【求助】NCBI的蛋白序列怎么看啊

最新回复

• biabiade (2014-1-24 23:47:02)

  
  建议借本生物性息学看看哈

• bluelake (2014-1-24 23:47:45)

  
  这个上面的site是什么意思， Site order(97,100..101,103..104,119,122,126,128..129,133,是很么意思，1到224的那些字母又代表什么啊 大家帮帮忙啊
  site表示位点，比如说97表示在氨基酸的97位，1到224之间的字母表示氨基酸的代号，比如A代表丙氨酸，L代表亮氨酸，K代表赖氨酸
  这个都可以在网上查到的 每一种氨基酸都有三个字母的代号，也有一个字母的代号
  希望能帮到你

• taoshengyijiu (2014-1-24 23:48:33)

  Region <97..137
  /region_name="HLH"
  /note="Helix-loop-helix domain, found in specific DNA-
  binding proteins that act as transcription factors; 60-100
  amino acids long. A DNA-binding basic region is followed
  by two alpha-helices separated by a variable loop region;
  HLH forms homo- and...; cd00083"
  /db_xref="CDD:28964"
  Site order(97,100..101,103..104,119,122,126,128..129,133,
  135..136)
  /site_type="other"
  /note="dimerization interface"
  /db_xref="CDD:28964"
  Site是指Region（结构域）的功能位点，包括活性位点、结合位点、修饰位点等蛋白质结构的信息。
  order就不用多解释了，就是这些位点在整个序列所处的编号顺序。
  site_type="other"，指位点类型为其他
  note="dimerization interface"，位点注释，也就是这些位点的作用，在这里是dimerization interface（二聚体接触面，翻译的不好，见笑）的作用。
  不知道我解释清楚了没有，希望对你有帮助~

• any333 (2014-1-24 23:48:50)

  
  谢谢楼上的朋友，十分感谢，这么长时间，终于有人理我了CryCryCryCry
  可是下面的那些melyyd什么的 这些是什么 代表了什么呢
  ORIGIN
  1 melyetspyf yqephfydge nylpvhlqgf eppgyerael slspearvpl edkglgpaeh
  61 cpgqclpwac kvckrksvsv drrraatlre krrlkkvnea fealkrstll npnqrlpkve
  121 ilrsaiqyie rlqallssln qeerdlryrg gggpqaavps ecsshsascs pqwgsalefg
  181 pnpgdhllpa dptdahnlhs ltsivdsitv edvaaafpde tipn

• chuntian1983 (2014-1-24 23:49:10)

  
  当然是氨基酸残基的单字母缩写啊，生化课本上有的。

• dmg (2014-1-24 23:49:40)

  怎么会找到不氨基酸的缩写啊。我们生物化学的课本的第一章就有啊。
    非极性疏水性氨基酸   
  A  Ala  丙氨酸  6
  I  Ile  异亮氨酸  6.02
  v  val  缬氨酸  5.96
  G  Gly  甘氨酸  5.97
  F  Phe  苯丙氨酸  5.48
  L  Leu  亮氨酸  5.98
  P  Pro  脯氨酸  6.3
        
    极性中性氨基酸   
  S  Ser  丝氨酸  5.68
  Q  Gln  谷氨酰胺  5.65
  W  Trp  色氨酸  5.89
  N  Asn  天冬氨酸  5.41
  C  Cys  半胱氨酸  5.07
  M  Met  蛋氨酸  5.74
  T  Thr  苏氨酸  5.6
  Y  Gyr  酪氨酸  5.66
        
    酸性氨基酸   
  D  Ast  天冬氨酸  2.97
  E  Glu  谷氨酸  3.22
        
    碱性氨基酸   
  R  Arg  精氨酸  10.76
  K  Lys  赖氨酸  9.74
  H  His  组氨酸  7.59
  这你应该看的懂吧。-----------

• mingming0638 (2014-1-24 23:50:11)

  
  更正如下小错误：
  Y Gyr 酪氨酸 5.66
  酸性氨基酸
  D Ast 天冬氨酸 2.97
  酪氨酸的三个字母代号是Tyr 不是Gyr
  天冬氨酸的三个字母代号是Asp不是Ast