充分证明了CXMS和pLink软件的有效性。

我所博士生杨兵、朱明以及中科院计算所的硕士生吴妍洁、博士生樊盛博为本文的共同第一作者。参与本研究工作的还有我所叶克穷博士和陈涉博士，叶克穷实验室的林金钟、李爽、罗树坤，董梦秋实验室的丁曰和、李玉欣，计算所贺思敏研究组的张昆、迟浩、秀丽蕴、陈海丰、王乐珩，以及Thermo公司的郝志奇博士。董梦秋博士与计算所贺思敏博士为本文的共同通讯作者。此项研究由科技部和北京市政府资助。