【求助】质谱方法表示方法

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• loli (2013-8-31 09:49:24)

  
  MALDI是基质辅助激光解吸电离(matrix assisted laser desorption/ionization)的简称，ESI是电喷雾电离 (electrospray ionisation)的简称。质谱其实在上世纪中就已经比较成熟了，但是真正运用到蛋白质等生物大分子的分析还是等到MALDI和ESI两种软电离技术出现之后才获得大的发展，这主要是因为质谱只是一个检测器，根据带电粒子在电场中的运动情况进行检测，软电离技术出现之前，常规的硬电离技术只能使得小分子化合物带电，而不能使得蛋白质等大分子带电，所以只能应用于小分子的检测，但是软电离使得大分子也可带电以被检测，所以促进了质谱在生物学中的应用并产生质谱学新的分支-生物质谱。
  而生物质谱仪根据质谱原理不同又可以主要有飞行时间质谱（Time-of-flight TOF）和四级杆质谱（quadrupole）
  基质辅助激光解吸电离常采用飞行时间质谱作为质量检测器，构成基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱仪（MALDI-TOF-MS），而电喷雾电离常和四级杆质谱仪结合构成电喷雾（四极杆）质谱仪（ESI-MS）。
  MS是一般是Mass Spectrometry的简称，有时候大家会混合使用，可以笼统地理解为质谱、质谱仪、一次质谱，而TOF是特指某一类型（飞行时间）的质谱，
  你以上的缩写可以具体理解为下：
  MALDI-TOF-MS：基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱仪进行的一次质谱
  MALDI-TOF/MS：基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱仪进行的一次质谱（与上面的意义一样）
  MALDI-MS/MS：基质辅助激光解吸电离串联质谱（一般所采用的质谱也都是TOF）
  MALDI-TOF/MS-MS：基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱仪进行串联质谱（和上面一个一致）
  另外还有这种写法也比较常见：
  MALDI-TOF/TOF：基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱仪进行串联质谱
  
  关于质谱的类型，还可以参考一下这个链接：http://shimadzu2.blog.163.com/bl ... 962010429105919192/

• loli (2013-8-31 09:50:20)

  
  另外关于一级质谱、串联质谱和PMF鉴定也顺便说一下：
  
  目前最常用的质谱鉴定方法是肽指纹图谱法（peptide-mass mapping，PMF）和串联质谱法。肽指纹图谱法利用特异性的酶解技术将蛋白剪切成分子量较小的肽段，然后采用质谱仪精确测定各肽段分子量，并将所得到的肽谱数据输入数据库，搜索与之相匹配的已知蛋白，从而实现蛋白的鉴定。蛋白鉴定最常用的酶为胰蛋白酶(trypsin)。该酶会特异性地切断蛋白链中赖氨酸和精氨酸之间的肽键，使得蛋白断裂为6-20个氨基酸长度的肽段，一方面提高质谱检测的准确率，同时也丰富了蛋白质的肽质量信息。肽指纹图谱法对于基因组比较小且已经全测序的物种的蛋白鉴定比较有效，但是对于没有进行全基因组测序的物种的蛋白鉴定则不是很可靠，而且对于存在翻译后修饰的蛋白鉴定效果也不好。另外一个问题是肽指纹图谱法对于多个蛋白混合成一个蛋白点的鉴定成功率低。要解决这些问题，最好的办法就是获得二级质谱的信息，而串联质谱鉴定法就可以获得二级质谱的信息，使鉴定结果更好。
  串联质谱法在技术上较肽指纹图谱法更为复杂，该方法在获得多肽离子质量信息的基础上，选取某些特定质量/电荷比值的多肽离子，并以碰撞解离的方式将多肽离子碎裂成更小的片段，并依据碎片离子的质量/电荷比值信息进行数据库检索，进行蛋白质的鉴定。串联质谱法得到的几个肽段的精确质谱信息要比一系列肽段集合得到的信息更为特异，增加了质谱鉴定的可信度。同时串联质谱可以区分差别1个氨基酸的相邻肽段，其获得的数据不仅仅可以用于搜索数据库进行蛋白鉴定，还可以通过分析相邻质谱峰的相对分子质量，计算氨基酸的序列。

• loli (2013-8-31 09:51:10)

  
  PMF可以理解为结果，而获得该结果只需要一级质谱就可以了，
  但是现在很多杂志对数据的要求都比较严格，觉得PMF的特异性不高，可靠性不好，都需要串联质谱的结果，或者选择部分串联质谱的结果对PMF的可靠性进行验证。

• zwsyrt (2013-8-31 09:51:30)

  您提到的“区分差别1个氨基酸的相邻肽段”是什么意思？
  "/"与"-"有没有区别呢?

• loli (2013-8-31 09:52:04)

  比如某肽段ASLMONFTRE，和ASLMONFTRES，这两个肽段质量数只相差最后一个S的氨基酸，
  至于这两个符号"/"与"-"，我个人认为没有太大区别，呵呵！

• NBA (2013-8-31 09:52:26)

  质谱通常表示格式是 源-分离解析装置-检测器，
  如 “ESI源+四极杆分离解析+飞行时间检测” 就是ESI-Q-TOF。
  再如 “ESI源+线性离子阱分离解析+Orbitrap检测”，就是ESI-LTQ-Orbitrap
  另如“ESI源+四极杆分离四极杆解析+四极杆检测”即 ESI-Qq-Q，通常写成ESI-QQQ。
  
  针对分离解析装置与检测器是一体的质谱，则只需标出检测器即可，如线性离子阱既是分离器又是检测器，故表示为ESI-LTQ；而Bruker公司傅里叶变换质谱(FTMS)则表示为MALDI/ESI-FTMS，而Thermo公司FTMS因FT回旋池不具备分离解析功能，故必须表示为ESI-LTQ-FTMS。
  
  如果没有分离解析装置，则不具备隔离单一离子进行解析的能力。虽然绝大多数质谱都可以进行源内解析，但此时没有离子分离功能，故不算真正意义的MS/MS。
  对于这类质谱，则直接表示为“离子源+检测器”即可，
  如不具MS/MS功能的“MALDI源+飞行时间检测”则标示为MALDI-TOF；
  而具备MS/MS功能的“MALDI源+飞行时间分离+飞行时间检测”则表示为MALDI-TOF-TOF，通常也写成MALDI-TOF/TOF；
  而另一种具MS/MS功能的“MALDI源+四极杆分离+飞行时间检测”则为MALDI-Q-TOF。
  
  至于“MS”，仅标示mass spectrometer，所以加不加都行。