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【求助】关于蛋白质芯片的问题

字体: 小 中 大 | 打印 发表于: 2013-11-15 22:04    作者: uaubc    来源: 分析测试百科网

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【求助】关于蛋白质芯片的问题

While such 3-D surfaces have numerous benefits, they are still plagued by problems
relating to mass transport effects and high background signals emanating
from non-specific interactions. The 3-D dextran surfaces are known to impose
mass transfer limitations that can significantly alter the inherent kinetics of the
interaction. Diffusion effects play an important role within these 3-D structures,
and can lead to the formation of several local concentration gradients. During realtime
kinetic studies using surface plasmon resonance measurements, such local
gradients can result in the calculation of false kinetic rate constants.
这是上下文,该文讲述的是蛋白质芯片的表面,前面已经谈到了一些2-D表面如多聚赖氨酸等,现在谈的是3-D表面(可以保持蛋白质的构象)
偶要问各位高手的是:mass transfer limitations是什么意思,从表面上翻译是质量转移限制,但实际上,我对其真实含义并不理解.
哪位高手愿为鄙人详述一二?不好意思,不懂的地方实在太多
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【求助】关于蛋白质芯片的问题

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  • idoww (2013-11-15 22:05:16)


    我求你 别用 “鄙人” 这个词说自己好吗？听着很不舒服。段誉都叫自己“在下”，再怎么也比这个词好听啊。SmileSmile

    3-D 的问题不太清楚，不过从字面上看来，

    The 3-D dextran surfaces are known to impose mass transfer limitations that can significantly alter the inherent kinetics of the interaction.

    就是说3-D 缺点就是在mass transfer effect 上，这种缺点大大的改变了原来的蛋白与蛋白间亲和力。下面diffusion effect 通过用浓度梯度的形成，把这种假相互作用消除。

    有了全文才好看啊，如果实在看不懂就给个全文，大家一起啃吧。

  • njkph (2013-11-15 22:05:58)

    讲到蛋白芯片，本人联想到其中的抗体/免疫芯片，不知各位了解如今研究进展如何？请大伙赐教。

  • 二子 (2013-11-15 22:06:34)

    我们最近在用Ciphergen公司的机器做蛋白芯片，刚刚开始，很多地方不懂，有没有朋友也在做的，可否指点一二。

  • bling (2013-11-15 22:06:56)


    相关疾病：
    脱水
    以下是我综述的一部分,拿出来与大家分享,请多指教:
    制备抗体芯片的技术问题：（Antibody Microarrays: Promises and Problems ，Wlad Kusnezow and Jörg D. Hoheisel，BioTechniques 33:S14-S23 December 2002)蛋白质几项共有的生物物理和化学特性使制备抗体芯片变得复杂。
    1）  没有简单的类似运用于核酸的PCR那样用来扩增蛋白质的方法，
    2）  在化学特性和结构上，蛋白质比mRNA和DNA更复杂，更具异质性。因此，很难去定义一般蛋白质发现和固定的技术而同时不需要鉴别蛋白质。
    3）  与DNA相比，蛋白质由于变性、脱水、或氧化较容易失去生化活性。而且，50％以上的蛋白质不溶于水或结构上不稳定。
    4）  虽然通过抗原与抗体反应发现蛋白质具有广泛特异性和亲和性，但要获得大量高度特异性的抗体分子困难。
    尽管运用抗体芯片研究蛋白组的前景看好，但关于这些重要参数的深入研究目前还很少。如果我们平行分析样本中数千细胞蛋白质的高敏感性和特异性，抗体芯片技术仍然处于一个早期的发展阶段。我们必需解决许多技术难题和提高实验程序才能使蛋白质芯片成为蛋白组学研究的一个可靠工具。
    目前，大多抗体芯片由数十到数百个商品化的多抗或单抗制成。制备需要巨大的精力和费用，更有甚者，现在仅仅由供应商提供相对大量的单个抗体剂量通常在0.1到2毫克之间。3000到4000个点之间的芯片仅仅只需要8微克的抗体，结果浪费了大量抗体。将来供应商可能提供大批量的抗体，每个分子的剂量很少，类似于当今寡核苷酸服务的趋势。
    数以千计的抗体虽多有商品化供应，可数量还不够。首先，许多蛋白质并没有可获得的抗体。而且，需要分析的传感器分子数目多于单纯的分析物数目。许多情况下， 每一个蛋白质靶点都需要带有不同平衡离解常数的受体和针对不同表位特异性结合的受体。因此，抗体的大量生产与小的交叉反应之间形成了一个最集中的瓶颈。经典抗体制备技术免疫动物似乎不太实用，相比之下，重组抗体展示文库更有前景。该技术基于直接将每个结合分子连接到它的DNA编码区。噬菌体展示，核糖体展示或mRNA展示文库不仅制备出高亲合力的抗体，也对抗体的亲和性及特异性进行调节，分子融合甚至制备出二，三，四价态的抗体。重组抗体的潜在高亲和性及特异性和小分子量（通常30千道尔顿左右，而天然蛋白质大约150千道尔顿）的特点，促进其密集、定向地结合在支持物表面。融合的mRNA和蛋白质可用来构建编址、寻址的芯片。
    抗体固定
    固相支持物对芯片结果分析的质量有着深远的影响，它不仅影响抗体结合的效率，还影响着非特异性结合的程度，比如抗体与抗原结合的程度在结构上有广泛的差异。经常使用的玻璃修饰，如乙醛活化，多左旋赖氨酸或者硝化纤维包被，都是供DNA结合的典型界面。经典的蛋白质或肽键固定化学建立了许多完备和相对简单的在玻片上蛋白质结合技术，这将明显提高抗体芯片的表达效果。尽管还没有确立无需鉴别蛋白质的通用固定技术，但是抗体结构上的相似性缓解了难度。

  • bling (2013-11-15 22:07:40)


    我个人觉得 Mass Transfer 指的是物质转移.以下是我从网上查到的一些资料,望有助于你的理解.

    Bioengineering Mass Transfer:
    Mass transfer in solids, liquids, and gases with application to biological systems. Free and facilitated diffusion. Convective mass transfer. Diffusion-reaction phenomena. Active transport. Biological mass transfer coefficients. Steady and unsteady state. Flux-force relationshipsMass transfer in solids, liquids, and gases with application to biological systems. Free and facilitated diffusion. Convective mass transfer. Diffusion-reaction phenomena. Active transport. Biological mass transfer coefficients. Steady and unsteady state. Flux-force relationships

    以下是另外的一个课堂笔记:
    MASS TRANSFER的定义是TRANSPORT OF MASS/MATERIAL,完全不同于动量转移.

    cuturl('http://www.chemeng.mcmaster.ca/courses/che3m4/ClassNotes/2')
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